Gene annotation
Transcriptome id Sobic.001G087000.1,Sobic.001G087000.5,Sobic.001G087000.3,Sobic.001G087000.2,Sobic.001G087000.6,Sobic.001G087000.4
Synonym ATSPO11-1, Sb01g007840
Functional annotation OsTOP6A1 - Topoisomerase 6 subunit A homolog 1, expressed
UniProt C5X098 , A0A1Z5S4U7 , A0A1Z5S4W9 , A0A1Z5S571 , A0A1Z5S4V3
Pfam PF04406
Panther DB PTHR10848 PTHR10848:SF3
NCBI CDD KOG2795; Catalytic subunit of the meiotic double strand break transesterase
KEGG Orthology K10878; meiotic recombination protein SPO11
Gene Ontology GO:0006259; DNA metabolic process GO:0005694chromosome GO:0005524ATP binding GO:0003824catalytic activity GO:0003677DNA binding GO:0000737DNA catabolic process, endonucleolytic


Orthologs (automatic annotation)
TAIR AT3G13170 : Spo11/DNA topoisomerase VI, subunit A protein
RAP-DB (Rice) LOC_Os03g54091.1 : OsTOP6A1 - Topoisomerase 6 subunit A homolog 1, expressed
MaizeGDB (Corn) Zm00025a016789
Brachypodium PNT74127
Barley HORVU5Hr1G095530.7 , HORVU5Hr1G095530.6 , HORVU5Hr1G095530.9 , HORVU5Hr1G095530.8 , HORVU5Hr1G095530.11 , HORVU5Hr1G095530.10 , HORVU5Hr1G095530.13 , HORVU5Hr1G095530.12 , HORVU5Hr1G095530.15 , HORVU5Hr1G095530.14 , HORVU5Hr1G095530.17 , HORVU5Hr1G095530.16 , HORVU5Hr1G095530.19 , HORVU5Hr1G095530.18
Wheat TraesCS5D02G401100 , TraesCS5A02G391400 , TraesCS5B02G396300 , TraesCS5A02G391400
Populus -


JBrowse

Open New Page


Expression pattern by RNA-Seq analysis
FPKM plot


Find similar expressed genes
Top 20 genes with similar expressed profiles

Rank Gene Function KEGG orthology
1 Sobic.003G402800 DUF647 domain containing protein, putative, expressed -
2 Sobic.004G193300 phosphatidylinositolglycan class N family protein, expressed K05285: GPI ethanolamine phosphate transferase 1
3 Sobic.002G057400 expressed protein K16586: HAUS augmin-like complex subunit 3
4 Sobic.001G257800 myosin, putative, expressed K10357: myosin V
5 Sobic.002G074800 - -
6 Sobic.008G055500 Protein-tyrosine phosphatase domain containing protein, expressed -
7 Sobic.003G385300 Ser/Thr protein phosphatase family protein, putative, expressed -
8 Sobic.003G433400 OsDegp14 - Putative Deg protease homologue, expressed -
9 Sobic.009G217400 regulator of chromosome condensation, putative, expressed -
10 Sobic.004G350700 kelch repeat protein, putative, expressed -
11 Sobic.003G428000 expressed protein -
12 Sobic.005G063200 expressed protein -
13 Sobic.007G099900 - -
14 Sobic.005G048500 serine esterase family protein, putative, expressed -
15 Sobic.003G243800 - -
16 Sobic.002G180800 puromycin-sensitive aminopeptidase, putative, expressed K08776: puromycin-sensitive aminopeptidase
17 Sobic.001G141400 ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase, family 1, putative, expressed -
18 Sobic.008G116700 expressed protein -
19 Sobic.006G270000 expressed protein -
20 Sobic.009G156800 expressed protein -


Gene co-expression network
sample Sobic001G087000 Sobic001G087000 Sobic003G402800 Sobic003G402800 Sobic001G087000--Sobic003G402800 Sobic004G193300 Sobic004G193300 Sobic001G087000--Sobic004G193300 Sobic002G057400 Sobic002G057400 Sobic001G087000--Sobic002G057400 Sobic001G257800 Sobic001G257800 Sobic001G087000--Sobic001G257800 Sobic002G074800 Sobic002G074800 Sobic001G087000--Sobic002G074800 Sobic008G055500 Sobic008G055500 Sobic001G087000--Sobic008G055500 Sobic003G385300 Sobic003G385300 Sobic001G087000--Sobic003G385300 Sobic003G433400 Sobic003G433400 Sobic001G087000--Sobic003G433400 Sobic009G217400 Sobic009G217400 Sobic001G087000--Sobic009G217400 Sobic003G402800--Sobic003G385300 Sobic003G402800--Sobic001G257800 Sobic003G402800--Sobic008G055500 Sobic003G402800--Sobic002G074800 Sobic005G048500 Sobic005G048500 Sobic003G402800--Sobic005G048500 Sobic005G185500 Sobic005G185500 Sobic003G402800--Sobic005G185500 Sobic004G064200 Sobic004G064200 Sobic003G402800--Sobic004G064200 Sobic009G046900 Sobic009G046900 Sobic003G402800--Sobic009G046900 Sobic001G149000 Sobic001G149000 Sobic003G402800--Sobic001G149000 Sobic006G060000 Sobic006G060000 Sobic004G193300--Sobic006G060000 Sobic004G350700 Sobic004G350700 Sobic004G193300--Sobic004G350700 Sobic003G021600 Sobic003G021600 Sobic004G193300--Sobic003G021600 Sobic009G194000 Sobic009G194000 Sobic004G193300--Sobic009G194000 Sobic007G172700 Sobic007G172700 Sobic004G193300--Sobic007G172700 Sobic009G040250 Sobic009G040250 Sobic004G193300--Sobic009G040250 Sobic001G114200 Sobic001G114200 Sobic004G193300--Sobic001G114200 Sobic004G193300--Sobic008G055500 Sobic009G040325 Sobic009G040325 Sobic004G193300--Sobic009G040325 Sobic002G057400--Sobic003G402800 Sobic002G304700 Sobic002G304700 Sobic002G057400--Sobic002G304700 Sobic005G225100 Sobic005G225100 Sobic002G057400--Sobic005G225100 Sobic002G057400--Sobic003G385300 Sobic010G160300 Sobic010G160300 Sobic002G057400--Sobic010G160300 Sobic002G057400--Sobic008G055500 Sobic002G007800 Sobic002G007800 Sobic002G057400--Sobic002G007800 Sobic005G063200 Sobic005G063200 Sobic002G057400--Sobic005G063200 Sobic001G501900 Sobic001G501900 Sobic002G057400--Sobic001G501900 Sobic001G257800--Sobic003G402800 Sobic001G257800--Sobic003G385300 Sobic010G134650 Sobic010G134650 Sobic001G257800--Sobic010G134650 Sobic001G257800--Sobic004G064200 Sobic010G024400 Sobic010G024400 Sobic001G257800--Sobic010G024400 Sobic004G176200 Sobic004G176200 Sobic001G257800--Sobic004G176200 Sobic001G257800--Sobic002G074800 Sobic004G261700 Sobic004G261700 Sobic001G257800--Sobic004G261700 Sobic008G152700 Sobic008G152700 Sobic001G257800--Sobic008G152700 Sobic002G074800--Sobic004G064200 Sobic006G001100 Sobic006G001100 Sobic002G074800--Sobic006G001100 Sobic006G204400 Sobic006G204400 Sobic002G074800--Sobic006G204400 Sobic008G136601 Sobic008G136601 Sobic002G074800--Sobic008G136601 Sobic010G114200 Sobic010G114200 Sobic002G074800--Sobic010G114200 Sobic006G143900 Sobic006G143900 Sobic002G074800--Sobic006G143900 Sobic004G228300 Sobic004G228300 Sobic002G074800--Sobic004G228300 Sobic002G074800--Sobic005G048500 Sobic008G136700 Sobic008G136700 Sobic002G074800--Sobic008G136700 Sobic008G055500--Sobic003G402800 Sobic008G055500--Sobic006G060000 Sobic008G055500--Sobic004G350700 Sobic008G055500--Sobic003G385300 Sobic003G117800 Sobic003G117800 Sobic008G055500--Sobic003G117800 Sobic008G055500--Sobic001G257800 Sobic008G055500--Sobic008G152700 Sobic008G055500--Sobic004G176200 Sobic008G055500--Sobic001G501900 Sobic003G385300--Sobic001G149000 Sobic003G385300--Sobic003G402800 Sobic004G077300 Sobic004G077300 Sobic003G385300--Sobic004G077300 Sobic003G385300--Sobic004G064200 Sobic003G385300--Sobic004G176200 Sobic003G385300--Sobic001G257800 Sobic005G225500 Sobic005G225500 Sobic003G385300--Sobic005G225500 Sobic007G039200 Sobic007G039200 Sobic003G385300--Sobic007G039200 Sobic003G385300--Sobic002G074800 Sobic006G270000 Sobic006G270000 Sobic003G433400--Sobic006G270000 Sobic003G433400--Sobic009G217400 Sobic003G010800 Sobic003G010800 Sobic003G433400--Sobic003G010800 Sobic003G291800 Sobic003G291800 Sobic003G433400--Sobic003G291800 Sobic003G433400--Sobic005G048500 Sobic003G235100 Sobic003G235100 Sobic003G433400--Sobic003G235100 Sobic003G092800 Sobic003G092800 Sobic003G433400--Sobic003G092800 Sobic002G069000 Sobic002G069000 Sobic003G433400--Sobic002G069000 Sobic002G084800 Sobic002G084800 Sobic003G433400--Sobic002G084800 Sobic007G182000 Sobic007G182000 Sobic009G217400--Sobic007G182000 Sobic006G250800 Sobic006G250800 Sobic009G217400--Sobic006G250800 Sobic002G307800 Sobic002G307800 Sobic009G217400--Sobic002G307800 Sobic009G217400--Sobic003G433400 Sobic009G116900 Sobic009G116900 Sobic009G217400--Sobic009G116900 Sobic009G217400--Sobic003G092800 Sobic001G253300 Sobic001G253300 Sobic009G217400--Sobic001G253300 Sobic009G217400--Sobic001G257800 Sobic002G180800 Sobic002G180800 Sobic009G217400--Sobic002G180800
Octagon: transcription factors


© 2015- RIKEN, All rights reserved.