Gene annotation
Transcriptome id Sobic.008G117100.1
Synonym Sb08g017070
Functional annotation expressed protein
UniProt C5YPC6
Pfam PF08524
Panther DB PTHR15657 PTHR15657:SF1
NCBI CDD KOG4851; Uncharacterized conserved protein
KEGG Orthology -
Gene Ontology -


Orthologs (automatic annotation)
TAIR AT4G03180 : -
RAP-DB (Rice) LOC_Os12g35270.1 : expressed protein
MaizeGDB (Corn) Zm00025a054361 , Zm00025a025542
Brachypodium -
Barley -
Wheat -
Populus -


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cDNA sequences
Sobic.008G117100


Expression pattern by RNA-Seq analysis
FPKM plot


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Top 20 genes with similar expressed profiles

Rank Gene Function KEGG orthology
1 Sobic.003G304700 AGAP003732-PA, putative, expressed -
2 Sobic.004G080400 hrpN-interacting protein from Malus, putative, expressed -
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4 Sobic.002G325400 NUC153 domain containing protein, expressed -
5 Sobic.004G288100 HSPC171 protein, putative, expressed -
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7 Sobic.002G005700 - -
8 Sobic.005G121100 ZOS11-03 - C2H2 zinc finger protein, expressed -
9 Sobic.003G022800 ribosomal protein L23 family protein, putative, expressed K02892: RP-L23, MRPL23, large subunit ribosomal protein L23
10 Sobic.001G370500 expressed protein K14851: RRP17, ribosomal RNA-processing protein 17
11 Sobic.002G281200 SAG (Senescence-associated gene): up-regulated gene during dark-induced senescence.(PubMedID : 27586543)@expressed protein -
12 Sobic.003G051800 expressed protein K03024: RPC7, DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC7
13 Sobic.004G205200 PPR repeat containing protein, expressed -
14 Sobic.001G529900 expressed protein -
15 Sobic.004G009100 AGAP000425-PA, putative, expressed K13120: protein FAM32A
16 Sobic.003G174850 - -
17 Sobic.003G219400 RNA recognition motif containing protein, putative, expressed K12741: heterogeneous nuclear ribonucleoprotein A1/A3
18 Sobic.001G052900 thioredoxin, putative, expressed K03671: thioredoxin 1
19 Sobic.001G465300 splicing factor, putative, expressed -
20 Sobic.001G473000 pre-mRNA-splicing factor ATP-dependent RNA helicase DHX16, putative, expressed K12818: DHX8, ATP-dependent RNA helicase DHX8/PRP22


Gene co-expression network
sample Sobic008G117100 Sobic008G117100 Sobic003G304700 Sobic003G304700 Sobic008G117100--Sobic003G304700 Sobic004G080400 Sobic004G080400 Sobic008G117100--Sobic004G080400 Sobic002G003000 Sobic002G003000 Sobic008G117100--Sobic002G003000 Sobic002G325400 Sobic002G325400 Sobic008G117100--Sobic002G325400 Sobic004G288100 Sobic004G288100 Sobic008G117100--Sobic004G288100 Sobic010G262800 Sobic010G262800 Sobic008G117100--Sobic010G262800 Sobic002G005700 Sobic002G005700 Sobic008G117100--Sobic002G005700 Sobic005G121100 Sobic005G121100 Sobic008G117100--Sobic005G121100 Sobic003G022800 Sobic003G022800 Sobic008G117100--Sobic003G022800 Sobic003G304700--Sobic010G262800 Sobic004G352200 Sobic004G352200 Sobic003G304700--Sobic004G352200 Sobic009G228500 Sobic009G228500 Sobic003G304700--Sobic009G228500 Sobic003G304700--Sobic008G117100 Sobic003G304700--Sobic004G288100 Sobic001G465300 Sobic001G465300 Sobic003G304700--Sobic001G465300 Sobic002G419100 Sobic002G419100 Sobic003G304700--Sobic002G419100 Sobic001G370500 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Octagon: transcription factors


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