Gene annotation
Transcriptome id Sobic.001G497600.1,Sobic.001G497600.3,Sobic.001G497600.2
Synonym Sb01g046480
Functional annotation PPR repeat domain containing protein, putative, expressed
UniProt C5WWZ7 , A0A1Z5SBA6 , A0A1Z5SB95
Pfam PF01535 PF01535 PF13041 PF13812
Panther DB PTHR24015 PTHR24015:SF741
NCBI CDD -
KEGG Orthology -
Gene Ontology -


Orthologs (automatic annotation)
TAIR AT5G43820 : Tetratricopeptide repeat (TPR)-like superfamily protein,Pentatricopeptide repeat (PPR) superfamily protein
RAP-DB (Rice) LOC_Os03g06370.2,LOC_Os03g06370.1 : PPR repeat domain containing protein, putative, expressed
MaizeGDB (Corn) Zm00025a000746
Brachypodium PNT78153 , PNT78154 , KQK23543 , KQK23542
Barley HORVU4Hr1G073140.6 , HORVU4Hr1G073140.5 , HORVU4Hr1G073140.4 , HORVU4Hr1G073140.1 , HORVU4Hr1G073140.3 , HORVU4Hr1G073140.2
Wheat -
Populus -


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cDNA sequences
Sobic.001G497600


Expression pattern by RNA-Seq analysis
FPKM plot


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Top 20 genes with similar expressed profiles

Rank Gene Function KEGG orthology
1 Sobic.001G501900 appr-1-p processing enzyme family protein, putative, expressed -
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4 Sobic.002G060400 OsFBX237 - F-box domain containing protein, expressed -
5 Sobic.009G156800 expressed protein -
6 Sobic.003G004800 ATP binding protein, putative, expressed -
7 Sobic.009G186700 TraB family protein, putative, expressed -
8 Sobic.005G063200 expressed protein -
9 Sobic.002G147200 esterase/lipase/thioesterase, putative, expressed -
10 Sobic.006G198400 phosphoenolpyruvate carboxykinase, putative, expressed -
11 Sobic.004G350700 kelch repeat protein, putative, expressed -
12 Sobic.001G305900 GTP binding protein, putative, expressed -
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14 Sobic.010G160300 RNA recognition motif containing protein, putative, expressed -
15 Sobic.001G114200 transmembrane anterior posterior transformation 1, putative, expressed -
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18 Sobic.001G280500 abscisic acid insensitive 8, putative, expressed -
19 Sobic.010G153400 protein phosphatase 2C, putative, expressed K17506: PPM1L, protein phosphatase 1L
20 Sobic.001G149000 FAR1 family protein, expressed -


Gene co-expression network
sample Sobic001G497600 Sobic001G497600 Sobic001G501900 Sobic001G501900 Sobic001G497600--Sobic001G501900 Sobic002G213900 Sobic002G213900 Sobic001G497600--Sobic002G213900 Sobic009G046900 Sobic009G046900 Sobic001G497600--Sobic009G046900 Sobic002G060400 Sobic002G060400 Sobic001G497600--Sobic002G060400 Sobic009G156800 Sobic009G156800 Sobic001G497600--Sobic009G156800 Sobic003G004800 Sobic003G004800 Sobic001G497600--Sobic003G004800 Sobic009G186700 Sobic009G186700 Sobic001G497600--Sobic009G186700 Sobic005G063200 Sobic005G063200 Sobic001G497600--Sobic005G063200 Sobic002G147200 Sobic002G147200 Sobic001G497600--Sobic002G147200 Sobic004G350700 Sobic004G350700 Sobic001G501900--Sobic004G350700 Sobic003G385300 Sobic003G385300 Sobic001G501900--Sobic003G385300 Sobic008G055500 Sobic008G055500 Sobic001G501900--Sobic008G055500 Sobic002G304700 Sobic002G304700 Sobic001G501900--Sobic002G304700 Sobic010G160300 Sobic010G160300 Sobic001G501900--Sobic010G160300 Sobic004G077300 Sobic004G077300 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Octagon: transcription factors


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