Gene annotation
Transcriptome id Sobic.002G008100.1
Synonym
Functional annotation VHS and GAT domain containing protein, expressed
UniProt C5X788
Pfam -
Panther DB PTHR13856 PTHR13856:SF85
NCBI CDD -
KEGG Orthology -
Gene Ontology -


Orthologs (automatic annotation)
TAIR -
RAP-DB (Rice) LOC_Os01g61030.1 : VHS and GAT domain containing protein, expressed
MaizeGDB (Corn) -
Brachypodium -
Barley -
Wheat -
Populus -


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Expression pattern by RNA-Seq analysis
FPKM plot


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Top 20 genes with similar expressed profiles

Rank Gene Function KEGG orthology
1 Sobic.003G166750 - K15188: cyclin T
2 Sobic.009G165700 SAC3/GANP family protein, putative, expressed -
3 Sobic.008G087866 - -
4 Sobic.003G362600 AT hook motif family protein, expressed K15200: general transcription factor 3C polypeptide 2
5 Sobic.010G226000 expressed protein -
6 Sobic.003G170900 - -
7 Sobic.004G185800 expressed protein -
8 Sobic.010G094700 aberrant root formation protein 4, putative, expressed -
9 Sobic.002G211800 AT-rich interaction region, putative, expressed -
10 Sobic.001G451450 - -
11 Sobic.003G241100 expressed protein K07765: S2P endopeptidase
12 Sobic.009G132700 - -
13 Sobic.004G023000 SAC9, putative, expressed -
14 Sobic.010G079500 PHD-finger domain containing protein, putative, expressed -
15 Sobic.010G247800 zinc finger, C3HC4 type domain containing protein, expressed K10696: E3 ubiquitin-protein ligase BRE1
16 Sobic.007G063000 expressed protein -
17 Sobic.001G311500 N-acetylglucosaminyl transferase component, putative, expressed K03860: PIGQ, phosphatidylinositol N-acetylglucosaminyltransferase subunit Q
18 Sobic.003G188400 glutamate dehydrogenase protein, putative, expressed K00262: E1.4.1.4, glutamate dehydrogenase (NADP+)
19 Sobic.006G234700 FGGY family of carbohydrate kinases, putative, expressed -
20 Sobic.001G529600 1,3-beta-glucan synthase component domain containing protein, expressed K11000: callose synthase


Gene co-expression network
sample Sobic002G008100 Sobic002G008100 Sobic003G166750 Sobic003G166750 Sobic002G008100--Sobic003G166750 Sobic009G165700 Sobic009G165700 Sobic002G008100--Sobic009G165700 Sobic008G087866 Sobic008G087866 Sobic002G008100--Sobic008G087866 Sobic003G362600 Sobic003G362600 Sobic002G008100--Sobic003G362600 Sobic010G226000 Sobic010G226000 Sobic002G008100--Sobic010G226000 Sobic003G170900 Sobic003G170900 Sobic002G008100--Sobic003G170900 Sobic004G185800 Sobic004G185800 Sobic002G008100--Sobic004G185800 Sobic010G094700 Sobic010G094700 Sobic002G008100--Sobic010G094700 Sobic002G211800 Sobic002G211800 Sobic002G008100--Sobic002G211800 Sobic003G166750--Sobic009G165700 Sobic008G001200 Sobic008G001200 Sobic003G166750--Sobic008G001200 Sobic009G256400 Sobic009G256400 Sobic003G166750--Sobic009G256400 Sobic001G370900 Sobic001G370900 Sobic003G166750--Sobic001G370900 Sobic001G289800 Sobic001G289800 Sobic003G166750--Sobic001G289800 Sobic002G316600 Sobic002G316600 Sobic003G166750--Sobic002G316600 Sobic001G194200 Sobic001G194200 Sobic003G166750--Sobic001G194200 Sobic001G527800 Sobic001G527800 Sobic003G166750--Sobic001G527800 Sobic001G457800 Sobic001G457800 Sobic003G166750--Sobic001G457800 Sobic003G422500 Sobic003G422500 Sobic009G165700--Sobic003G422500 Sobic010G247800 Sobic010G247800 Sobic009G165700--Sobic010G247800 Sobic010G206900 Sobic010G206900 Sobic009G165700--Sobic010G206900 Sobic009G165700--Sobic003G166750 Sobic009G165700--Sobic008G087866 Sobic001G451400 Sobic001G451400 Sobic009G165700--Sobic001G451400 Sobic009G165700--Sobic003G170900 Sobic001G534700 Sobic001G534700 Sobic009G165700--Sobic001G534700 Sobic009G165700--Sobic008G001200 Sobic008G087866--Sobic009G165700 Sobic008G087866--Sobic003G422500 Sobic008G087866--Sobic008G001200 Sobic001G117200 Sobic001G117200 Sobic008G087866--Sobic001G117200 Sobic008G087866--Sobic003G166750 Sobic005G001000 Sobic005G001000 Sobic008G087866--Sobic005G001000 Sobic008G087866--Sobic003G170900 Sobic008G087866--Sobic001G194200 Sobic008G087866--Sobic001G370900 Sobic003G362600--Sobic009G165700 Sobic001G251200 Sobic001G251200 Sobic003G362600--Sobic001G251200 Sobic003G362600--Sobic003G166750 Sobic003G362600--Sobic002G211800 Sobic003G362600--Sobic008G087866 Sobic004G023000 Sobic004G023000 Sobic003G362600--Sobic004G023000 Sobic003G093800 Sobic003G093800 Sobic003G362600--Sobic003G093800 Sobic004G091100 Sobic004G091100 Sobic003G362600--Sobic004G091100 Sobic001G441400 Sobic001G441400 Sobic003G362600--Sobic001G441400 Sobic010G226000--Sobic001G451400 Sobic010G226000--Sobic009G256400 Sobic004G209700 Sobic004G209700 Sobic010G226000--Sobic004G209700 Sobic010G226000--Sobic009G165700 Sobic010G226000--Sobic003G166750 Sobic010G226000--Sobic001G441400 Sobic010G226000--Sobic001G457800 Sobic001G111850 Sobic001G111850 Sobic010G226000--Sobic001G111850 Sobic003G444800 Sobic003G444800 Sobic010G226000--Sobic003G444800 Sobic003G170900--Sobic009G165700 Sobic010G123600 Sobic010G123600 Sobic003G170900--Sobic010G123600 Sobic005G112300 Sobic005G112300 Sobic003G170900--Sobic005G112300 Sobic003G170900--Sobic010G206900 Sobic010G139000 Sobic010G139000 Sobic003G170900--Sobic010G139000 Sobic003G170900--Sobic003G422500 Sobic003G170900--Sobic003G166750 Sobic003G170900--Sobic010G247800 Sobic003G170900--Sobic001G194200 Sobic006G041600 Sobic006G041600 Sobic004G185800--Sobic006G041600 Sobic001G433800 Sobic001G433800 Sobic004G185800--Sobic001G433800 Sobic003G398700 Sobic003G398700 Sobic004G185800--Sobic003G398700 Sobic003G188400 Sobic003G188400 Sobic004G185800--Sobic003G188400 Sobic008G063300 Sobic008G063300 Sobic004G185800--Sobic008G063300 Sobic006G096900 Sobic006G096900 Sobic004G185800--Sobic006G096900 Sobic006G252900 Sobic006G252900 Sobic004G185800--Sobic006G252900 Sobic003G168100 Sobic003G168100 Sobic004G185800--Sobic003G168100 Sobic002G425500 Sobic002G425500 Sobic004G185800--Sobic002G425500 Sobic005G191900 Sobic005G191900 Sobic010G094700--Sobic005G191900 Sobic009G109200 Sobic009G109200 Sobic010G094700--Sobic009G109200 Sobic010G279450 Sobic010G279450 Sobic010G094700--Sobic010G279450 Sobic010G079500 Sobic010G079500 Sobic010G094700--Sobic010G079500 Sobic001G529600 Sobic001G529600 Sobic010G094700--Sobic001G529600 Sobic004G096400 Sobic004G096400 Sobic010G094700--Sobic004G096400 Sobic001G311500 Sobic001G311500 Sobic010G094700--Sobic001G311500 Sobic008G132900 Sobic008G132900 Sobic010G094700--Sobic008G132900 Sobic001G393900 Sobic001G393900 Sobic010G094700--Sobic001G393900 Sobic002G211800--Sobic009G165700 Sobic007G031900 Sobic007G031900 Sobic002G211800--Sobic007G031900 Sobic002G344000 Sobic002G344000 Sobic002G211800--Sobic002G344000 Sobic002G211800--Sobic003G166750 Sobic002G211800--Sobic004G023000 Sobic009G132700 Sobic009G132700 Sobic002G211800--Sobic009G132700 Sobic002G211800--Sobic003G170900 Sobic002G294800 Sobic002G294800 Sobic002G211800--Sobic002G294800 Sobic002G211800--Sobic003G362600
Octagon: transcription factors


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