Gene annotation
Transcriptome id Sobic.003G139100.1
Synonym
Functional annotation -
UniProt A0A1B6Q322
Pfam -
Panther DB -
NCBI CDD -
KEGG Orthology -
Gene Ontology -


Orthologs (automatic annotation)
TAIR -
RAP-DB (Rice) -
MaizeGDB (Corn) Zm00025a035147
Brachypodium -
Barley -
Wheat -
Populus -


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cDNA sequences
Sobic.003G139100


Expression pattern by RNA-Seq analysis
FPKM plot


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Top 20 genes with similar expressed profiles

Rank Gene Function KEGG orthology
1 Sobic.001G494400 DUF593 domain containing protein, expressed -
2 Sobic.004G224100 RPA2B - Putative single-stranded DNA binding complex subunit 2, expressed K10739: RFA2, replication factor A2
3 Sobic.005G096201 - -
4 Sobic.002G013600 expressed protein -
5 Sobic.001G341900 domain of unknown function domain containing protein, expressed -
6 Sobic.007G061500 double-strand break repair protein MRE11, putative, expressed K10865: double-strand break repair protein MRE11
7 Sobic.002G209450 - -
8 Sobic.004G314100 GS9(Ortholog in rice:Zhao et al.(2018))(PubMedID : 31659890)@expressed protein -
9 Sobic.003G093500 protein binding protein, putative, expressed -
10 Sobic.003G298000 - -
11 Sobic.004G327200 pheophorbide a oxygenase, chloroplast precursor, putative, expressed -
12 Sobic.001G028500 expressed protein -
13 Sobic.004G231501 - -
14 Sobic.004G190800 galactosyltransferase family protein, putative, expressed K14413: beta-1,3-galactosyltransferase
15 Sobic.004G165600 glycosyl hydrolases family 17, putative, expressed -
16 Sobic.001G010900 OsGrx_S14 - glutaredoxin subgroup II, expressed K07390: grxD, monothiol glutaredoxin
17 Sobic.009G080000 OsSPL15 - SBP-box gene family member, expressed -
18 Sobic.003G253700 "SAG (Senescence-associated gene): differentially expressed gene during developmental, salt-induced, and dark-induced senescence."(PubMedID : 27586543)@expressed protein -
19 Sobic.010G150000 - -
20 Sobic.002G038200 deoxyribonuclease tatD, putative, expressed K03424: TatD DNase family protein


Gene co-expression network
sample Sobic003G139100 Sobic003G139100 Sobic001G494400 Sobic001G494400 Sobic003G139100--Sobic001G494400 Sobic004G224100 Sobic004G224100 Sobic003G139100--Sobic004G224100 Sobic005G096201 Sobic005G096201 Sobic003G139100--Sobic005G096201 Sobic002G013600 Sobic002G013600 Sobic003G139100--Sobic002G013600 Sobic001G341900 Sobic001G341900 Sobic003G139100--Sobic001G341900 Sobic007G061500 Sobic007G061500 Sobic003G139100--Sobic007G061500 Sobic002G209450 Sobic002G209450 Sobic003G139100--Sobic002G209450 Sobic004G314100 Sobic004G314100 Sobic003G139100--Sobic004G314100 Sobic003G093500 Sobic003G093500 Sobic003G139100--Sobic003G093500 Sobic003G298000 Sobic003G298000 Sobic001G494400--Sobic003G298000 Sobic001G494400--Sobic003G139100 Sobic001G494400--Sobic002G013600 Sobic001G494400--Sobic002G209450 Sobic001G494400--Sobic005G096201 Sobic001G010900 Sobic001G010900 Sobic001G494400--Sobic001G010900 Sobic002G038200 Sobic002G038200 Sobic001G494400--Sobic002G038200 Sobic001G494400--Sobic007G061500 Sobic001G494400--Sobic001G341900 Sobic004G224100--Sobic005G096201 Sobic004G224100--Sobic002G013600 Sobic004G224100--Sobic003G093500 Sobic004G224100--Sobic003G139100 Sobic004G224100--Sobic001G341900 Sobic001G060200 Sobic001G060200 Sobic004G224100--Sobic001G060200 Sobic004G047001 Sobic004G047001 Sobic004G224100--Sobic004G047001 Sobic008G192800 Sobic008G192800 Sobic004G224100--Sobic008G192800 Sobic004G224100--Sobic007G061500 Sobic005G096201--Sobic002G209450 Sobic005G096201--Sobic004G224100 Sobic005G096201--Sobic002G013600 Sobic005G096201--Sobic003G139100 Sobic010G150000 Sobic010G150000 Sobic005G096201--Sobic010G150000 Sobic002G231400 Sobic002G231400 Sobic005G096201--Sobic002G231400 Sobic004G165600 Sobic004G165600 Sobic005G096201--Sobic004G165600 Sobic005G096201--Sobic001G494400 Sobic003G429600 Sobic003G429600 Sobic005G096201--Sobic003G429600 Sobic004G190800 Sobic004G190800 Sobic002G013600--Sobic004G190800 Sobic002G013600--Sobic004G224100 Sobic002G013600--Sobic005G096201 Sobic002G013600--Sobic003G139100 Sobic002G013600--Sobic004G165600 Sobic002G013600--Sobic001G494400 Sobic002G013600--Sobic007G061500 Sobic002G346250 Sobic002G346250 Sobic002G013600--Sobic002G346250 Sobic003G241600 Sobic003G241600 Sobic002G013600--Sobic003G241600 Sobic001G341900--Sobic003G093500 Sobic001G341900--Sobic007G061500 Sobic009G004500 Sobic009G004500 Sobic001G341900--Sobic009G004500 Sobic001G341900--Sobic004G224100 Sobic004G337700 Sobic004G337700 Sobic001G341900--Sobic004G337700 Sobic001G341900--Sobic008G192800 Sobic009G045100 Sobic009G045100 Sobic001G341900--Sobic009G045100 Sobic001G368000 Sobic001G368000 Sobic001G341900--Sobic001G368000 Sobic009G114900 Sobic009G114900 Sobic001G341900--Sobic009G114900 Sobic004G231501 Sobic004G231501 Sobic007G061500--Sobic004G231501 Sobic001G028500 Sobic001G028500 Sobic007G061500--Sobic001G028500 Sobic007G061500--Sobic004G314100 Sobic007G061500--Sobic009G004500 Sobic007G017300 Sobic007G017300 Sobic007G061500--Sobic007G017300 Sobic007G061500--Sobic001G368000 Sobic007G061500--Sobic003G093500 Sobic003G106100 Sobic003G106100 Sobic007G061500--Sobic003G106100 Sobic001G483200 Sobic001G483200 Sobic007G061500--Sobic001G483200 Sobic002G209450--Sobic005G096201 Sobic009G252500 Sobic009G252500 Sobic002G209450--Sobic009G252500 Sobic003G253700 Sobic003G253700 Sobic002G209450--Sobic003G253700 Sobic002G209450--Sobic003G298000 Sobic007G046600 Sobic007G046600 Sobic002G209450--Sobic007G046600 Sobic003G155000 Sobic003G155000 Sobic002G209450--Sobic003G155000 Sobic001G520000 Sobic001G520000 Sobic002G209450--Sobic001G520000 Sobic002G209450--Sobic001G494400 Sobic001G191500 Sobic001G191500 Sobic002G209450--Sobic001G191500 Sobic004G314100--Sobic007G061500 Sobic004G314100--Sobic003G106100 Sobic004G314100--Sobic004G231501 Sobic004G314100--Sobic001G028500 Sobic004G026000 Sobic004G026000 Sobic004G314100--Sobic004G026000 Sobic007G213500 Sobic007G213500 Sobic004G314100--Sobic007G213500 Sobic004G310400 Sobic004G310400 Sobic004G314100--Sobic004G310400 Sobic001G104100 Sobic001G104100 Sobic004G314100--Sobic001G104100 Sobic004G314100--Sobic007G017300 Sobic003G093500--Sobic009G004500 Sobic003G093500--Sobic007G061500 Sobic003G093500--Sobic007G017300 Sobic003G093500--Sobic001G341900 Sobic003G093500--Sobic008G192800 Sobic003G093500--Sobic009G045100 Sobic005G155001 Sobic005G155001 Sobic003G093500--Sobic005G155001 Sobic003G093500--Sobic004G224100 Sobic003G093500--Sobic001G060200
Octagon: transcription factors


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