Gene annotation
Transcriptome id Sobic.002G039600.1
Synonym Sb02g003400
Functional annotation -
UniProt C5XA69
Pfam PF15490
Panther DB PTHR33905 PTHR33905:SF1
NCBI CDD -
KEGG Orthology -
Gene Ontology GO:0003697; single-stranded DNA binding


Orthologs (automatic annotation)
TAIR AT1G56260 : -
RAP-DB (Rice) -
MaizeGDB (Corn) Zm00025a045057
Brachypodium -
Barley -
Wheat -
Populus -


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cDNA sequences
Sobic.002G039600


Expression pattern by RNA-Seq analysis
FPKM plot


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Rank Gene Function KEGG orthology
1 Sobic.009G257300 ELF3 protein, putative, expressed K12125: protein EARLY FLOWERING 3
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5 Sobic.008G157950 - -
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9 Sobic.004G212800 - -
10 Sobic.004G164600 - -
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14 Sobic.002G039500 expressed protein -
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16 Sobic.002G076400 structural constituent of ribosome, putative, expressed -
17 Sobic.004G169501 - -
18 Sobic.004G016500 PPR repeat domain containing protein, putative, expressed -
19 Sobic.010G050600 - -
20 Sobic.003G315332 - K15421: secretion-regulating guanine nucleotide exchange factor


Gene co-expression network
sample Sobic002G039600 Sobic002G039600 Sobic009G257300 Sobic009G257300 Sobic002G039600--Sobic009G257300 Sobic002G221700 Sobic002G221700 Sobic002G039600--Sobic002G221700 Sobic001G345333 Sobic001G345333 Sobic002G039600--Sobic001G345333 Sobic002G108800 Sobic002G108800 Sobic002G039600--Sobic002G108800 Sobic008G157950 Sobic008G157950 Sobic002G039600--Sobic008G157950 Sobic002G007250 Sobic002G007250 Sobic002G039600--Sobic002G007250 Sobic002G283300 Sobic002G283300 Sobic002G039600--Sobic002G283300 Sobic003G204000 Sobic003G204000 Sobic002G039600--Sobic003G204000 Sobic004G212800 Sobic004G212800 Sobic002G039600--Sobic004G212800 Sobic003G015000 Sobic003G015000 Sobic009G257300--Sobic003G015000 Sobic009G257300--Sobic002G039600 Sobic007G073400 Sobic007G073400 Sobic009G257300--Sobic007G073400 Sobic009G228201 Sobic009G228201 Sobic009G257300--Sobic009G228201 Sobic002G039500 Sobic002G039500 Sobic009G257300--Sobic002G039500 Sobic008G079100 Sobic008G079100 Sobic009G257300--Sobic008G079100 Sobic007G023700 Sobic007G023700 Sobic009G257300--Sobic007G023700 Sobic004G143700 Sobic004G143700 Sobic009G257300--Sobic004G143700 Sobic009G180200 Sobic009G180200 Sobic009G257300--Sobic009G180200 Sobic004G164600 Sobic004G164600 Sobic002G221700--Sobic004G164600 Sobic008G042250 Sobic008G042250 Sobic002G221700--Sobic008G042250 Sobic001G253100 Sobic001G253100 Sobic002G221700--Sobic001G253100 Sobic005G110430 Sobic005G110430 Sobic002G221700--Sobic005G110430 Sobic004G076732 Sobic004G076732 Sobic002G221700--Sobic004G076732 Sobic008G009500 Sobic008G009500 Sobic002G221700--Sobic008G009500 Sobic002G221700--Sobic007G073400 Sobic002G221700--Sobic008G157950 Sobic002G221700--Sobic004G212800 Sobic001G345333--Sobic002G007250 Sobic001G345333--Sobic002G108800 Sobic001G243901 Sobic001G243901 Sobic001G345333--Sobic001G243901 Sobic001G345333--Sobic004G212800 Sobic010G248200 Sobic010G248200 Sobic001G345333--Sobic010G248200 Sobic001G345333--Sobic004G164600 Sobic001G345333--Sobic007G073400 Sobic002G253500 Sobic002G253500 Sobic001G345333--Sobic002G253500 Sobic001G345333--Sobic008G042250 Sobic007G156500 Sobic007G156500 Sobic002G108800--Sobic007G156500 Sobic002G108800--Sobic002G007250 Sobic002G108800--Sobic001G345333 Sobic002G108800--Sobic002G253500 Sobic002G108800--Sobic010G248200 Sobic002G108800--Sobic004G212800 Sobic002G108800--Sobic002G039500 Sobic002G108800--Sobic007G023700 Sobic002G108800--Sobic007G073400 Sobic008G157950--Sobic008G042250 Sobic008G157950--Sobic005G110430 Sobic008G157950--Sobic004G164600 Sobic008G049701 Sobic008G049701 Sobic008G157950--Sobic008G049701 Sobic001G287301 Sobic001G287301 Sobic008G157950--Sobic001G287301 Sobic003G036950 Sobic003G036950 Sobic008G157950--Sobic003G036950 Sobic008G157950--Sobic002G007250 Sobic008G157950--Sobic001G253100 Sobic008G157950--Sobic004G212800 Sobic002G007250--Sobic001G345333 Sobic002G007250--Sobic010G248200 Sobic002G007250--Sobic002G108800 Sobic002G007250--Sobic004G212800 Sobic002G007250--Sobic001G243901 Sobic002G007250--Sobic004G164600 Sobic002G007250--Sobic007G073400 Sobic002G007250--Sobic002G253500 Sobic002G007250--Sobic008G042250 Sobic009G156000 Sobic009G156000 Sobic002G283300--Sobic009G156000 Sobic010G263800 Sobic010G263800 Sobic002G283300--Sobic010G263800 Sobic002G283300--Sobic004G212800 Sobic002G283300--Sobic004G143700 Sobic006G009400 Sobic006G009400 Sobic002G283300--Sobic006G009400 SobicK016900 SobicK016900 Sobic002G283300--SobicK016900 Sobic002G283300--Sobic001G287301 Sobic002G283300--Sobic010G248200 Sobic005G130200 Sobic005G130200 Sobic002G283300--Sobic005G130200 Sobic001G024200 Sobic001G024200 Sobic003G204000--Sobic001G024200 Sobic008G068800 Sobic008G068800 Sobic003G204000--Sobic008G068800 Sobic003G204000--Sobic004G212800 Sobic008G116500 Sobic008G116500 Sobic003G204000--Sobic008G116500 Sobic004G169501 Sobic004G169501 Sobic003G204000--Sobic004G169501 Sobic001G543900 Sobic001G543900 Sobic003G204000--Sobic001G543900 Sobic004G112500 Sobic004G112500 Sobic003G204000--Sobic004G112500 Sobic002G297800 Sobic002G297800 Sobic003G204000--Sobic002G297800 Sobic003G315332 Sobic003G315332 Sobic003G204000--Sobic003G315332 Sobic004G212800--Sobic007G073400 Sobic004G212800--Sobic004G164600 Sobic004G212800--Sobic001G024200 Sobic004G212800--Sobic001G345333 Sobic004G212800--Sobic002G007250 Sobic004G212800--Sobic010G248200 Sobic004G212800--Sobic004G076732 Sobic008G161401 Sobic008G161401 Sobic004G212800--Sobic008G161401 Sobic004G212800--Sobic004G112500
Octagon: transcription factors


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