Gene annotation
Transcriptome id Sobic.004G194000.1
Synonym Sb04g024170
Functional annotation expressed protein
UniProt C5XVT4
Pfam -
Panther DB PTHR33914 PTHR33914:SF2
NCBI CDD -
KEGG Orthology -
Gene Ontology -


Orthologs (automatic annotation)
TAIR AT2G03810 : 18S pre-ribosomal assembly protein gar2-related
RAP-DB (Rice) LOC_Os02g37120.1 : expressed protein
MaizeGDB (Corn) Zm00025a031766 , Zm00025a020866
Brachypodium -
Barley -
Wheat -
Populus -


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Expression pattern by RNA-Seq analysis
FPKM plot


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Rank Gene Function KEGG orthology
1 Sobic.009G135300 FAR1 family protein, expressed -
2 Sobic.002G263300 - -
3 Sobic.005G163100 dnaJ domain containing protein, expressed -
4 Sobic.002G060700 OsFBX237 - F-box domain containing protein, expressed -
5 Sobic.010G033600 BRCA1 C Terminus domain containing protein, expressed K10803: DNA-repair protein XRCC1
6 Sobic.009G260650 - -
7 Sobic.009G228000 ubiquitin-conjugating enzyme domain containing protein, expressed K10581: ubiquitin-conjugating enzyme E2 O
8 Sobic.003G070100 expressed protein -
9 Sobic.002G235900 phosphatidylinositol 3- and 4-kinase family protein, putative, expressed -
10 Sobic.001G014300 OsFBDUF15 - F-box and DUF domain containing protein, expressed -
11 Sobic.002G386600 heat shock protein DnaJ, putative, expressed -
12 Sobic.007G000300 expressed protein -
13 Sobic.006G006500 MBTB44 - Bric-a-Brac, Tramtrack, Broad Complex BTB domain with Meprin and TRAF Homology MATH domain, expressed K10523: speckle-type POZ protein
14 Sobic.002G340000 FAR1 family protein, expressed -
15 Sobic.009G149900 CAMK_CAMK_like.11 - CAMK includes calcium/calmodulin depedent protein kinases, expressed K14498: serine/threonine-protein kinase SRK2
16 Sobic.006G211500 "GA biosynthetic gene, causes dwarfism accompanied by unusual culm bending in the mutants"(PubMedID : 24924234)@ent-kaurene synthase, chloroplast precursor, putative, expressed K04121: ent-kaurene synthase
17 Sobic.004G357100 expressed protein -
18 Sobic.006G210000 zinc finger domain, LSD1 subclass family protein, expressed -
19 Sobic.009G102000 OsFBX9 - F-box domain containing protein, expressed -
20 Sobic.006G281700 DUF803 domain containing, putative, expressed -


Gene co-expression network
sample Sobic004G194000 Sobic004G194000 Sobic009G135300 Sobic009G135300 Sobic004G194000--Sobic009G135300 Sobic002G263300 Sobic002G263300 Sobic004G194000--Sobic002G263300 Sobic005G163100 Sobic005G163100 Sobic004G194000--Sobic005G163100 Sobic002G060700 Sobic002G060700 Sobic004G194000--Sobic002G060700 Sobic010G033600 Sobic010G033600 Sobic004G194000--Sobic010G033600 Sobic009G260650 Sobic009G260650 Sobic004G194000--Sobic009G260650 Sobic009G228000 Sobic009G228000 Sobic004G194000--Sobic009G228000 Sobic003G070100 Sobic003G070100 Sobic004G194000--Sobic003G070100 Sobic002G235900 Sobic002G235900 Sobic004G194000--Sobic002G235900 Sobic009G135300--Sobic002G263300 Sobic004G007900 Sobic004G007900 Sobic009G135300--Sobic004G007900 Sobic009G135300--Sobic004G194000 Sobic009G102000 Sobic009G102000 Sobic009G135300--Sobic009G102000 Sobic006G224100 Sobic006G224100 Sobic009G135300--Sobic006G224100 Sobic009G135300--Sobic005G163100 Sobic002G317400 Sobic002G317400 Sobic009G135300--Sobic002G317400 Sobic006G006500 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Octagon: transcription factors


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