Gene annotation
Transcriptome id Sobic.008G143100.1
Synonym Sb08g019370
Functional annotation SAG (Senescence-associated gene): up-regulated gene during salt-induced senescence. (PubMedID : 27586543)
zinc finger, C3HC4 type domain containing protein, expressed
UniProt A0A1B6PDM4
Pfam PF13639
Panther DB PTHR22763
NCBI CDD -
KEGG Orthology -
Gene Ontology GO:0008270; zinc ion binding GO:0005515protein binding


Orthologs (automatic annotation)
TAIR AT3G61180 : RING/U-box superfamily protein
RAP-DB (Rice) LOC_Os12g39110.1 : zinc finger, C3HC4 type domain containing protein, expressed
MaizeGDB (Corn) Zm00025a004382
Brachypodium KQJ86136
Barley -
Wheat -
Populus -


JBrowse

Open New Page


cDNA sequences
Sobic.008G143100


Expression pattern by RNA-Seq analysis
FPKM plot


Find similar expressed genes
Top 20 genes with similar expressed profiles

Rank Gene Function KEGG orthology
1 Sobic.004G081900 OsSub12 - Putative Subtilisin homologue, expressed -
2 Sobic.006G162400 expressed protein -
3 Sobic.001G453600 beta-hexosaminidase precursor, putative, expressed K12373: hexosaminidase
4 Sobic.007G049900 MYB family transcription factor, putative, expressed -
5 Sobic.008G124600 expressed protein -
6 Sobic.003G428000 expressed protein -
7 Sobic.002G392400 expressed protein -
8 Sobic.002G414800 PPR repeat domain containing protein, putative, expressed -
9 Sobic.006G119900 zinc finger, ZZ type family protein, expressed K17987: next to BRCA1 gene 1 protein
10 Sobic.002G239400 OsFBX338 - F-box domain containing protein, expressed -
11 Sobic.008G054700 growth regulator related protein, putative, expressed -
12 Sobic.009G046900 N-acetylglucosaminyltransferase, putative, expressed -
13 Sobic.009G017600 cupin domain containing protein, expressed -
14 Sobic.009G252200 expressed protein K11644: paired amphipathic helix protein Sin3a
15 Sobic.004G194400 expressed protein -
16 Sobic.010G274800 glycosyl transferase family 8, putative, expressed K13648: alpha-1,4-galacturonosyltransferase
17 Sobic.007G105700 glycosyl transferase 8 domain containing protein, putative, expressed K13648: alpha-1,4-galacturonosyltransferase
18 Sobic.008G069300 - -
19 Sobic.004G021000 cyclin-dependent kinase A-2, putative, expressed K02206: cyclin-dependent kinase 2
20 Sobic.001G149000 FAR1 family protein, expressed -


Gene co-expression network
sample Sobic008G143100 Sobic008G143100 Sobic004G081900 Sobic004G081900 Sobic008G143100--Sobic004G081900 Sobic006G162400 Sobic006G162400 Sobic008G143100--Sobic006G162400 Sobic001G453600 Sobic001G453600 Sobic008G143100--Sobic001G453600 Sobic007G049900 Sobic007G049900 Sobic008G143100--Sobic007G049900 Sobic008G124600 Sobic008G124600 Sobic008G143100--Sobic008G124600 Sobic003G428000 Sobic003G428000 Sobic008G143100--Sobic003G428000 Sobic002G392400 Sobic002G392400 Sobic008G143100--Sobic002G392400 Sobic002G414800 Sobic002G414800 Sobic008G143100--Sobic002G414800 Sobic006G119900 Sobic006G119900 Sobic008G143100--Sobic006G119900 Sobic002G123400 Sobic002G123400 Sobic004G081900--Sobic002G123400 Sobic008G071700 Sobic008G071700 Sobic004G081900--Sobic008G071700 Sobic005G006900 Sobic005G006900 Sobic004G081900--Sobic005G006900 Sobic003G090200 Sobic003G090200 Sobic004G081900--Sobic003G090200 Sobic002G100300 Sobic002G100300 Sobic004G081900--Sobic002G100300 Sobic005G212300 Sobic005G212300 Sobic004G081900--Sobic005G212300 Sobic003G354850 Sobic003G354850 Sobic004G081900--Sobic003G354850 Sobic004G254700 Sobic004G254700 Sobic004G081900--Sobic004G254700 Sobic002G019300 Sobic002G019300 Sobic004G081900--Sobic002G019300 Sobic006G162400--Sobic001G453600 Sobic004G046800 Sobic004G046800 Sobic006G162400--Sobic004G046800 Sobic006G134500 Sobic006G134500 Sobic006G162400--Sobic006G134500 Sobic001G356200 Sobic001G356200 Sobic006G162400--Sobic001G356200 Sobic009G046900 Sobic009G046900 Sobic006G162400--Sobic009G046900 Sobic010G255900 Sobic010G255900 Sobic006G162400--Sobic010G255900 Sobic004G113600 Sobic004G113600 Sobic006G162400--Sobic004G113600 Sobic001G387300 Sobic001G387300 Sobic006G162400--Sobic001G387300 Sobic010G130601 Sobic010G130601 Sobic006G162400--Sobic010G130601 Sobic010G145100 Sobic010G145100 Sobic001G453600--Sobic010G145100 Sobic001G453600--Sobic004G046800 Sobic006G093600 Sobic006G093600 Sobic001G453600--Sobic006G093600 Sobic009G229400 Sobic009G229400 Sobic001G453600--Sobic009G229400 Sobic009G202000 Sobic009G202000 Sobic001G453600--Sobic009G202000 Sobic001G453600--Sobic006G162400 Sobic001G453600--Sobic001G387300 Sobic003G024100 Sobic003G024100 Sobic001G453600--Sobic003G024100 Sobic009G061500 Sobic009G061500 Sobic001G453600--Sobic009G061500 Sobic007G049900--Sobic001G453600 Sobic007G049900--Sobic006G162400 Sobic007G049900--Sobic002G414800 Sobic007G049900--Sobic001G387300 Sobic009G218000 Sobic009G218000 Sobic007G049900--Sobic009G218000 Sobic008G011800 Sobic008G011800 Sobic007G049900--Sobic008G011800 Sobic007G049900--Sobic009G046900 Sobic002G239400 Sobic002G239400 Sobic007G049900--Sobic002G239400 Sobic010G225201 Sobic010G225201 Sobic007G049900--Sobic010G225201 Sobic004G256100 Sobic004G256100 Sobic008G124600--Sobic004G256100 Sobic007G193600 Sobic007G193600 Sobic008G124600--Sobic007G193600 Sobic001G474100 Sobic001G474100 Sobic008G124600--Sobic001G474100 Sobic003G018000 Sobic003G018000 Sobic008G124600--Sobic003G018000 Sobic001G103600 Sobic001G103600 Sobic008G124600--Sobic001G103600 Sobic009G047900 Sobic009G047900 Sobic008G124600--Sobic009G047900 Sobic001G518900 Sobic001G518900 Sobic008G124600--Sobic001G518900 Sobic008G144701 Sobic008G144701 Sobic008G124600--Sobic008G144701 Sobic001G241700 Sobic001G241700 Sobic008G124600--Sobic001G241700 Sobic001G149000 Sobic001G149000 Sobic003G428000--Sobic001G149000 Sobic003G428000--Sobic009G046900 Sobic004G194400 Sobic004G194400 Sobic003G428000--Sobic004G194400 Sobic008G152700 Sobic008G152700 Sobic003G428000--Sobic008G152700 Sobic010G274800 Sobic010G274800 Sobic003G428000--Sobic010G274800 Sobic009G252300 Sobic009G252300 Sobic003G428000--Sobic009G252300 Sobic003G385300 Sobic003G385300 Sobic003G428000--Sobic003G385300 Sobic004G082800 Sobic004G082800 Sobic003G428000--Sobic004G082800 Sobic002G074800 Sobic002G074800 Sobic003G428000--Sobic002G074800 Sobic007G105700 Sobic007G105700 Sobic002G392400--Sobic007G105700 Sobic002G308000 Sobic002G308000 Sobic002G392400--Sobic002G308000 Sobic001G117900 Sobic001G117900 Sobic002G392400--Sobic001G117900 Sobic002G348400 Sobic002G348400 Sobic002G392400--Sobic002G348400 Sobic002G313100 Sobic002G313100 Sobic002G392400--Sobic002G313100 Sobic003G293400 Sobic003G293400 Sobic002G392400--Sobic003G293400 Sobic001G131900 Sobic001G131900 Sobic002G392400--Sobic001G131900 Sobic006G232800 Sobic006G232800 Sobic002G392400--Sobic006G232800 Sobic010G153400 Sobic010G153400 Sobic002G392400--Sobic010G153400 Sobic001G384200 Sobic001G384200 Sobic002G414800--Sobic001G384200 Sobic008G166100 Sobic008G166100 Sobic002G414800--Sobic008G166100 Sobic001G280500 Sobic001G280500 Sobic002G414800--Sobic001G280500 Sobic006G265800 Sobic006G265800 Sobic002G414800--Sobic006G265800 Sobic002G414800--Sobic006G134500 Sobic001G400000 Sobic001G400000 Sobic002G414800--Sobic001G400000 Sobic004G007400 Sobic004G007400 Sobic002G414800--Sobic004G007400 Sobic002G414800--Sobic001G387300 Sobic002G362500 Sobic002G362500 Sobic002G414800--Sobic002G362500 Sobic006G119900--Sobic007G105700 Sobic001G076600 Sobic001G076600 Sobic006G119900--Sobic001G076600 Sobic006G189000 Sobic006G189000 Sobic006G119900--Sobic006G189000 Sobic005G060100 Sobic005G060100 Sobic006G119900--Sobic005G060100 Sobic001G385300 Sobic001G385300 Sobic006G119900--Sobic001G385300 Sobic006G119900--Sobic010G274800 Sobic008G085950 Sobic008G085950 Sobic006G119900--Sobic008G085950 Sobic003G004800 Sobic003G004800 Sobic006G119900--Sobic003G004800 Sobic006G156400 Sobic006G156400 Sobic006G119900--Sobic006G156400
Octagon: transcription factors


© 2015- RIKEN, All rights reserved.