Gene annotation
Transcriptome id Sobic.009G116200.1
Synonym Sb09g018370, AL1
Functional annotation PHD finger protein, putative, expressed
UniProt A0A1B6P7X6
Pfam PF00628 PF12165
Panther DB PTHR12321 PTHR12321:SF39
NCBI CDD KOG1632; Uncharacterized PHD Zn-finger protein
KEGG Orthology -
Gene Ontology GO:0005515; protein binding GO:0006355regulation of transcription, DNA-templated


Orthologs (automatic annotation)
TAIR AT1G14510 : alfin-like 7
RAP-DB (Rice) LOC_Os07g41740.1 : PHD finger protein, putative, expressed
MaizeGDB (Corn) -
Brachypodium -
Barley -
Wheat -
Populus -


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Expression pattern by RNA-Seq analysis
FPKM plot


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Rank Gene Function KEGG orthology
1 Sobic.005G131800 DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC1, putative, expressed K03006: RPB1, DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB1
2 Sobic.004G075700 PHD-finger domain containing protein, putative, expressed -
3 Sobic.001G305100 pectinacetylesterase domain containing protein, expressed -
4 Sobic.010G112700 NHL repeat-containing protein, putative, expressed -
5 Sobic.006G186300 fasciclin-like arabinogalactan protein, putative, expressed -
6 Sobic.003G026900 expressed protein -
7 Sobic.008G041900 expressed protein -
8 Sobic.002G230400 ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase domain containing protein, expressed K11855: ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 36/42
9 Sobic.009G017000 expressed protein -
10 Sobic.006G161300 vacuolar-processing enzyme precursor, putative, expressed K01369: legumain
11 Sobic.007G106300 nucleobase-ascorbate transporter, putative, expressed K14611: SLC23A1, solute carrier family 23 (nucleobase transporter), member 1
12 Sobic.005G172800 expressed protein -
13 Sobic.006G144500 Protein eceriferum 1 CER1 (Os)(PubMedID : 27208977)@WAX2, putative, expressed K15404: K15404, aldehyde decarbonylase
14 Sobic.003G224700 glycosyltransferase family protein 1, putative, expressed -
15 Sobic.002G066000 expressed protein -
16 Sobic.009G229900 ATROPGEF7/ROPGEF7, putative, expressed -
17 Sobic.001G401975 - -
18 Sobic.008G156200 zinc finger family protein, putative, expressed K16277: E3 ubiquitin-protein ligase DRIP
19 Sobic.002G343000 expressed protein -
20 Sobic.005G205800 ATXR, putative, expressed -


Gene co-expression network
sample Sobic009G116200 Sobic009G116200 Sobic005G131800 Sobic005G131800 Sobic009G116200--Sobic005G131800 Sobic004G075700 Sobic004G075700 Sobic009G116200--Sobic004G075700 Sobic001G305100 Sobic001G305100 Sobic009G116200--Sobic001G305100 Sobic010G112700 Sobic010G112700 Sobic009G116200--Sobic010G112700 Sobic006G186300 Sobic006G186300 Sobic009G116200--Sobic006G186300 Sobic003G026900 Sobic003G026900 Sobic009G116200--Sobic003G026900 Sobic008G041900 Sobic008G041900 Sobic009G116200--Sobic008G041900 Sobic002G230400 Sobic002G230400 Sobic009G116200--Sobic002G230400 Sobic009G017000 Sobic009G017000 Sobic009G116200--Sobic009G017000 Sobic006G161300 Sobic006G161300 Sobic005G131800--Sobic006G161300 Sobic005G131800--Sobic010G112700 Sobic005G131800--Sobic001G305100 Sobic005G131800--Sobic006G186300 Sobic002G286800 Sobic002G286800 Sobic005G131800--Sobic002G286800 Sobic005G131800--Sobic004G075700 Sobic001G183100 Sobic001G183100 Sobic005G131800--Sobic001G183100 Sobic006G040101 Sobic006G040101 Sobic005G131800--Sobic006G040101 Sobic007G025100 Sobic007G025100 Sobic005G131800--Sobic007G025100 Sobic004G075700--Sobic006G186300 Sobic010G207400 Sobic010G207400 Sobic004G075700--Sobic010G207400 Sobic006G015800 Sobic006G015800 Sobic004G075700--Sobic006G015800 Sobic004G075700--Sobic001G305100 Sobic001G278700 Sobic001G278700 Sobic004G075700--Sobic001G278700 Sobic004G075700--Sobic003G026900 Sobic006G061100 Sobic006G061100 Sobic004G075700--Sobic006G061100 Sobic004G075700--Sobic006G161300 Sobic004G075700--Sobic005G131800 Sobic002G172200 Sobic002G172200 Sobic001G305100--Sobic002G172200 Sobic003G266100 Sobic003G266100 Sobic001G305100--Sobic003G266100 Sobic005G082300 Sobic005G082300 Sobic001G305100--Sobic005G082300 Sobic002G059500 Sobic002G059500 Sobic001G305100--Sobic002G059500 Sobic001G511400 Sobic001G511400 Sobic001G305100--Sobic001G511400 Sobic002G300900 Sobic002G300900 Sobic001G305100--Sobic002G300900 Sobic001G305100--Sobic006G040101 Sobic002G172100 Sobic002G172100 Sobic001G305100--Sobic002G172100 Sobic005G147500 Sobic005G147500 Sobic001G305100--Sobic005G147500 Sobic010G112700--Sobic005G131800 Sobic010G112700--Sobic002G230400 Sobic008G156200 Sobic008G156200 Sobic010G112700--Sobic008G156200 Sobic001G541400 Sobic001G541400 Sobic010G112700--Sobic001G541400 Sobic010G112700--Sobic006G186300 Sobic006G144500 Sobic006G144500 Sobic010G112700--Sobic006G144500 Sobic008G116100 Sobic008G116100 Sobic010G112700--Sobic008G116100 Sobic010G112700--Sobic004G075700 Sobic007G041200 Sobic007G041200 Sobic010G112700--Sobic007G041200 Sobic010G047300 Sobic010G047300 Sobic006G186300--Sobic010G047300 Sobic006G186300--Sobic007G041200 Sobic002G122000 Sobic002G122000 Sobic006G186300--Sobic002G122000 Sobic006G186300--Sobic004G075700 Sobic006G186300--Sobic002G230400 Sobic010G084800 Sobic010G084800 Sobic006G186300--Sobic010G084800 Sobic006G186300--Sobic001G305100 Sobic006G186300--Sobic005G131800 Sobic005G171800 Sobic005G171800 Sobic006G186300--Sobic005G171800 Sobic003G026900--Sobic004G075700 Sobic003G026900--Sobic005G131800 Sobic009G132650 Sobic009G132650 Sobic003G026900--Sobic009G132650 Sobic001G067000 Sobic001G067000 Sobic003G026900--Sobic001G067000 Sobic003G026900--Sobic006G186300 Sobic003G026900--Sobic006G061100 Sobic003G026900--Sobic002G230400 Sobic003G026900--Sobic006G161300 Sobic005G176875 Sobic005G176875 Sobic003G026900--Sobic005G176875 Sobic005G018050 Sobic005G018050 Sobic008G041900--Sobic005G018050 Sobic002G343000 Sobic002G343000 Sobic008G041900--Sobic002G343000 Sobic005G033700 Sobic005G033700 Sobic008G041900--Sobic005G033700 Sobic008G041900--Sobic006G186300 Sobic009G148000 Sobic009G148000 Sobic008G041900--Sobic009G148000 Sobic007G106300 Sobic007G106300 Sobic008G041900--Sobic007G106300 Sobic006G272800 Sobic006G272800 Sobic008G041900--Sobic006G272800 Sobic010G180200 Sobic010G180200 Sobic008G041900--Sobic010G180200 Sobic010G275800 Sobic010G275800 Sobic008G041900--Sobic010G275800 Sobic002G354800 Sobic002G354800 Sobic002G230400--Sobic002G354800 Sobic002G230400--Sobic006G186300 Sobic002G230400--Sobic004G075700 Sobic006G143300 Sobic006G143300 Sobic002G230400--Sobic006G143300 Sobic004G014100 Sobic004G014100 Sobic002G230400--Sobic004G014100 Sobic004G163700 Sobic004G163700 Sobic002G230400--Sobic004G163700 Sobic002G230400--Sobic010G112700 Sobic002G230400--Sobic002G343000 Sobic010G273800 Sobic010G273800 Sobic002G230400--Sobic010G273800 Sobic003G214650 Sobic003G214650 Sobic009G017000--Sobic003G214650 Sobic009G017000--Sobic006G186300 Sobic006G261200 Sobic006G261200 Sobic009G017000--Sobic006G261200 Sobic009G017000--Sobic006G015800 Sobic009G017000--Sobic007G041200 Sobic008G037100 Sobic008G037100 Sobic009G017000--Sobic008G037100 Sobic010G118200 Sobic010G118200 Sobic009G017000--Sobic010G118200 Sobic001G150300 Sobic001G150300 Sobic009G017000--Sobic001G150300 Sobic009G168300 Sobic009G168300 Sobic009G017000--Sobic009G168300
Octagon: transcription factors


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