Gene annotation
Transcriptome id Sobic.010G113900.1
Synonym Sb10g009870, RPF2
Functional annotation Rf1, mitochondrial precursor, putative, expressed
UniProt A0A194YII5
Pfam PF12854 PF13041
Panther DB PTHR24015 PTHR24015:SF302
NCBI CDD -
KEGG Orthology -
Gene Ontology -


Orthologs (automatic annotation)
TAIR AT1G62670 : rna processing factor 2
RAP-DB (Rice) LOC_Os10g35240.2 : Rf1, mitochondrial precursor, putative, expressed
MaizeGDB (Corn) -
Brachypodium -
Barley -
Wheat -
Populus -


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Expression pattern by RNA-Seq analysis
FPKM plot


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Top 20 genes with similar expressed profiles

Rank Gene Function KEGG orthology
1 Sobic.001G454301 - -
2 Sobic.009G100050 - -
3 Sobic.001G094000 expressed protein -
4 Sobic.008G136200 spotted leaf 11, putative, expressed -
5 Sobic.006G039900 - -
6 Sobic.002G076400 structural constituent of ribosome, putative, expressed -
7 Sobic.001G454401 - -
8 Sobic.010G139301 - -
9 Sobic.008G117200 RING finger and CHY zinc finger domain-containing protein 1, putative, expressed K10144: RCHY1, RING finger and CHY zinc finger domain-containing protein 1
10 Sobic.005G110523 - -
11 Sobic.003G023400 SCAR-like protein 2, putative, expressed -
12 Sobic.002G144966 - K02997: RP-S9e, small subunit ribosomal protein S9e
13 Sobic.004G062800 - -
14 Sobic.001G303675 - -
15 Sobic.009G062900 structural constituent of ribosome, putative, expressed -
16 Sobic.009G045700 E3 ubiquitin-protein ligase SINA-like, putative, expressed K04506: E3 ubiquitin-protein ligase SIAH1
17 Sobic.006G076300 RING-H2 finger protein, putative, expressed K19040: E3 ubiquitin-protein ligase ATL10/75/76/77/78
18 Sobic.008G091671 - -
19 Sobic.005G084100 Probably inactive leucine-rich repeat receptor-like protein kinase At5g48380(PubMedID : 31721651)@inactive receptor kinase At1g27190 precursor, putative, expressed -
20 Sobic.003G315332 - K15421: secretion-regulating guanine nucleotide exchange factor


Gene co-expression network
sample Sobic010G113900 Sobic010G113900 Sobic001G454301 Sobic001G454301 Sobic010G113900--Sobic001G454301 Sobic009G100050 Sobic009G100050 Sobic010G113900--Sobic009G100050 Sobic001G094000 Sobic001G094000 Sobic010G113900--Sobic001G094000 Sobic008G136200 Sobic008G136200 Sobic010G113900--Sobic008G136200 Sobic006G039900 Sobic006G039900 Sobic010G113900--Sobic006G039900 Sobic002G076400 Sobic002G076400 Sobic010G113900--Sobic002G076400 Sobic001G454401 Sobic001G454401 Sobic010G113900--Sobic001G454401 Sobic010G139301 Sobic010G139301 Sobic010G113900--Sobic010G139301 Sobic008G117200 Sobic008G117200 Sobic010G113900--Sobic008G117200 Sobic007G116400 Sobic007G116400 Sobic001G454301--Sobic007G116400 Sobic002G421700 Sobic002G421700 Sobic001G454301--Sobic002G421700 Sobic001G454301--Sobic008G117200 Sobic001G454301--Sobic001G094000 Sobic009G104300 Sobic009G104300 Sobic001G454301--Sobic009G104300 Sobic009G239351 Sobic009G239351 Sobic001G454301--Sobic009G239351 Sobic001G303675 Sobic001G303675 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Sobic008G117200--Sobic002G177400 Sobic008G117200--Sobic002G421700 Sobic008G117200--Sobic007G116400 Sobic008G117200--Sobic007G011400 Sobic008G117200--Sobic001G477800
Octagon: transcription factors


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