Gene annotation
Transcriptome id Sobic.001G093500.8,Sobic.001G093500.6,Sobic.001G093500.7,Sobic.001G093500.3,Sobic.001G093500.9,Sobic.001G093500.10,Sobic.001G093500.5
Synonym Sb01g008400
Functional annotation expressed protein
UniProt A0A1Z5S500 , A0A1B6QI30 , A0A1Z5S5A8
Pfam -
Panther DB PTHR37197
NCBI CDD -
KEGG Orthology -
Gene Ontology -


Orthologs (automatic annotation)
TAIR AT1G62250 : -
RAP-DB (Rice) LOC_Os03g53300.2,LOC_Os03g53300.1 : expressed protein
MaizeGDB (Corn) Zm00025a008107
Brachypodium -
Barley HORVU5Hr1G094400.10 , HORVU5Hr1G094400.8 , HORVU5Hr1G094400.9 , HORVU5Hr1G094400.6 , HORVU5Hr1G094400.7 , HORVU5Hr1G094400.4 , HORVU5Hr1G094400.5 , HORVU5Hr1G094400.2 , HORVU5Hr1G094400.3 , HORVU5Hr1G094400.1
Wheat TraesCS5B02G388200 , TraesCS5A02G383600 , TraesCS5D02G393000 , TraesCS5B02G388200
Populus -


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cDNA sequences
Sobic.001G093500


Expression pattern by RNA-Seq analysis
FPKM plot


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Top 20 genes with similar expressed profiles

Rank Gene Function KEGG orthology
1 Sobic.006G162200 NDH-M H PLASTOQUINONE DEHY, putative, expressed -
2 Sobic.005G165500 OsSub17 - Putative Subtilisin homologue, expressed -
3 Sobic.005G039600 -(PubMedID : 26465154)@expressed protein -
4 Sobic.008G065000 SAG (Senescence-associated gene): differentially expressed gene during developmental senescence.(PubMedID : 27586543)@thylakoid lumenal 29.8 kDa protein, putative, expressed -
5 Sobic.001G536901 - -
6 Sobic.006G272900 peroxidase activity(PubMedID : 29491869)@glutathione peroxidase, putative, expressed K00432: gpx, btuE, glutathione peroxidase
7 Sobic.007G034300 expressed protein -
8 Sobic.004G305800 expressed protein -
9 Sobic.010G201700 GA16396-PA, putative, expressed -
10 Sobic.003G431700 ferredoxin--NADP reductase, chloroplast precursor, putative, expressed K02641: ferredoxin--NADP+ reductase
11 Sobic.008G026700 expressed protein -
12 Sobic.001G000800 -(PubMedID : 26976818)@oxidoreductase/ transition metal ion binding protein, putative, expressed -
13 Sobic.009G244300 down-regulated TF in developmental senescence(PubMedID : 27586543)@MYB family transcription factor, putative, expressed -
14 Sobic.009G069500 histidine-containing phosphotransfer protein 4, putative, expressed K14490: histidine-containing phosphotransfer peotein
15 Sobic.010G231200 remorin C-terminal domain containing protein, putative, expressed -
16 Sobic.001G519800 glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase, putative, expressed K05298: glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (NADP+) (phosphorylating)
17 Sobic.003G431900 -(PubMedID : 26976818)@expressed protein K07562: nonsense-mediated mRNA decay protein 3
18 Sobic.003G148200 RNA recognition motif containing protein, putative, expressed -
19 Sobic.002G218100 spermidine synthase, putative, expressed K18787: thermospermine synthase
20 Sobic.004G046500 GTP-binding protein lepA, putative, expressed K03596: GTP-binding protein LepA


Gene co-expression network
sample Sobic001G093500 Sobic001G093500 Sobic006G162200 Sobic006G162200 Sobic001G093500--Sobic006G162200 Sobic005G165500 Sobic005G165500 Sobic001G093500--Sobic005G165500 Sobic005G039600 Sobic005G039600 Sobic001G093500--Sobic005G039600 Sobic008G065000 Sobic008G065000 Sobic001G093500--Sobic008G065000 Sobic001G536901 Sobic001G536901 Sobic001G093500--Sobic001G536901 Sobic006G272900 Sobic006G272900 Sobic001G093500--Sobic006G272900 Sobic007G034300 Sobic007G034300 Sobic001G093500--Sobic007G034300 Sobic004G305800 Sobic004G305800 Sobic001G093500--Sobic004G305800 Sobic010G201700 Sobic010G201700 Sobic001G093500--Sobic010G201700 Sobic009G191300 Sobic009G191300 Sobic006G162200--Sobic009G191300 Sobic006G162200--Sobic005G039600 Sobic003G230400 Sobic003G230400 Sobic006G162200--Sobic003G230400 Sobic004G035500 Sobic004G035500 Sobic006G162200--Sobic004G035500 Sobic003G359100 Sobic003G359100 Sobic006G162200--Sobic003G359100 Sobic001G520800 Sobic001G520800 Sobic006G162200--Sobic001G520800 Sobic010G042400 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Octagon: transcription factors


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