Gene annotation
Transcriptome id Sobic.004G303433.1
Synonym -
Functional annotation -
UniProt A0A1Z5RPV1 , P93335 , H0I4A6 , A1E9Q2
Pfam PF00164
Panther DB PTHR11652 PTHR11652:SF17
NCBI CDD -
KEGG Orthology K02950; RP-S12, MRPS12, small subunit ribosomal protein S12
Gene Ontology GO:0006412; translation GO:0005840ribosome GO:0005622intracellular GO:0003735structural constituent of ribosome


Orthologs (automatic annotation)
TAIR ATCG00905 : ribosomal protein S12C
RAP-DB (Rice) LOC_Os12g34062.1 : mitochondrial ribosomal protein S12, putative, expressed
MaizeGDB (Corn) -
Brachypodium PNT63522
Barley HORVU2Hr1G121890.1 , HORVU5Hr1G064860.1 , HORVU1Hr1G014050.1 , HORVU2Hr1G070510.1 , HORVU6Hr1G049530.1 , HORVU0Hr1G024920.1 , HORVU4Hr1G016740.1 , HORVU0Hr1G034790.1 , HORVU7Hr1G076970.1 , HORVU0Hr1G032570.1 , HORVU6Hr1G012600.1 , HORVU0Hr1G031300.1 , HORVU2Hr1G030350.1
Wheat -
Populus PNT08287 , PNT12260 , PNT40934


JBrowse

Open New Page


Expression pattern by RNA-Seq analysis
FPKM plot


Find similar expressed genes
Top 20 genes with similar expressed profiles

Rank Gene Function KEGG orthology
1 Sobic.005G139900 chloroplast 30S ribosomal protein S7, putative, expressed K02992: RP-S7, MRPS7, small subunit ribosomal protein S7
2 Sobic.001G535850 - -
3 Sobic.003G159101 - -
4 Sobic.001G394532 - K02110: ATPF0C, F-type H+-transporting ATPase subunit c
5 Sobic.005G036450 - -
6 Sobic.005G184900 - -
7 Sobic.003G286450 - -
8 Sobic.003G169200 chloroplast ATP synthase a chain precursor, putative, expressed K02108: ATPF0A, F-type H+-transporting ATPase subunit a
9 Sobic.003G173116 - K02724: photosystem II PsbZ protein
10 Sobic.010G206600 NADPH-dependent oxidoreductase, putative, expressed -
11 Sobic.001G530201 - -
12 Sobic.003G053100 - -
13 Sobic.009G174150 - -
14 Sobic.001G230050 - K05580: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit I
15 Sobic.002G159750 - -
16 Sobic.005G104900 SAG (Senescence-associated gene): differentially expressed gene during developmental senescence.(PubMedID : 27586543)@expressed protein -
17 Sobic.002G083332 - -
18 Sobic.003G172600 - -
19 Sobic.009G257000 - -
20 Sobic.001G154000 plastocyanin-like domain containing protein, putative, expressed -


Gene co-expression network
sample Sobic004G303433 Sobic004G303433 Sobic005G139900 Sobic005G139900 Sobic004G303433--Sobic005G139900 Sobic001G535850 Sobic001G535850 Sobic004G303433--Sobic001G535850 Sobic003G159101 Sobic003G159101 Sobic004G303433--Sobic003G159101 Sobic001G394532 Sobic001G394532 Sobic004G303433--Sobic001G394532 Sobic005G036450 Sobic005G036450 Sobic004G303433--Sobic005G036450 Sobic005G184900 Sobic005G184900 Sobic004G303433--Sobic005G184900 Sobic003G286450 Sobic003G286450 Sobic004G303433--Sobic003G286450 Sobic003G169200 Sobic003G169200 Sobic004G303433--Sobic003G169200 Sobic003G173116 Sobic003G173116 Sobic004G303433--Sobic003G173116 Sobic005G139900--Sobic003G169200 Sobic005G139900--Sobic003G173116 Sobic005G139900--Sobic004G303433 Sobic005G139900--Sobic001G535850 Sobic003G053100 Sobic003G053100 Sobic005G139900--Sobic003G053100 Sobic010G206600 Sobic010G206600 Sobic005G139900--Sobic010G206600 Sobic003G172600 Sobic003G172600 Sobic005G139900--Sobic003G172600 Sobic001G530201 Sobic001G530201 Sobic005G139900--Sobic001G530201 Sobic001G230050 Sobic001G230050 Sobic005G139900--Sobic001G230050 Sobic001G535850--Sobic003G286450 Sobic001G535850--Sobic005G139900 Sobic001G535850--Sobic004G303433 Sobic001G535850--Sobic003G173116 Sobic001G535850--Sobic001G394532 Sobic001G535850--Sobic010G206600 Sobic005G139750 Sobic005G139750 Sobic001G535850--Sobic005G139750 Sobic001G154000 Sobic001G154000 Sobic001G535850--Sobic001G154000 Sobic005G104900 Sobic005G104900 Sobic001G535850--Sobic005G104900 Sobic003G159101--Sobic003G173116 Sobic003G159101--Sobic005G036450 Sobic003G159101--Sobic003G169200 Sobic003G159101--Sobic005G139900 Sobic003G159101--Sobic004G303433 Sobic003G159101--Sobic001G230050 Sobic009G174150 Sobic009G174150 Sobic003G159101--Sobic009G174150 Sobic003G159101--Sobic001G535850 Sobic003G159101--Sobic003G053100 Sobic001G394532--Sobic010G206600 Sobic001G394532--Sobic001G230050 Sobic001G394532--Sobic003G169200 SobicK032300 SobicK032300 Sobic001G394532--SobicK032300 Sobic001G394532--Sobic001G535850 Sobic001G394532--Sobic005G139900 Sobic001G394532--Sobic001G530201 Sobic006G183100 Sobic006G183100 Sobic001G394532--Sobic006G183100 Sobic001G394532--Sobic009G174150 Sobic005G036450--Sobic003G159101 Sobic005G036450--Sobic004G303433 Sobic005G036450--Sobic003G173116 Sobic005G036450--Sobic005G139900 Sobic005G036450--Sobic003G169200 Sobic005G036450--Sobic001G535850 Sobic005G036450--Sobic001G394532 Sobic005G036450--Sobic009G174150 Sobic005G036450--Sobic001G230050 Sobic005G184900--Sobic001G394532 Sobic005G184900--Sobic004G303433 Sobic005G184900--Sobic010G206600 Sobic005G184900--Sobic003G169200 Sobic005G184900--Sobic005G139900 Sobic005G184900--Sobic001G530201 Sobic005G184900--Sobic003G159101 Sobic005G184900--Sobic001G535850 Sobic005G184900--Sobic001G230050 Sobic003G286450--Sobic001G535850 Sobic002G159750 Sobic002G159750 Sobic003G286450--Sobic002G159750 Sobic003G286450--Sobic001G154000 Sobic004G019550 Sobic004G019550 Sobic003G286450--Sobic004G019550 Sobic001G476800 Sobic001G476800 Sobic003G286450--Sobic001G476800 Sobic003G286450--Sobic001G394532 Sobic003G286450--Sobic005G139750 Sobic003G286450--Sobic004G303433 Sobic003G286450--Sobic010G206600 Sobic003G169200--Sobic001G230050 Sobic003G169200--Sobic010G206600 Sobic003G169200--Sobic003G172600 Sobic003G169200--Sobic005G139900 Sobic003G169200--SobicK032300 Sobic003G169200--Sobic001G394532 Sobic003G169200--Sobic003G173116 Sobic003G169200--Sobic001G530201 Sobic003G169200--Sobic003G159101 Sobic003G173116--Sobic003G159101 Sobic003G173116--Sobic001G230050 Sobic003G173116--Sobic005G139900 Sobic003G173116--Sobic009G174150 Sobic003G173116--Sobic003G169200 Sobic003G173116--Sobic003G172600 Sobic003G173116--Sobic001G535850 Sobic003G173116--Sobic003G053100 Sobic003G173116--Sobic010G206600
Octagon: transcription factors


© 2015- RIKEN, All rights reserved.