Gene annotation
Transcriptome id Sobic.009G062900.3,Sobic.009G062900.2,Sobic.009G062900.1,Sobic.009G062900.4
Synonym MED33A, Sb09g005235, RFR1
Functional annotation structural constituent of ribosome, putative, expressed
UniProt A0A1Z5R178 , C5Z148 , A0A1Z5R2E9 , A0A1Z5R276
Pfam -
Panther DB PTHR33739 PTHR33739:SF3
NCBI CDD -
KEGG Orthology -
Gene Ontology -


Orthologs (automatic annotation)
TAIR AT3G23590 : REF4-related 1
RAP-DB (Rice) LOC_Os05g24684.1 : structural constituent of ribosome, putative, expressed
MaizeGDB (Corn) Zm00025a029795 , Zm00025a043284 , Zm00025a049177
Brachypodium -
Barley -
Wheat -
Populus -


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cDNA sequences
Sobic.009G062900


Expression pattern by RNA-Seq analysis
FPKM plot


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Top 20 genes with similar expressed profiles

Rank Gene Function KEGG orthology
1 Sobic.004G145500 endonuclease/exonuclease/phosphatase family domain containing protein, expressed -
2 Sobic.002G072000 resistance protein, putative, expressed -
3 Sobic.004G031700 expressed protein -
4 Sobic.001G544200 endonuclease, putative, expressed K10848: ERCC4, DNA excision repair protein ERCC-4
5 Sobic.001G094000 expressed protein -
6 Sobic.008G133400 unc-93 homolog A, putative, expressed -
7 Sobic.001G464200 flap endonuclease, putative, expressed K10846: ERCC5, XPG, DNA excision repair protein ERCC-5
8 Sobic.004G138000 expressed protein -
9 Sobic.009G005100 - -
10 Sobic.002G158700 TATA binding protein-associated factor, putative, expressed K03131: transcription initiation factor TFIID subunit 6
11 Sobic.001G511500 RNA recognition motif containing protein, putative, expressed K12837: splicing factor U2AF 65 kDa subunit
12 Sobic.003G070100 expressed protein -
13 Sobic.008G024600 expressed protein -
14 Sobic.006G159900 DTA2, putative, expressed -
15 Sobic.003G307000 RNA recognition motif containing protein, expressed K18667: activating signal cointegrator complex subunit 2
16 Sobic.006G145000 disease resistance RPP13-like protein 1, putative, expressed -
17 Sobic.006G209850 - -
18 Sobic.009G083900 C-5 cytosine-specific DNA methylase, putative, expressed K00558: DNMT1, DNA (cytosine-5)-methyltransferase 1
19 Sobic.009G040700 "OsPPKL2(Ortholog in rice:Zhan et al., 2012)"(PubMedID : 31659919)@serine/threonine protein phosphatase, putative, expressed K01090: protein phosphatase
20 Sobic.008G078100 EDM2, putative, expressed -


Gene co-expression network
sample Sobic009G062900 Sobic009G062900 Sobic004G145500 Sobic004G145500 Sobic009G062900--Sobic004G145500 Sobic002G072000 Sobic002G072000 Sobic009G062900--Sobic002G072000 Sobic004G031700 Sobic004G031700 Sobic009G062900--Sobic004G031700 Sobic001G544200 Sobic001G544200 Sobic009G062900--Sobic001G544200 Sobic001G094000 Sobic001G094000 Sobic009G062900--Sobic001G094000 Sobic008G133400 Sobic008G133400 Sobic009G062900--Sobic008G133400 Sobic001G464200 Sobic001G464200 Sobic009G062900--Sobic001G464200 Sobic004G138000 Sobic004G138000 Sobic009G062900--Sobic004G138000 Sobic009G005100 Sobic009G005100 Sobic009G062900--Sobic009G005100 Sobic007G065400 Sobic007G065400 Sobic004G145500--Sobic007G065400 Sobic008G173900 Sobic008G173900 Sobic004G145500--Sobic008G173900 Sobic002G144933 Sobic002G144933 Sobic004G145500--Sobic002G144933 Sobic008G009700 Sobic008G009700 Sobic004G145500--Sobic008G009700 Sobic001G306900 Sobic001G306900 Sobic004G145500--Sobic001G306900 Sobic003G200200 Sobic003G200200 Sobic004G145500--Sobic003G200200 Sobic009G210500 Sobic009G210500 Sobic004G145500--Sobic009G210500 Sobic010G136600 Sobic010G136600 Sobic004G145500--Sobic010G136600 Sobic001G241200 Sobic001G241200 Sobic004G145500--Sobic001G241200 Sobic002G072000--Sobic009G062900 Sobic004G094500 Sobic004G094500 Sobic002G072000--Sobic004G094500 Sobic009G004700 Sobic009G004700 Sobic002G072000--Sobic009G004700 Sobic006G159900 Sobic006G159900 Sobic002G072000--Sobic006G159900 Sobic002G072000--Sobic001G464200 Sobic001G454401 Sobic001G454401 Sobic002G072000--Sobic001G454401 Sobic006G145000 Sobic006G145000 Sobic002G072000--Sobic006G145000 Sobic005G110523 Sobic005G110523 Sobic002G072000--Sobic005G110523 Sobic006G209850 Sobic006G209850 Sobic002G072000--Sobic006G209850 Sobic009G000500 Sobic009G000500 Sobic004G031700--Sobic009G000500 Sobic003G445400 Sobic003G445400 Sobic004G031700--Sobic003G445400 Sobic004G031700--Sobic001G544200 Sobic001G477800 Sobic001G477800 Sobic004G031700--Sobic001G477800 Sobic006G080300 Sobic006G080300 Sobic004G031700--Sobic006G080300 Sobic006G128900 Sobic006G128900 Sobic004G031700--Sobic006G128900 Sobic004G031700--Sobic001G094000 Sobic001G511500 Sobic001G511500 Sobic004G031700--Sobic001G511500 Sobic002G158700 Sobic002G158700 Sobic004G031700--Sobic002G158700 Sobic001G544200--Sobic004G031700 Sobic001G544200--Sobic001G477800 Sobic001G544200--Sobic001G464200 Sobic009G040700 Sobic009G040700 Sobic001G544200--Sobic009G040700 Sobic001G544200--Sobic001G511500 Sobic001G544200--Sobic006G128900 Sobic008G078100 Sobic008G078100 Sobic001G544200--Sobic008G078100 Sobic008G054500 Sobic008G054500 Sobic001G544200--Sobic008G054500 Sobic001G544200--Sobic001G094000 Sobic007G011400 Sobic007G011400 Sobic001G094000--Sobic007G011400 Sobic001G094000--Sobic009G040700 Sobic001G094000--Sobic001G477800 Sobic002G157000 Sobic002G157000 Sobic001G094000--Sobic002G157000 Sobic003G268300 Sobic003G268300 Sobic001G094000--Sobic003G268300 Sobic002G157300 Sobic002G157300 Sobic001G094000--Sobic002G157300 Sobic003G187400 Sobic003G187400 Sobic001G094000--Sobic003G187400 Sobic001G094000--Sobic004G031700 Sobic001G094000--Sobic006G080300 Sobic001G017600 Sobic001G017600 Sobic008G133400--Sobic001G017600 Sobic010G256800 Sobic010G256800 Sobic008G133400--Sobic010G256800 Sobic009G257800 Sobic009G257800 Sobic008G133400--Sobic009G257800 Sobic008G133400--Sobic009G062900 Sobic008G133400--Sobic009G040700 Sobic008G083000 Sobic008G083000 Sobic008G133400--Sobic008G083000 Sobic005G084100 Sobic005G084100 Sobic008G133400--Sobic005G084100 Sobic004G057400 Sobic004G057400 Sobic008G133400--Sobic004G057400 Sobic004G325400 Sobic004G325400 Sobic008G133400--Sobic004G325400 Sobic001G464200--Sobic002G158700 Sobic001G464200--Sobic001G544200 Sobic001G464200--Sobic004G031700 Sobic001G464200--Sobic001G477800 Sobic001G464200--Sobic006G128900 Sobic002G144966 Sobic002G144966 Sobic001G464200--Sobic002G144966 Sobic001G464200--Sobic001G511500 Sobic010G263800 Sobic010G263800 Sobic001G464200--Sobic010G263800 Sobic001G464200--Sobic003G445400 Sobic004G138000--Sobic001G306900 Sobic010G201500 Sobic010G201500 Sobic004G138000--Sobic010G201500 Sobic004G138000--Sobic007G065400 Sobic004G138000--Sobic004G145500 Sobic004G138000--Sobic001G094000 Sobic004G138000--Sobic008G009700 Sobic010G065300 Sobic010G065300 Sobic004G138000--Sobic010G065300 Sobic004G138000--Sobic001G511500 Sobic008G063000 Sobic008G063000 Sobic004G138000--Sobic008G063000 Sobic009G005100--Sobic002G158700 Sobic002G396000 Sobic002G396000 Sobic009G005100--Sobic002G396000 Sobic001G542700 Sobic001G542700 Sobic009G005100--Sobic001G542700 Sobic007G061700 Sobic007G061700 Sobic009G005100--Sobic007G061700 Sobic009G005100--Sobic006G209850 Sobic001G219600 Sobic001G219600 Sobic009G005100--Sobic001G219600 Sobic003G401000 Sobic003G401000 Sobic009G005100--Sobic003G401000 Sobic001G539016 Sobic001G539016 Sobic009G005100--Sobic001G539016 Sobic001G167200 Sobic001G167200 Sobic009G005100--Sobic001G167200
Octagon: transcription factors


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