Gene annotation
Transcriptome id Sobic.001G026800.1,Sobic.001G026800.2
Synonym Sb01g002550
Functional annotation polygalacturonase, putative, expressed
UniProt A0A1Z5S426 , C5WU20
Pfam PF12708
Panther DB PTHR31339 PTHR31339:SF19
NCBI CDD -
KEGG Orthology -
Gene Ontology -


Orthologs (automatic annotation)
TAIR AT3G62110 : Pectin lyase-like superfamily protein
RAP-DB (Rice) LOC_Os03g61800.1,LOC_Os03g61800.2 : polygalacturonase, putative, expressed
MaizeGDB (Corn) Zm00025a045501 , Zm00025a008899
Brachypodium KQK12290 , KQK20265 , KQK20264 , KQK12289
Barley -
Wheat TraesCS5B02G513100
Populus -


JBrowse

Open New Page


cDNA sequences
Sobic.001G026800


Expression pattern by RNA-Seq analysis
FPKM plot


Find similar expressed genes
Top 20 genes with similar expressed profiles

Rank Gene Function KEGG orthology
1 Sobic.002G404300 seven in absentia protein family domain containing protein, expressed K04506: E3 ubiquitin-protein ligase SIAH1
2 Sobic.001G008300 expressed protein -
3 Sobic.009G175100 inactive receptor kinase At2g26730 precursor, putative, expressed -
4 Sobic.003G315700 AAA-type ATPase family protein, putative, expressed -
5 Sobic.006G193100 zinc finger family protein, putative, expressed K18932: palmitoyltransferase
6 Sobic.003G409600 zinc finger DHHC domain-containing protein, putative, expressed K16675: palmitoyltransferase ZDHHC9/14/18
7 Sobic.002G074000 expressed protein -
8 Sobic.003G336900 inactive receptor kinase At2g26730 precursor, putative, expressed -
9 Sobic.003G031700 protein kinase family protein, putative, expressed -
10 Sobic.008G192700 ATMAP70 protein, putative, expressed -
11 Sobic.009G005700 FYVE zinc finger domain containing protein, expressed -
12 Sobic.002G335900 cyclin, putative, expressed K18812: cyclin D6, plant
13 Sobic.009G202801 - K10406: kinesin family member C2/C3
14 Sobic.003G300400 expressed protein -
15 Sobic.006G272500 "PKc_like super family, protein kjinases, catalytic domain"(PubMedID : 29491869)@expressed protein -
16 Sobic.004G102200 SAG (Senescence-associated gene): differentially expressed gene during developmental senescence.(PubMedID : 27586543)@aquaporin protein, putative, expressed K09874: aquaporin NIP
17 Sobic.002G260700 ARF GTPase-activating domain-containing protein, putative, expressed K12489: Arf-GAP with coiled-coil, ANK repeat and PH domain-containing protein
18 Sobic.007G160300 cyclin, putative, expressed K18810: cyclin D1/2/4, plant
19 Sobic.010G103500 ATMAP70 protein, putative, expressed -
20 Sobic.003G309400 OsSub4 - Putative Subtilisin homologue, expressed -


Gene co-expression network
sample Sobic001G026800 Sobic001G026800 Sobic002G404300 Sobic002G404300 Sobic001G026800--Sobic002G404300 Sobic001G008300 Sobic001G008300 Sobic001G026800--Sobic001G008300 Sobic009G175100 Sobic009G175100 Sobic001G026800--Sobic009G175100 Sobic003G315700 Sobic003G315700 Sobic001G026800--Sobic003G315700 Sobic006G193100 Sobic006G193100 Sobic001G026800--Sobic006G193100 Sobic003G409600 Sobic003G409600 Sobic001G026800--Sobic003G409600 Sobic002G074000 Sobic002G074000 Sobic001G026800--Sobic002G074000 Sobic003G336900 Sobic003G336900 Sobic001G026800--Sobic003G336900 Sobic003G031700 Sobic003G031700 Sobic001G026800--Sobic003G031700 Sobic002G335900 Sobic002G335900 Sobic002G404300--Sobic002G335900 Sobic002G032500 Sobic002G032500 Sobic002G404300--Sobic002G032500 Sobic002G337600 Sobic002G337600 Sobic002G404300--Sobic002G337600 Sobic002G186800 Sobic002G186800 Sobic002G404300--Sobic002G186800 Sobic002G404300--Sobic001G026800 Sobic004G342000 Sobic004G342000 Sobic002G404300--Sobic004G342000 Sobic004G211700 Sobic004G211700 Sobic002G404300--Sobic004G211700 Sobic003G300400 Sobic003G300400 Sobic002G404300--Sobic003G300400 Sobic004G274600 Sobic004G274600 Sobic002G404300--Sobic004G274600 Sobic002G319300 Sobic002G319300 Sobic001G008300--Sobic002G319300 Sobic001G008300--Sobic006G193100 Sobic007G160300 Sobic007G160300 Sobic001G008300--Sobic007G160300 Sobic010G192500 Sobic010G192500 Sobic001G008300--Sobic010G192500 Sobic001G155700 Sobic001G155700 Sobic001G008300--Sobic001G155700 Sobic001G390400 Sobic001G390400 Sobic001G008300--Sobic001G390400 Sobic001G008300--Sobic003G031700 Sobic001G493900 Sobic001G493900 Sobic001G008300--Sobic001G493900 Sobic009G202801 Sobic009G202801 Sobic001G008300--Sobic009G202801 Sobic007G063100 Sobic007G063100 Sobic009G175100--Sobic007G063100 Sobic009G175100--Sobic006G193100 Sobic005G055600 Sobic005G055600 Sobic009G175100--Sobic005G055600 Sobic009G175100--Sobic001G026800 Sobic007G116800 Sobic007G116800 Sobic009G175100--Sobic007G116800 Sobic004G102200 Sobic004G102200 Sobic009G175100--Sobic004G102200 Sobic004G328300 Sobic004G328300 Sobic009G175100--Sobic004G328300 Sobic001G285200 Sobic001G285200 Sobic009G175100--Sobic001G285200 Sobic009G175100--Sobic003G031700 Sobic008G148000 Sobic008G148000 Sobic003G315700--Sobic008G148000 Sobic003G315700--Sobic006G193100 Sobic004G306100 Sobic004G306100 Sobic003G315700--Sobic004G306100 Sobic002G290000 Sobic002G290000 Sobic003G315700--Sobic002G290000 Sobic003G315700--Sobic009G202801 Sobic003G315700--Sobic004G328300 Sobic003G315700--Sobic003G409600 Sobic002G113400 Sobic002G113400 Sobic003G315700--Sobic002G113400 Sobic009G052100 Sobic009G052100 Sobic003G315700--Sobic009G052100 Sobic006G193100--Sobic003G031700 Sobic006G193100--Sobic001G008300 Sobic006G193100--Sobic009G202801 Sobic006G193100--Sobic003G315700 Sobic006G193100--Sobic004G328300 Sobic006G193100--Sobic008G148000 Sobic006G193100--Sobic002G319300 Sobic009G136000 Sobic009G136000 Sobic006G193100--Sobic009G136000 Sobic002G204400 Sobic002G204400 Sobic006G193100--Sobic002G204400 Sobic003G409600--Sobic004G306100 Sobic003G409600--Sobic003G315700 Sobic007G219100 Sobic007G219100 Sobic003G409600--Sobic007G219100 Sobic002G271400 Sobic002G271400 Sobic003G409600--Sobic002G271400 Sobic006G127200 Sobic006G127200 Sobic003G409600--Sobic006G127200 Sobic003G409600--Sobic009G202801 Sobic010G103500 Sobic010G103500 Sobic003G409600--Sobic010G103500 Sobic003G411700 Sobic003G411700 Sobic003G409600--Sobic003G411700 Sobic010G052400 Sobic010G052400 Sobic003G409600--Sobic010G052400 Sobic003G307200 Sobic003G307200 Sobic002G074000--Sobic003G307200 Sobic002G417000 Sobic002G417000 Sobic002G074000--Sobic002G417000 Sobic007G087800 Sobic007G087800 Sobic002G074000--Sobic007G087800 Sobic004G267600 Sobic004G267600 Sobic002G074000--Sobic004G267600 Sobic002G074000--Sobic001G493900 Sobic002G074000--Sobic001G008300 Sobic002G074000--Sobic009G202801 Sobic010G129700 Sobic010G129700 Sobic002G074000--Sobic010G129700 Sobic002G074000--Sobic005G055600 Sobic009G158900 Sobic009G158900 Sobic003G336900--Sobic009G158900 Sobic009G024900 Sobic009G024900 Sobic003G336900--Sobic009G024900 Sobic003G336900--Sobic006G193100 Sobic008G131900 Sobic008G131900 Sobic003G336900--Sobic008G131900 Sobic010G024000 Sobic010G024000 Sobic003G336900--Sobic010G024000 Sobic002G173400 Sobic002G173400 Sobic003G336900--Sobic002G173400 Sobic003G336900--Sobic009G175100 Sobic008G004900 Sobic008G004900 Sobic003G336900--Sobic008G004900 Sobic003G336900--Sobic001G026800 Sobic002G362700 Sobic002G362700 Sobic003G031700--Sobic002G362700 Sobic002G320600 Sobic002G320600 Sobic003G031700--Sobic002G320600 Sobic003G031700--Sobic006G193100 Sobic001G074100 Sobic001G074100 Sobic003G031700--Sobic001G074100 Sobic003G031700--Sobic009G202801 Sobic001G522300 Sobic001G522300 Sobic003G031700--Sobic001G522300 Sobic003G031700--Sobic001G008300 Sobic010G211800 Sobic010G211800 Sobic003G031700--Sobic010G211800 Sobic003G031700--Sobic007G087800
Octagon: transcription factors


© 2015- RIKEN, All rights reserved.