Gene annotation
Transcriptome id Sobic.003G166500.1,Sobic.003G166500.2
Synonym Sb03g016080
Functional annotation NAD dependent epimerase/dehydratase family protein, putative, expressed
UniProt A0A1B6Q3T5 , C5XKN3
Pfam PF01370
Panther DB PTHR12126 PTHR12126:SF8
NCBI CDD KOG4288; Predicted oxidoreductase
KEGG Orthology -
Gene Ontology GO:0003824; catalytic activity


Orthologs (automatic annotation)
TAIR AT5G10730 : NAD(P)-binding Rossmann-fold superfamily protein
RAP-DB (Rice) LOC_Os02g35039.1 : NAD dependent epimerase/dehydratase family protein, putative, expressed
MaizeGDB (Corn) Zm00025a024729
Brachypodium KQJ86936 , KQJ86937
Barley HORVU5Hr1G073450.4 , HORVU5Hr1G073450.2 , HORVU5Hr1G073450.3 , HORVU5Hr1G073450.1
Wheat TraesCS5B02G162400 , TraesCS5A02G165800
Populus -


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cDNA sequences
Sobic.003G166500


Expression pattern by RNA-Seq analysis
FPKM plot


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Rank Gene Function KEGG orthology
1 Sobic.004G037200 cycloartenol synthase, putative, expressed K01853: cycloartenol synthase
2 Sobic.008G072500 SAM-dependent methyltransferase, putative, expressed K18162: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex assembly factor 5
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10 Sobic.009G260700 rho GDP-dissociation inhibitor 1, putative, expressed K12462: ARHGDI, Rho GDP-dissociation inhibitor
11 Sobic.002G125800 phosphoglucomutase, putative, expressed -
12 Sobic.001G097900 expressed protein -
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16 Sobic.010G192600 tubulin binding cofactor C, putative, expressed K16810: TBCC domain-containing protein 1
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18 Sobic.001G533100 GHMP kinases ATP-binding protein, putative, expressed K05305: fucokinase
19 Sobic.007G226800 -(PubMedID : 26976818)@dicarboxylate transporter 5(PubMedID : 27016024)@citrate transporter, putative, expressed K03319: divalent anion:Na+ symporter, DASS family
20 Sobic.007G118500 galactosyltransferase family protein, putative, expressed -


Gene co-expression network
sample Sobic003G166500 Sobic003G166500 Sobic004G037200 Sobic004G037200 Sobic003G166500--Sobic004G037200 Sobic008G072500 Sobic008G072500 Sobic003G166500--Sobic008G072500 Sobic003G202100 Sobic003G202100 Sobic003G166500--Sobic003G202100 Sobic006G017800 Sobic006G017800 Sobic003G166500--Sobic006G017800 Sobic003G048600 Sobic003G048600 Sobic003G166500--Sobic003G048600 Sobic005G018800 Sobic005G018800 Sobic003G166500--Sobic005G018800 Sobic001G115700 Sobic001G115700 Sobic003G166500--Sobic001G115700 Sobic006G106300 Sobic006G106300 Sobic003G166500--Sobic006G106300 Sobic010G133400 Sobic010G133400 Sobic003G166500--Sobic010G133400 Sobic004G037200--Sobic003G166500 Sobic005G031000 Sobic005G031000 Sobic004G037200--Sobic005G031000 Sobic001G533100 Sobic001G533100 Sobic004G037200--Sobic001G533100 Sobic002G125800 Sobic002G125800 Sobic004G037200--Sobic002G125800 Sobic010G155600 Sobic010G155600 Sobic004G037200--Sobic010G155600 Sobic004G037200--Sobic008G072500 Sobic001G203600 Sobic001G203600 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Octagon: transcription factors


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