Gene annotation
Transcriptome id Sobic.003G225700.1
Synonym Sb03g028366, emb1011
Functional annotation -
UniProt A0A1B6Q4S8
Pfam -
Panther DB PTHR34418 PTHR34418:SF1
NCBI CDD -
KEGG Orthology -
Gene Ontology -


Orthologs (automatic annotation)
TAIR AT1G55540 : Nuclear pore complex protein
RAP-DB (Rice) -
MaizeGDB (Corn) Zm00025a049199 , Zm00025a038478
Brachypodium KQK14576
Barley -
Wheat TraesCS2D02G100000 , TraesCS2A02G100500 , TraesCS2A02G100500 , TraesCS2D02G100000 , TraesCS2B02G117700 , TraesCS2B02G117700
Populus -


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cDNA sequences
Sobic.003G225700


Expression pattern by RNA-Seq analysis
FPKM plot


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Top 20 genes with similar expressed profiles

Rank Gene Function KEGG orthology
1 Sobic.005G112300 ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 5, putative, expressed K11835: USP4_11, ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 4/11
2 Sobic.002G299700 ATGRIP/GRIP, putative, expressed -
3 Sobic.001G363500 DIRP family protein, putative, expressed -
4 Sobic.005G118600 NB-ARC domain containing protein, expressed -
5 Sobic.001G241200 protein kinase domain containing protein, expressed -
6 Sobic.002G071500 cleavage and polyadenylation specificity factor, putative, expressed K12830: SF3B3, SAP130, splicing factor 3B subunit 3
7 Sobic.003G372700 expressed protein -
8 Sobic.006G040500 phospholipid-transporting ATPase 2, putative, expressed K01530: phospholipid-translocating ATPase
9 Sobic.008G084700 - -
10 Sobic.002G397500 SAC3/GANP family protein, expressed -
11 Sobic.009G247400 PX domain containing protein, putative, expressed K17925: sorting nexin-13
12 Sobic.006G032500 - -
13 Sobic.010G116600 FHA domain containing protein, putative, expressed -
14 Sobic.002G317200 uncharacterized ACR, COG1590 family protein, expressed K15450: tRNA wybutosine-synthesizing protein 3
15 Sobic.002G309600 DNA-binding protein, putative, expressed K14326: UPF1, regulator of nonsense transcripts 1
16 Sobic.001G433800 lissencephaly type-1-like homology motif, putative, expressed -
17 Sobic.001G280900 expressed protein -
18 Sobic.001G311500 N-acetylglucosaminyl transferase component, putative, expressed K03860: PIGQ, phosphatidylinositol N-acetylglucosaminyltransferase subunit Q
19 Sobic.006G216800 AAA family ATPase, putative, expressed K13339: PEX6, peroxin-6
20 Sobic.003G229500 ZOS12-01 - C2H2 zinc finger protein, expressed -


Gene co-expression network
sample Sobic003G225700 Sobic003G225700 Sobic005G112300 Sobic005G112300 Sobic003G225700--Sobic005G112300 Sobic002G299700 Sobic002G299700 Sobic003G225700--Sobic002G299700 Sobic001G363500 Sobic001G363500 Sobic003G225700--Sobic001G363500 Sobic005G118600 Sobic005G118600 Sobic003G225700--Sobic005G118600 Sobic001G241200 Sobic001G241200 Sobic003G225700--Sobic001G241200 Sobic002G071500 Sobic002G071500 Sobic003G225700--Sobic002G071500 Sobic003G372700 Sobic003G372700 Sobic003G225700--Sobic003G372700 Sobic006G040500 Sobic006G040500 Sobic003G225700--Sobic006G040500 Sobic008G084700 Sobic008G084700 Sobic003G225700--Sobic008G084700 Sobic005G112300--Sobic001G363500 Sobic007G062800 Sobic007G062800 Sobic005G112300--Sobic007G062800 Sobic010G112100 Sobic010G112100 Sobic005G112300--Sobic010G112100 Sobic010G139000 Sobic010G139000 Sobic005G112300--Sobic010G139000 Sobic007G105100 Sobic007G105100 Sobic005G112300--Sobic007G105100 Sobic001G540400 Sobic001G540400 Sobic005G112300--Sobic001G540400 Sobic010G010700 Sobic010G010700 Sobic005G112300--Sobic010G010700 Sobic005G008800 Sobic005G008800 Sobic005G112300--Sobic005G008800 Sobic005G112300--Sobic002G071500 Sobic010G116600 Sobic010G116600 Sobic002G299700--Sobic010G116600 Sobic002G299700--Sobic001G363500 Sobic002G299700--Sobic005G112300 Sobic002G397500 Sobic002G397500 Sobic002G299700--Sobic002G397500 Sobic004G048800 Sobic004G048800 Sobic002G299700--Sobic004G048800 Sobic004G242400 Sobic004G242400 Sobic002G299700--Sobic004G242400 Sobic002G299700--Sobic007G105100 Sobic003G408600 Sobic003G408600 Sobic002G299700--Sobic003G408600 Sobic002G299700--Sobic007G062800 Sobic001G363500--Sobic005G112300 Sobic001G363500--Sobic007G062800 Sobic010G247800 Sobic010G247800 Sobic001G363500--Sobic010G247800 Sobic001G363500--Sobic002G299700 Sobic001G363500--Sobic010G112100 Sobic001G363500--Sobic004G242400 Sobic001G433800 Sobic001G433800 Sobic001G363500--Sobic001G433800 Sobic010G279450 Sobic010G279450 Sobic001G363500--Sobic010G279450 Sobic001G363500--Sobic010G139000 Sobic003G059750 Sobic003G059750 Sobic005G118600--Sobic003G059750 Sobic005G118600--Sobic008G084700 Sobic005G118600--Sobic003G225700 Sobic001G065000 Sobic001G065000 Sobic005G118600--Sobic001G065000 Sobic009G166300 Sobic009G166300 Sobic005G118600--Sobic009G166300 Sobic008G153000 Sobic008G153000 Sobic005G118600--Sobic008G153000 Sobic001G114000 Sobic001G114000 Sobic005G118600--Sobic001G114000 Sobic005G118600--Sobic002G071500 Sobic007G103600 Sobic007G103600 Sobic005G118600--Sobic007G103600 Sobic007G117400 Sobic007G117400 Sobic001G241200--Sobic007G117400 Sobic001G241200--Sobic005G112300 Sobic004G065100 Sobic004G065100 Sobic001G241200--Sobic004G065100 Sobic002G309600 Sobic002G309600 Sobic001G241200--Sobic002G309600 Sobic001G241200--Sobic005G008800 Sobic008G009700 Sobic008G009700 Sobic001G241200--Sobic008G009700 Sobic001G154900 Sobic001G154900 Sobic001G241200--Sobic001G154900 Sobic003G119000 Sobic003G119000 Sobic001G241200--Sobic003G119000 Sobic001G241200--Sobic001G540400 Sobic002G071500--Sobic005G112300 Sobic002G071500--Sobic003G408600 Sobic002G071500--Sobic008G009700 Sobic002G071500--Sobic010G116600 Sobic001G026200 Sobic001G026200 Sobic002G071500--Sobic001G026200 Sobic002G153700 Sobic002G153700 Sobic002G071500--Sobic002G153700 Sobic010G069100 Sobic010G069100 Sobic002G071500--Sobic010G069100 Sobic002G071500--Sobic003G119000 Sobic010G201500 Sobic010G201500 Sobic002G071500--Sobic010G201500 Sobic002G006900 Sobic002G006900 Sobic003G372700--Sobic002G006900 Sobic003G372700--Sobic003G119000 Sobic007G065400 Sobic007G065400 Sobic003G372700--Sobic007G065400 Sobic003G372700--Sobic005G112300 Sobic002G191800 Sobic002G191800 Sobic003G372700--Sobic002G191800 Sobic009G040600 Sobic009G040600 Sobic003G372700--Sobic009G040600 Sobic003G372700--Sobic002G309600 Sobic003G280800 Sobic003G280800 Sobic003G372700--Sobic003G280800 Sobic001G474600 Sobic001G474600 Sobic003G372700--Sobic001G474600 Sobic003G186000 Sobic003G186000 Sobic006G040500--Sobic003G186000 Sobic005G001000 Sobic005G001000 Sobic006G040500--Sobic005G001000 Sobic006G040500--Sobic007G062800 Sobic006G040500--Sobic005G112300 Sobic006G040500--Sobic010G010700 Sobic002G008900 Sobic002G008900 Sobic006G040500--Sobic002G008900 Sobic009G256400 Sobic009G256400 Sobic006G040500--Sobic009G256400 Sobic010G123600 Sobic010G123600 Sobic006G040500--Sobic010G123600 Sobic004G276400 Sobic004G276400 Sobic006G040500--Sobic004G276400 Sobic009G104201 Sobic009G104201 Sobic008G084700--Sobic009G104201 Sobic008G084700--Sobic003G372700 Sobic008G084700--Sobic005G118600 Sobic004G007100 Sobic004G007100 Sobic008G084700--Sobic004G007100 Sobic009G086900 Sobic009G086900 Sobic008G084700--Sobic009G086900 Sobic002G180666 Sobic002G180666 Sobic008G084700--Sobic002G180666 Sobic006G032500 Sobic006G032500 Sobic008G084700--Sobic006G032500 Sobic002G243900 Sobic002G243900 Sobic008G084700--Sobic002G243900 Sobic008G084700--Sobic003G225700
Octagon: transcription factors


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