Gene annotation
Transcriptome id Sobic.010G119500.3,Sobic.010G119500.1,Sobic.010G119500.4,Sobic.010G119500.2
Synonym Sb10g010540
Functional annotation cadmium tolerance factor, putative, expressed
UniProt C5Z8X7
Pfam PF13962
Panther DB PTHR24177 PTHR24177:SF16
NCBI CDD -
KEGG Orthology K11267; sister chromatid cohesion protein PDS5
Gene Ontology -


Orthologs (automatic annotation)
TAIR AT4G11000 : Ankyrin repeat family protein
RAP-DB (Rice) LOC_Os06g17560.1 : cadmium tolerance factor, putative, expressed
MaizeGDB (Corn) Zm00025a042751
Brachypodium -
Barley -
Wheat -
Populus -


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Expression pattern by RNA-Seq analysis
FPKM plot


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Rank Gene Function KEGG orthology
1 Sobic.002G417800 alpha-galactosidase precursor, putative, expressed K07407: E3.2.1.22B, galA, alpha-galactosidase
2 Sobic.010G173201 - -
3 Sobic.007G130200 - -
4 Sobic.004G149600 - -
5 Sobic.001G271100 basic helix-loop-helix, putative, expressed -
6 Sobic.007G226600 homeobox associated leucine zipper, putative, expressed K09338: homeobox-leucine zipper protein
7 Sobic.008G055366 - -
8 Sobic.001G167200 DNA-directed polymerase, putative, expressed K03511: DNA polymerase kappa
9 Sobic.004G010151 - -
10 Sobic.008G078300 la domain containing protein, expressed K15191: La-related protein 7
11 Sobic.010G120700 NBS-LRR disease resistance protein, putative, expressed K13457: RPM1, disease resistance protein RPM1
12 Sobic.004G127400 CK1_CaseinKinase_1.4 - CK1 includes the casein kinase 1 kinases, expressed -
13 Sobic.006G048700 "fatty acid desaturase, up-regulated under severe drought stress"(PubMedID : 24655390)@Acyl-acyl-carrier-protein desaturase (Os)(PubMedID : 27208977)@acyl-desaturase, chloroplast precursor, putative, expressed K03921: FAB2, SSI2, acyl-[acyl-carrier-protein] desaturase
14 Sobic.005G159000 glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase, putative, expressed -
15 Sobic.009G135800 CUE domain containing protein, expressed -
16 Sobic.005G106101 - -
17 Sobic.003G280800 RNA recognition motif family protein, expressed K13094: RNA-binding protein 5/10
18 Sobic.002G097900 expressed protein -
19 Sobic.002G340100 GTPase-activating protein, putative, expressed K12486: stromal membrane-associated protein
20 Sobic.002G002200 RNA recognition motif containing protein, putative, expressed -


Gene co-expression network
sample Sobic010G119500 Sobic010G119500 Sobic002G417800 Sobic002G417800 Sobic010G119500--Sobic002G417800 Sobic010G173201 Sobic010G173201 Sobic010G119500--Sobic010G173201 Sobic007G130200 Sobic007G130200 Sobic010G119500--Sobic007G130200 Sobic004G149600 Sobic004G149600 Sobic010G119500--Sobic004G149600 Sobic001G271100 Sobic001G271100 Sobic010G119500--Sobic001G271100 Sobic007G226600 Sobic007G226600 Sobic010G119500--Sobic007G226600 Sobic008G055366 Sobic008G055366 Sobic010G119500--Sobic008G055366 Sobic001G167200 Sobic001G167200 Sobic010G119500--Sobic001G167200 Sobic004G010151 Sobic004G010151 Sobic010G119500--Sobic004G010151 Sobic009G135800 Sobic009G135800 Sobic002G417800--Sobic009G135800 Sobic008G078300 Sobic008G078300 Sobic002G417800--Sobic008G078300 Sobic002G396000 Sobic002G396000 Sobic002G417800--Sobic002G396000 Sobic002G053000 Sobic002G053000 Sobic002G417800--Sobic002G053000 Sobic006G128900 Sobic006G128900 Sobic002G417800--Sobic006G128900 Sobic004G018300 Sobic004G018300 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Sobic004G010151--Sobic004G127400 Sobic001G071400 Sobic001G071400 Sobic004G010151--Sobic001G071400 Sobic009G191000 Sobic009G191000 Sobic004G010151--Sobic009G191000 Sobic001G111850 Sobic001G111850 Sobic004G010151--Sobic001G111850
Octagon: transcription factors


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