Gene annotation
Transcriptome id Sobic.010G195100.1
Synonym Sb10g024450
Functional annotation RNA recognition motif containing protein, putative, expressed
UniProt C5Z665
Pfam PF14259
Panther DB PTHR24012 PTHR24012:SF421
NCBI CDD KOG0149; Predicted RNA-binding protein SEB4 (RRM superfamily)
KEGG Orthology -
Gene Ontology -


Orthologs (automatic annotation)
TAIR AT1G76460 : RNA-binding (RRM/RBD/RNP motifs) family protein
RAP-DB (Rice) LOC_Os06g41790.1 : RNA recognition motif containing protein, putative, expressed
MaizeGDB (Corn) Zm00025a051514 , Zm00025a042111
Brachypodium KQK17627
Barley HORVU7Hr1G036920.2 , HORVU7Hr1G036920.1
Wheat -
Populus -


JBrowse

Open New Page


cDNA sequences
Sobic.010G195100


Expression pattern by RNA-Seq analysis
FPKM plot


Find similar expressed genes
Top 20 genes with similar expressed profiles

Rank Gene Function KEGG orthology
1 Sobic.005G055150 - -
2 Sobic.001G479500 dihydroflavonol-4-reductase, putative, expressed K15891: NAD+-dependent farnesol dehydrogenase
3 Sobic.006G009400 G-patch domain containing protein, expressed -
4 Sobic.009G127900 - -
5 Sobic.001G128800 RNA-binding zinc finger protein, putative, expressed -
6 Sobic.006G196000 expressed protein -
7 Sobic.007G178700 - -
8 Sobic.001G454401 - -
9 Sobic.001G543900 H(+)-ATPase 7(PubMedID : 26320239)@E1-E2 ATPase domain containing protein, expressed K01535: PMA1, H+-transporting ATPase
10 Sobic.004G262000 RNA recognition motif containing protein, putative, expressed -
11 Sobic.009G156000 arginyl-tRNA--protein transferase 1, putative, expressed K00685: arginyl-tRNA---protein transferase
12 Sobic.004G290800 GRAS family transcription factor(PubMedID : 23915383)@scarecrow, putative, expressed -
13 Sobic.002G283300 protein kinase family protein, putative, expressed -
14 Sobic.007G054000 powdery mildew resistance protein PM3b, putative, expressed -
15 Sobic.009G134500 WD domain, G-beta repeat domain containing protein, expressed K11801: DDB1- and CUL4-associated factor 11
16 Sobic.005G130200 - -
17 Sobic.005G110427 - -
18 Sobic.006G258500 phosphatidylinositol 3- and 4-kinase family protein, putative, expressed -
19 Sobic.005G141801 - -
20 Sobic.007G037900 oxidoreductase family, NAD-binding Rossmann fold containing protein, expressed -


Gene co-expression network
sample Sobic010G195100 Sobic010G195100 Sobic005G055150 Sobic005G055150 Sobic010G195100--Sobic005G055150 Sobic001G479500 Sobic001G479500 Sobic010G195100--Sobic001G479500 Sobic006G009400 Sobic006G009400 Sobic010G195100--Sobic006G009400 Sobic009G127900 Sobic009G127900 Sobic010G195100--Sobic009G127900 Sobic001G128800 Sobic001G128800 Sobic010G195100--Sobic001G128800 Sobic006G196000 Sobic006G196000 Sobic010G195100--Sobic006G196000 Sobic007G178700 Sobic007G178700 Sobic010G195100--Sobic007G178700 Sobic001G454401 Sobic001G454401 Sobic010G195100--Sobic001G454401 Sobic001G543900 Sobic001G543900 Sobic010G195100--Sobic001G543900 Sobic005G055150--Sobic006G009400 Sobic005G141801 Sobic005G141801 Sobic005G055150--Sobic005G141801 Sobic005G110427 Sobic005G110427 Sobic005G055150--Sobic005G110427 Sobic001G111900 Sobic001G111900 Sobic005G055150--Sobic001G111900 Sobic006G262200 Sobic006G262200 Sobic005G055150--Sobic006G262200 Sobic005G055150--Sobic009G127900 Sobic002G410200 Sobic002G410200 Sobic005G055150--Sobic002G410200 Sobic009G209800 Sobic009G209800 Sobic005G055150--Sobic009G209800 Sobic005G055150--Sobic007G178700 Sobic003G057800 Sobic003G057800 Sobic001G479500--Sobic003G057800 Sobic005G130200 Sobic005G130200 Sobic001G479500--Sobic005G130200 Sobic010G248200 Sobic010G248200 Sobic001G479500--Sobic010G248200 Sobic008G161401 Sobic008G161401 Sobic001G479500--Sobic008G161401 Sobic009G156000 Sobic009G156000 Sobic001G479500--Sobic009G156000 Sobic001G479500--Sobic001G543900 Sobic005G187200 Sobic005G187200 Sobic001G479500--Sobic005G187200 Sobic002G283300 Sobic002G283300 Sobic001G479500--Sobic002G283300 Sobic004G212800 Sobic004G212800 Sobic001G479500--Sobic004G212800 Sobic010G263800 Sobic010G263800 Sobic006G009400--Sobic010G263800 Sobic006G009400--Sobic005G055150 Sobic002G313300 Sobic002G313300 Sobic006G009400--Sobic002G313300 Sobic006G009400--Sobic001G543900 Sobic006G009400--Sobic005G110427 Sobic001G477800 Sobic001G477800 Sobic006G009400--Sobic001G477800 Sobic007G073400 Sobic007G073400 Sobic006G009400--Sobic007G073400 Sobic006G009400--Sobic007G178700 Sobic006G009400--Sobic006G262200 Sobic009G127900--Sobic007G178700 Sobic003G268300 Sobic003G268300 Sobic009G127900--Sobic003G268300 Sobic001G446900 Sobic001G446900 Sobic009G127900--Sobic001G446900 Sobic006G066650 Sobic006G066650 Sobic009G127900--Sobic006G066650 Sobic004G290800 Sobic004G290800 Sobic009G127900--Sobic004G290800 Sobic010G026400 Sobic010G026400 Sobic009G127900--Sobic010G026400 Sobic007G037900 Sobic007G037900 Sobic009G127900--Sobic007G037900 Sobic008G173900 Sobic008G173900 Sobic009G127900--Sobic008G173900 Sobic009G127900--Sobic001G111900 Sobic008G042250 Sobic008G042250 Sobic001G128800--Sobic008G042250 Sobic001G287301 Sobic001G287301 Sobic001G128800--Sobic001G287301 Sobic001G128800--Sobic009G209800 Sobic008G049701 Sobic008G049701 Sobic001G128800--Sobic008G049701 SobicK024000 SobicK024000 Sobic001G128800--SobicK024000 Sobic005G139800 Sobic005G139800 Sobic001G128800--Sobic005G139800 Sobic005G110430 Sobic005G110430 Sobic001G128800--Sobic005G110430 Sobic001G240400 Sobic001G240400 Sobic001G128800--Sobic001G240400 Sobic002G056100 Sobic002G056100 Sobic001G128800--Sobic002G056100 Sobic009G109450 Sobic009G109450 Sobic006G196000--Sobic009G109450 Sobic009G110366 Sobic009G110366 Sobic006G196000--Sobic009G110366 Sobic005G130100 Sobic005G130100 Sobic006G196000--Sobic005G130100 Sobic009G078500 Sobic009G078500 Sobic006G196000--Sobic009G078500 Sobic003G357500 Sobic003G357500 Sobic006G196000--Sobic003G357500 Sobic006G196000--Sobic001G479500 Sobic009G231300 Sobic009G231300 Sobic006G196000--Sobic009G231300 Sobic009G180200 Sobic009G180200 Sobic006G196000--Sobic009G180200 Sobic009G198900 Sobic009G198900 Sobic006G196000--Sobic009G198900 Sobic007G178700--Sobic009G127900 Sobic007G178700--Sobic003G268300 Sobic002G243900 Sobic002G243900 Sobic007G178700--Sobic002G243900 Sobic003G087400 Sobic003G087400 Sobic007G178700--Sobic003G087400 Sobic004G007100 Sobic004G007100 Sobic007G178700--Sobic004G007100 Sobic001G162300 Sobic001G162300 Sobic007G178700--Sobic001G162300 Sobic007G178700--Sobic001G446900 Sobic005G144400 Sobic005G144400 Sobic007G178700--Sobic005G144400 Sobic001G420200 Sobic001G420200 Sobic007G178700--Sobic001G420200 Sobic001G454401--Sobic001G111900 Sobic001G454401--Sobic006G009400 Sobic001G454401--Sobic006G262200 Sobic001G454401--Sobic009G127900 Sobic001G454401--Sobic005G110427 Sobic001G454401--Sobic005G055150 Sobic006G145000 Sobic006G145000 Sobic001G454401--Sobic006G145000 Sobic002G144966 Sobic002G144966 Sobic001G454401--Sobic002G144966 Sobic001G454401--Sobic005G141801 Sobic001G543900--Sobic001G477800 Sobic001G543900--Sobic002G313300 Sobic004G112500 Sobic004G112500 Sobic001G543900--Sobic004G112500 Sobic002G001600 Sobic002G001600 Sobic001G543900--Sobic002G001600 Sobic001G543900--Sobic006G009400 Sobic002G166700 Sobic002G166700 Sobic001G543900--Sobic002G166700 Sobic001G543900--Sobic005G130200 Sobic001G272000 Sobic001G272000 Sobic001G543900--Sobic001G272000 Sobic001G543900--Sobic010G248200
Octagon: transcription factors


© 2015- RIKEN, All rights reserved.