Gene annotation
Transcriptome id Sobic.001G097900.1
Synonym Sb01g008740
Functional annotation expressed protein
UniProt C5X1B6
Pfam PF08700
Panther DB PTHR15954 PTHR15954:SF4
NCBI CDD KOG2346; Uncharacterized conserved protein
KEGG Orthology -
Gene Ontology -


Orthologs (automatic annotation)
TAIR AT4G02030 : Vps51/Vps67 family (components of vesicular transport) protein
RAP-DB (Rice) LOC_Os03g52770.1 : expressed protein
MaizeGDB (Corn) Zm00025a016850
Brachypodium KQK13322
Barley HORVU4Hr1G011450.9 , HORVU4Hr1G011450.8 , HORVU4Hr1G011450.7 , HORVU4Hr1G011450.6 , HORVU4Hr1G011450.5 , HORVU4Hr1G011450.4 , HORVU4Hr1G011450.3 , HORVU4Hr1G011450.2 , HORVU4Hr1G011450.1
Wheat TraesCS4A02G246400 , TraesCS4A02G246400 , TraesCS4D02G067500 , TraesCS4B02G068400
Populus -


JBrowse

Open New Page


cDNA sequences
Sobic.001G097900


Expression pattern by RNA-Seq analysis
FPKM plot


Find similar expressed genes
Top 20 genes with similar expressed profiles

Rank Gene Function KEGG orthology
1 Sobic.010G192600 tubulin binding cofactor C, putative, expressed K16810: TBCC domain-containing protein 1
2 Sobic.001G474400 conserved oligomeric Golgi complex component 8, putative, expressed -
3 Sobic.001G445500 coatomer subunit gamma-1, putative, expressed K17267: coatomer subunit gamma
4 Sobic.006G106300 - K17675: SUPV3L1, ATP-dependent RNA helicase SUPV3L1/SUV3
5 Sobic.005G110499 - K14006: protein transport protein SEC23
6 Sobic.002G227500 protein transport protein, putative, expressed K14006: protein transport protein SEC23
7 Sobic.001G308400 expressed protein -
8 Sobic.009G040250 - -
9 Sobic.005G114500 growth regulator related protein, putative, expressed -
10 Sobic.008G019532 - -
11 Sobic.001G467100 SURF1, putative, expressed K14998: SURF1, surfeit locus 1 family protein
12 Sobic.003G397900 dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase 63 kDasubunit precursor, putative, expressed K12667: SWP1, oligosaccharyltransferase complex subunit delta (ribophorin II)
13 Sobic.003G021600 pre-mRNA-splicing factor ATP-dependent RNA helicase DHX16, putative, expressed K13117: ATP-dependent RNA helicase DDX35
14 Sobic.002G363800 expressed protein -
15 Sobic.010G223400 expressed protein -
16 Sobic.003G256800 RNA polymerase III subunit RPC82 family protein, putative, expressed K03023: RPC3, DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC3
17 Sobic.002G340900 ATMIN7, putative, expressed K13462: guanine nucleotide-exchange factor
18 Sobic.009G003700 PINHEAD, putative, expressed K11593: ELF2C, eukaryotic translation initiation factor 2C
19 Sobic.001G356100 GPI-anchored wall transfer protein 1, putative, expressed K05283: glucosaminylphosphatidylinositol acyltransferase
20 Sobic.001G455000 glycosyl hydrolase, family 31, putative, expressed K05546: mannosyl-oligosaccharide alpha-1,3-glucosidase


Gene co-expression network
sample Sobic001G097900 Sobic001G097900 Sobic010G192600 Sobic010G192600 Sobic001G097900--Sobic010G192600 Sobic001G474400 Sobic001G474400 Sobic001G097900--Sobic001G474400 Sobic001G445500 Sobic001G445500 Sobic001G097900--Sobic001G445500 Sobic006G106300 Sobic006G106300 Sobic001G097900--Sobic006G106300 Sobic005G110499 Sobic005G110499 Sobic001G097900--Sobic005G110499 Sobic002G227500 Sobic002G227500 Sobic001G097900--Sobic002G227500 Sobic001G308400 Sobic001G308400 Sobic001G097900--Sobic001G308400 Sobic009G040250 Sobic009G040250 Sobic001G097900--Sobic009G040250 Sobic005G114500 Sobic005G114500 Sobic001G097900--Sobic005G114500 Sobic010G192600--Sobic001G097900 Sobic010G192600--Sobic001G474400 Sobic001G358500 Sobic001G358500 Sobic010G192600--Sobic001G358500 Sobic007G118500 Sobic007G118500 Sobic010G192600--Sobic007G118500 Sobic008G085700 Sobic008G085700 Sobic010G192600--Sobic008G085700 Sobic010G192600--Sobic005G110499 Sobic002G364900 Sobic002G364900 Sobic010G192600--Sobic002G364900 Sobic001G115700 Sobic001G115700 Sobic010G192600--Sobic001G115700 Sobic003G304400 Sobic003G304400 Sobic010G192600--Sobic003G304400 Sobic001G474400--Sobic005G110499 Sobic003G397900 Sobic003G397900 Sobic001G474400--Sobic003G397900 Sobic007G145400 Sobic007G145400 Sobic001G474400--Sobic007G145400 Sobic001G474400--Sobic001G097900 Sobic001G474400--Sobic005G114500 Sobic005G106200 Sobic005G106200 Sobic001G474400--Sobic005G106200 Sobic010G223400 Sobic010G223400 Sobic001G474400--Sobic010G223400 Sobic001G467100 Sobic001G467100 Sobic001G474400--Sobic001G467100 Sobic006G265600 Sobic006G265600 Sobic001G474400--Sobic006G265600 Sobic003G346400 Sobic003G346400 Sobic001G445500--Sobic003G346400 Sobic001G445500--Sobic001G097900 Sobic001G455000 Sobic001G455000 Sobic001G445500--Sobic001G455000 Sobic001G445500--Sobic003G397900 Sobic006G203300 Sobic006G203300 Sobic001G445500--Sobic006G203300 Sobic010G171000 Sobic010G171000 Sobic001G445500--Sobic010G171000 Sobic003G130900 Sobic003G130900 Sobic001G445500--Sobic003G130900 Sobic001G374000 Sobic001G374000 Sobic001G445500--Sobic001G374000 Sobic005G114800 Sobic005G114800 Sobic001G445500--Sobic005G114800 Sobic003G409900 Sobic003G409900 Sobic006G106300--Sobic003G409900 Sobic003G021600 Sobic003G021600 Sobic006G106300--Sobic003G021600 Sobic002G398700 Sobic002G398700 Sobic006G106300--Sobic002G398700 Sobic006G106300--Sobic001G097900 Sobic001G015400 Sobic001G015400 Sobic006G106300--Sobic001G015400 Sobic009G254100 Sobic009G254100 Sobic006G106300--Sobic009G254100 Sobic002G301100 Sobic002G301100 Sobic006G106300--Sobic002G301100 Sobic006G106300--Sobic001G474400 Sobic006G106300--Sobic002G364900 Sobic003G189600 Sobic003G189600 Sobic005G110499--Sobic003G189600 Sobic005G110499--Sobic001G474400 Sobic005G110499--Sobic001G308400 Sobic003G394200 Sobic003G394200 Sobic005G110499--Sobic003G394200 Sobic004G053500 Sobic004G053500 Sobic005G110499--Sobic004G053500 Sobic002G401500 Sobic002G401500 Sobic005G110499--Sobic002G401500 Sobic006G021700 Sobic006G021700 Sobic005G110499--Sobic006G021700 Sobic002G371700 Sobic002G371700 Sobic005G110499--Sobic002G371700 Sobic003G209200 Sobic003G209200 Sobic005G110499--Sobic003G209200 Sobic002G227500--Sobic001G308400 Sobic002G227500--Sobic003G021600 Sobic001G156900 Sobic001G156900 Sobic002G227500--Sobic001G156900 Sobic010G169900 Sobic010G169900 Sobic002G227500--Sobic010G169900 Sobic004G265500 Sobic004G265500 Sobic002G227500--Sobic004G265500 Sobic003G043000 Sobic003G043000 Sobic002G227500--Sobic003G043000 Sobic003G405500 Sobic003G405500 Sobic002G227500--Sobic003G405500 Sobic003G181700 Sobic003G181700 Sobic002G227500--Sobic003G181700 Sobic010G059500 Sobic010G059500 Sobic002G227500--Sobic010G059500 Sobic001G308400--Sobic004G265500 Sobic001G308400--Sobic002G227500 SobicK028600 SobicK028600 Sobic001G308400--SobicK028600 Sobic001G308400--Sobic003G043000 Sobic001G308400--Sobic010G169900 Sobic006G128100 Sobic006G128100 Sobic001G308400--Sobic006G128100 Sobic004G357100 Sobic004G357100 Sobic001G308400--Sobic004G357100 Sobic001G308400--Sobic001G156900 Sobic001G308400--Sobic003G394200 Sobic009G040325 Sobic009G040325 Sobic009G040250--Sobic009G040325 Sobic005G087300 Sobic005G087300 Sobic009G040250--Sobic005G087300 Sobic009G040250--Sobic003G021600 Sobic006G012300 Sobic006G012300 Sobic009G040250--Sobic006G012300 Sobic002G147200 Sobic002G147200 Sobic009G040250--Sobic002G147200 Sobic010G160300 Sobic010G160300 Sobic009G040250--Sobic010G160300 Sobic001G043200 Sobic001G043200 Sobic009G040250--Sobic001G043200 Sobic002G304700 Sobic002G304700 Sobic009G040250--Sobic002G304700 Sobic006G191000 Sobic006G191000 Sobic009G040250--Sobic006G191000 Sobic005G114500--Sobic003G130900 Sobic003G230600 Sobic003G230600 Sobic005G114500--Sobic003G230600 Sobic005G114500--Sobic001G474400 Sobic005G114500--Sobic010G223400 Sobic005G114500--Sobic001G308400 Sobic003G005900 Sobic003G005900 Sobic005G114500--Sobic003G005900 Sobic005G059500 Sobic005G059500 Sobic005G114500--Sobic005G059500 Sobic005G114500--Sobic005G110499 Sobic009G122500 Sobic009G122500 Sobic005G114500--Sobic009G122500
Octagon: transcription factors


© 2015- RIKEN, All rights reserved.