Gene annotation
Transcriptome id Sobic.001G186600.1
Synonym UBP2, ATUBP2
Functional annotation ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase family protein, expressed
UniProt A0A1B6QJP8
Pfam PF02148 PF13423
Panther DB PTHR24006 PTHR24006:SF437
NCBI CDD KOG1873; Ubiquitin-specific protease KOG1867Ubiquitin-specific protease
KEGG Orthology -
Gene Ontology GO:0008270; zinc ion binding


Orthologs (automatic annotation)
TAIR AT1G04860 : ubiquitin-specific protease 2
RAP-DB (Rice) LOC_Os09g32740.1 : ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase family protein, expressed
MaizeGDB (Corn) -
Brachypodium -
Barley -
Wheat -
Populus -


JBrowse

Open New Page


Expression pattern by RNA-Seq analysis
FPKM plot


Find similar expressed genes
Top 20 genes with similar expressed profiles

Rank Gene Function KEGG orthology
1 Sobic.003G066700 OsFBX164 - F-box domain containing protein, expressed -
2 Sobic.005G125000 ATP binding protein, putative, expressed K17592: sacsin
3 Sobic.002G289000 expressed protein -
4 Sobic.004G280500 B3 DNA binding domain containing protein, expressed -
5 Sobic.005G162900 dnaJ domain containing protein, expressed -
6 Sobic.005G163100 dnaJ domain containing protein, expressed -
7 Sobic.004G111000 bromodomain containing protein, expressed -
8 Sobic.004G313500 acetyltransferase, GNAT family, putative, expressed -
9 Sobic.001G090800 PHD finger family protein, putative, expressed -
10 Sobic.005G225400 expressed protein -
11 Sobic.003G016900 splicing factor 3B subunit 1, putative, expressed K12828: SF3B1, splicing factor 3B subunit 1
12 Sobic.006G110400 csAtPR5, putative, expressed -
13 Sobic.004G020900 ulp1 protease family protein, putative, expressed K16287: ubiquitin-like-specific protease 1C/D
14 Sobic.010G279900 PHD-finger domain containing protein, expressed -
15 Sobic.001G186850 - -
16 Sobic.009G135300 FAR1 family protein, expressed -
17 Sobic.009G057600 B3 DNA binding domain containing protein, expressed -
18 Sobic.001G043500 RNA recognition motif containing protein, putative, expressed K12876: RBM8A, RNA-binding protein 8A
19 Sobic.009G086300 expressed protein -
20 Sobic.002G229900 heat shock protein DnaJ, putative, expressed -


Gene co-expression network
sample Sobic001G186600 Sobic001G186600 Sobic003G066700 Sobic003G066700 Sobic001G186600--Sobic003G066700 Sobic005G125000 Sobic005G125000 Sobic001G186600--Sobic005G125000 Sobic002G289000 Sobic002G289000 Sobic001G186600--Sobic002G289000 Sobic004G280500 Sobic004G280500 Sobic001G186600--Sobic004G280500 Sobic005G162900 Sobic005G162900 Sobic001G186600--Sobic005G162900 Sobic005G163100 Sobic005G163100 Sobic001G186600--Sobic005G163100 Sobic004G111000 Sobic004G111000 Sobic001G186600--Sobic004G111000 Sobic004G313500 Sobic004G313500 Sobic001G186600--Sobic004G313500 Sobic001G090800 Sobic001G090800 Sobic001G186600--Sobic001G090800 Sobic003G066700--Sobic005G125000 Sobic003G092500 Sobic003G092500 Sobic003G066700--Sobic003G092500 Sobic001G043500 Sobic001G043500 Sobic003G066700--Sobic001G043500 Sobic003G066700--Sobic001G186600 Sobic007G116000 Sobic007G116000 Sobic003G066700--Sobic007G116000 Sobic009G141700 Sobic009G141700 Sobic003G066700--Sobic009G141700 Sobic010G276600 Sobic010G276600 Sobic003G066700--Sobic010G276600 Sobic002G205000 Sobic002G205000 Sobic003G066700--Sobic002G205000 Sobic004G233600 Sobic004G233600 Sobic003G066700--Sobic004G233600 Sobic005G125000--Sobic003G066700 Sobic001G137600 Sobic001G137600 Sobic005G125000--Sobic001G137600 Sobic007G128100 Sobic007G128100 Sobic005G125000--Sobic007G128100 Sobic007G070200 Sobic007G070200 Sobic005G125000--Sobic007G070200 Sobic007G033700 Sobic007G033700 Sobic005G125000--Sobic007G033700 Sobic003G027800 Sobic003G027800 Sobic005G125000--Sobic003G027800 Sobic007G161600 Sobic007G161600 Sobic005G125000--Sobic007G161600 Sobic004G220200 Sobic004G220200 Sobic005G125000--Sobic004G220200 Sobic005G125000--Sobic010G276600 Sobic005G127300 Sobic005G127300 Sobic002G289000--Sobic005G127300 Sobic004G204400 Sobic004G204400 Sobic002G289000--Sobic004G204400 Sobic004G132100 Sobic004G132100 Sobic002G289000--Sobic004G132100 Sobic002G400900 Sobic002G400900 Sobic002G289000--Sobic002G400900 Sobic004G005400 Sobic004G005400 Sobic002G289000--Sobic004G005400 Sobic005G154700 Sobic005G154700 Sobic002G289000--Sobic005G154700 Sobic002G316500 Sobic002G316500 Sobic002G289000--Sobic002G316500 Sobic002G289000--Sobic003G092500 Sobic002G289000--Sobic003G066700 Sobic004G280500--Sobic001G186600 Sobic004G000800 Sobic004G000800 Sobic004G280500--Sobic004G000800 Sobic001G313800 Sobic001G313800 Sobic004G280500--Sobic001G313800 Sobic002G346700 Sobic002G346700 Sobic004G280500--Sobic002G346700 Sobic002G268300 Sobic002G268300 Sobic004G280500--Sobic002G268300 Sobic010G220800 Sobic010G220800 Sobic004G280500--Sobic010G220800 Sobic006G006400 Sobic006G006400 Sobic004G280500--Sobic006G006400 Sobic010G130900 Sobic010G130900 Sobic004G280500--Sobic010G130900 Sobic001G123650 Sobic001G123650 Sobic004G280500--Sobic001G123650 Sobic001G071600 Sobic001G071600 Sobic005G162900--Sobic001G071600 Sobic003G091200 Sobic003G091200 Sobic005G162900--Sobic003G091200 Sobic006G271600 Sobic006G271600 Sobic005G162900--Sobic006G271600 Sobic005G162900--Sobic007G033700 Sobic009G243000 Sobic009G243000 Sobic005G162900--Sobic009G243000 Sobic002G078900 Sobic002G078900 Sobic005G162900--Sobic002G078900 Sobic005G163500 Sobic005G163500 Sobic005G162900--Sobic005G163500 Sobic010G183800 Sobic010G183800 Sobic005G162900--Sobic010G183800 Sobic007G121700 Sobic007G121700 Sobic005G162900--Sobic007G121700 Sobic006G210000 Sobic006G210000 Sobic005G163100--Sobic006G210000 Sobic001G134300 Sobic001G134300 Sobic005G163100--Sobic001G134300 Sobic010G001100 Sobic010G001100 Sobic005G163100--Sobic010G001100 Sobic003G133900 Sobic003G133900 Sobic005G163100--Sobic003G133900 Sobic004G155600 Sobic004G155600 Sobic005G163100--Sobic004G155600 Sobic004G246100 Sobic004G246100 Sobic005G163100--Sobic004G246100 Sobic005G163100--Sobic001G090800 Sobic004G355800 Sobic004G355800 Sobic005G163100--Sobic004G355800 Sobic001G014300 Sobic001G014300 Sobic005G163100--Sobic001G014300 Sobic004G285000 Sobic004G285000 Sobic004G111000--Sobic004G285000 Sobic003G409200 Sobic003G409200 Sobic004G111000--Sobic003G409200 Sobic010G215900 Sobic010G215900 Sobic004G111000--Sobic010G215900 Sobic007G044100 Sobic007G044100 Sobic004G111000--Sobic007G044100 Sobic010G279900 Sobic010G279900 Sobic004G111000--Sobic010G279900 Sobic004G043750 Sobic004G043750 Sobic004G111000--Sobic004G043750 Sobic006G056000 Sobic006G056000 Sobic004G111000--Sobic006G056000 Sobic004G086200 Sobic004G086200 Sobic004G111000--Sobic004G086200 Sobic002G263700 Sobic002G263700 Sobic004G111000--Sobic002G263700 Sobic009G216500 Sobic009G216500 Sobic004G313500--Sobic009G216500 Sobic006G140400 Sobic006G140400 Sobic004G313500--Sobic006G140400 Sobic001G448100 Sobic001G448100 Sobic004G313500--Sobic001G448100 Sobic002G354700 Sobic002G354700 Sobic004G313500--Sobic002G354700 Sobic006G106200 Sobic006G106200 Sobic004G313500--Sobic006G106200 Sobic010G269300 Sobic010G269300 Sobic004G313500--Sobic010G269300 Sobic004G020900 Sobic004G020900 Sobic004G313500--Sobic004G020900 Sobic007G031300 Sobic007G031300 Sobic004G313500--Sobic007G031300 Sobic001G453500 Sobic001G453500 Sobic004G313500--Sobic001G453500 Sobic001G090800--Sobic001G134300 Sobic010G065300 Sobic010G065300 Sobic001G090800--Sobic010G065300 Sobic001G090800--Sobic007G044100 Sobic001G090800--Sobic010G001100 Sobic002G153700 Sobic002G153700 Sobic001G090800--Sobic002G153700 Sobic001G090800--Sobic010G279900 Sobic001G306900 Sobic001G306900 Sobic001G090800--Sobic001G306900 Sobic003G293200 Sobic003G293200 Sobic001G090800--Sobic003G293200 Sobic001G090800--Sobic005G163100
Octagon: transcription factors


© 2015- RIKEN, All rights reserved.