Gene annotation
Transcriptome id Sobic.002G325400.1
Synonym Sb02g035270
Functional annotation NUC153 domain containing protein, expressed
UniProt C5XA68
Pfam PF08159
Panther DB PTHR12202 PTHR12202:SF0
NCBI CDD KOG2318; Uncharacterized conserved protein
KEGG Orthology -
Gene Ontology GO:0005634; nucleus


Orthologs (automatic annotation)
TAIR AT3G01160 : -
RAP-DB (Rice) LOC_Os07g34740.1 : NUC153 domain containing protein, expressed
MaizeGDB (Corn) Zm00025a048272
Brachypodium KQK15917
Barley HORVU2Hr1G045140.6 , HORVU2Hr1G045140.7 , HORVU2Hr1G045140.4 , HORVU2Hr1G045140.5 , HORVU2Hr1G045140.2 , HORVU2Hr1G045140.3 , HORVU2Hr1G045140.1
Wheat TraesCS5D02G053300 , TraesCS2D02G225200 , TraesCS6D02G077300 , TraesCS6B02G129900 , TraesCS2D02G225200 , TraesCS2A02G218200 , TraesCS2B02G243600 , TraesCS6A02G083700
Populus -


JBrowse

Open New Page


cDNA sequences
Sobic.002G325400


Expression pattern by RNA-Seq analysis
FPKM plot


Find similar expressed genes
Top 20 genes with similar expressed profiles

Rank Gene Function KEGG orthology
1 Sobic.008G117100 expressed protein -
2 Sobic.010G110050 - -
3 Sobic.007G193800 serine/threonine-protein kinase RIO-like, putative, expressed K07178: RIO kinase 1
4 Sobic.003G051800 expressed protein K03024: RPC7, DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC7
5 Sobic.001G470400 expressed protein -
6 Sobic.002G387500 - K14778: DDX49, ATP-dependent RNA helicase DDX49/DBP8
7 Sobic.009G249301 - -
8 Sobic.009G005750 - -
9 Sobic.006G136900 transferase family protein, putative, expressed -
10 Sobic.002G026200 stress-induced protein, putative, expressed -
11 Sobic.001G435100 transcription initiation factor IIF, alpha subunit domain containing protein, expressed K03138: TFIIF1, GTF2F1, transcription initiation factor TFIIF subunit alpha
12 Sobic.006G260600 OTU-like cysteine protease family protein, putative, expressed K13717: OTU domain-containing protein 3
13 Sobic.004G039900 expressed protein -
14 Sobic.002G266250 - -
15 Sobic.010G074960 - -
16 Sobic.010G197400 tetratricopeptide-like helical, putative, expressed -
17 Sobic.001G370500 expressed protein K14851: RRP17, ribosomal RNA-processing protein 17
18 Sobic.002G118400 - -
19 Sobic.001G204400 MYB family transcription factor, putative, expressed -
20 Sobic.008G150150 - -


Gene co-expression network
sample Sobic002G325400 Sobic002G325400 Sobic008G117100 Sobic008G117100 Sobic002G325400--Sobic008G117100 Sobic010G110050 Sobic010G110050 Sobic002G325400--Sobic010G110050 Sobic007G193800 Sobic007G193800 Sobic002G325400--Sobic007G193800 Sobic003G051800 Sobic003G051800 Sobic002G325400--Sobic003G051800 Sobic001G470400 Sobic001G470400 Sobic002G325400--Sobic001G470400 Sobic002G387500 Sobic002G387500 Sobic002G325400--Sobic002G387500 Sobic009G249301 Sobic009G249301 Sobic002G325400--Sobic009G249301 Sobic009G005750 Sobic009G005750 Sobic002G325400--Sobic009G005750 Sobic006G136900 Sobic006G136900 Sobic002G325400--Sobic006G136900 Sobic003G304700 Sobic003G304700 Sobic008G117100--Sobic003G304700 Sobic004G080400 Sobic004G080400 Sobic008G117100--Sobic004G080400 Sobic002G003000 Sobic002G003000 Sobic008G117100--Sobic002G003000 Sobic008G117100--Sobic002G325400 Sobic004G288100 Sobic004G288100 Sobic008G117100--Sobic004G288100 Sobic010G262800 Sobic010G262800 Sobic008G117100--Sobic010G262800 Sobic002G005700 Sobic002G005700 Sobic008G117100--Sobic002G005700 Sobic005G121100 Sobic005G121100 Sobic008G117100--Sobic005G121100 Sobic003G022800 Sobic003G022800 Sobic008G117100--Sobic003G022800 Sobic002G266250 Sobic002G266250 Sobic010G110050--Sobic002G266250 Sobic001G380100 Sobic001G380100 Sobic010G110050--Sobic001G380100 Sobic001G204400 Sobic001G204400 Sobic010G110050--Sobic001G204400 Sobic003G235601 Sobic003G235601 Sobic010G110050--Sobic003G235601 Sobic004G203600 Sobic004G203600 Sobic010G110050--Sobic004G203600 Sobic003G337900 Sobic003G337900 Sobic010G110050--Sobic003G337900 Sobic001G403800 Sobic001G403800 Sobic010G110050--Sobic001G403800 Sobic002G280001 Sobic002G280001 Sobic010G110050--Sobic002G280001 Sobic007G031000 Sobic007G031000 Sobic010G110050--Sobic007G031000 Sobic007G193800--Sobic002G387500 Sobic008G168000 Sobic008G168000 Sobic007G193800--Sobic008G168000 Sobic001G418650 Sobic001G418650 Sobic007G193800--Sobic001G418650 Sobic002G364000 Sobic002G364000 Sobic007G193800--Sobic002G364000 Sobic001G178200 Sobic001G178200 Sobic007G193800--Sobic001G178200 Sobic001G134600 Sobic001G134600 Sobic007G193800--Sobic001G134600 Sobic002G052500 Sobic002G052500 Sobic007G193800--Sobic002G052500 Sobic001G339900 Sobic001G339900 Sobic007G193800--Sobic001G339900 Sobic007G043200 Sobic007G043200 Sobic007G193800--Sobic007G043200 Sobic006G260600 Sobic006G260600 Sobic003G051800--Sobic006G260600 Sobic002G356700 Sobic002G356700 Sobic003G051800--Sobic002G356700 Sobic004G098200 Sobic004G098200 Sobic003G051800--Sobic004G098200 Sobic009G233600 Sobic009G233600 Sobic003G051800--Sobic009G233600 Sobic006G272450 Sobic006G272450 Sobic003G051800--Sobic006G272450 Sobic003G051800--Sobic002G052500 Sobic001G019100 Sobic001G019100 Sobic003G051800--Sobic001G019100 Sobic009G010800 Sobic009G010800 Sobic003G051800--Sobic009G010800 Sobic006G201200 Sobic006G201200 Sobic003G051800--Sobic006G201200 Sobic001G470400--Sobic010G110050 Sobic001G470400--Sobic003G337900 Sobic010G194801 Sobic010G194801 Sobic001G470400--Sobic010G194801 Sobic001G470400--Sobic002G266250 Sobic005G156201 Sobic005G156201 Sobic001G470400--Sobic005G156201 Sobic003G019500 Sobic003G019500 Sobic001G470400--Sobic003G019500 Sobic003G260050 Sobic003G260050 Sobic001G470400--Sobic003G260050 Sobic003G111700 Sobic003G111700 Sobic001G470400--Sobic003G111700 Sobic002G015950 Sobic002G015950 Sobic001G470400--Sobic002G015950 Sobic002G387500--Sobic007G193800 Sobic002G387500--Sobic008G168000 Sobic004G205200 Sobic004G205200 Sobic002G387500--Sobic004G205200 Sobic002G034400 Sobic002G034400 Sobic002G387500--Sobic002G034400 Sobic002G387500--Sobic001G134600 Sobic010G004001 Sobic010G004001 Sobic002G387500--Sobic010G004001 Sobic002G371500 Sobic002G371500 Sobic002G387500--Sobic002G371500 Sobic006G166300 Sobic006G166300 Sobic002G387500--Sobic006G166300 Sobic002G138500 Sobic002G138500 Sobic002G387500--Sobic002G138500 Sobic008G150150 Sobic008G150150 Sobic009G249301--Sobic008G150150 Sobic010G074960 Sobic010G074960 Sobic009G249301--Sobic010G074960 Sobic009G249301--Sobic001G019100 Sobic010G275550 Sobic010G275550 Sobic009G249301--Sobic010G275550 Sobic010G058650 Sobic010G058650 Sobic009G249301--Sobic010G058650 Sobic003G288900 Sobic003G288900 Sobic009G249301--Sobic003G288900 Sobic009G194600 Sobic009G194600 Sobic009G249301--Sobic009G194600 Sobic009G004000 Sobic009G004000 Sobic009G249301--Sobic009G004000 Sobic003G343100 Sobic003G343100 Sobic009G249301--Sobic003G343100 Sobic002G375600 Sobic002G375600 Sobic009G005750--Sobic002G375600 Sobic004G087900 Sobic004G087900 Sobic009G005750--Sobic004G087900 Sobic005G230600 Sobic005G230600 Sobic009G005750--Sobic005G230600 Sobic006G269300 Sobic006G269300 Sobic009G005750--Sobic006G269300 Sobic009G005750--Sobic007G031000 Sobic001G227601 Sobic001G227601 Sobic009G005750--Sobic001G227601 Sobic009G106300 Sobic009G106300 Sobic009G005750--Sobic009G106300 Sobic002G429200 Sobic002G429200 Sobic009G005750--Sobic002G429200 Sobic002G295550 Sobic002G295550 Sobic009G005750--Sobic002G295550 Sobic003G309600 Sobic003G309600 Sobic006G136900--Sobic003G309600 Sobic001G308450 Sobic001G308450 Sobic006G136900--Sobic001G308450 Sobic004G199000 Sobic004G199000 Sobic006G136900--Sobic004G199000 Sobic006G136900--Sobic009G004000 Sobic010G197400 Sobic010G197400 Sobic006G136900--Sobic010G197400 Sobic001G261553 Sobic001G261553 Sobic006G136900--Sobic001G261553 Sobic002G003900 Sobic002G003900 Sobic006G136900--Sobic002G003900 Sobic006G136900--Sobic009G249301 Sobic006G136900--Sobic008G150150
Octagon: transcription factors


© 2015- RIKEN, All rights reserved.