Gene annotation
Transcriptome id Sobic.001G445600.1
Synonym Sb01g041870
Functional annotation DNA polymerase I, putative, expressed
UniProt C5WRP6
Pfam PF01367 PF02739
Panther DB PTHR10133 PTHR10133:SF22
NCBI CDD -
KEGG Orthology -
Gene Ontology GO:0003824; catalytic activity GO:0003677DNA binding


Orthologs (automatic annotation)
TAIR AT3G52050 : 5\'-3\' exonuclease family protein
RAP-DB (Rice) LOC_Os03g12610.1 : DNA polymerase I, putative, expressed
MaizeGDB (Corn) Zm00025a052964
Brachypodium KQK22724 , KQK22725 , KQK22728 , KQK22726 , KQK22722 , KQK22723 , KQK22727
Barley HORVU4Hr1G065350.9 , HORVU4Hr1G065350.8 , HORVU4Hr1G065350.3 , HORVU4Hr1G065350.2 , HORVU4Hr1G065350.7 , HORVU4Hr1G065350.6 , HORVU4Hr1G065350.4 , HORVU4Hr1G065350.19 , HORVU4Hr1G065350.18 , HORVU4Hr1G065350.13 , HORVU4Hr1G065350.12 , HORVU4Hr1G065350.10 , HORVU4Hr1G065350.17 , HORVU4Hr1G065350.16 , HORVU4Hr1G065350.15 , HORVU4Hr1G065350.14
Wheat TraesCS4B02G233800 , TraesCS4B02G233800 , TraesCS4D02G234900 , TraesCS4D02G234900 , TraesCS4D02G234900 , TraesCS4A02G077700
Populus -


JBrowse

Open New Page


cDNA sequences
Sobic.001G445600


Expression pattern by RNA-Seq analysis
FPKM plot


Find similar expressed genes
Top 20 genes with similar expressed profiles

Rank Gene Function KEGG orthology
1 Sobic.004G208301 - K15429: TRM5, tRNA (guanine37-N1)-methyltransferase
2 Sobic.001G073400 expressed protein -
3 Sobic.001G138100 - -
4 Sobic.004G337850 - -
5 Sobic.002G130200 SAG (Senescence-associated gene): up-regulated gene during salt-induced senescence.(PubMedID : 27586543)@UDP-glucoronosyl and UDP-glucosyl transferase domain containing protein, expressed -
6 Sobic.009G123100 - K02710: photosystem II PsbI protein
K02712: photosystem II PsbK protein
7 Sobic.006G057050 - -
8 Sobic.003G169000 - K02718: photosystem II PsbT protein
9 Sobic.004G087050 - -
10 Sobic.009G148950 - -
11 Sobic.007G145801 - K02712: photosystem II PsbK protein
12 Sobic.003G168200 - -
13 Sobic.005G093901 - -
14 Sobic.003G169100 photosystem II P680 chlorophyll A apoprotein, putative, expressed K02704: photosystem II CP47 chlorophyll apoprotein
15 Sobic.003G172701 - -
16 Sobic.007G149200 "DEP1/GGC2(Ortholog in rice:Huang et al., 2009(PubMedID : 31659905)@keratin-associated protein 5-4, putative, expressed -
17 Sobic.001G048500 pheophorbide a oxygenase, chloroplast precursor, putative, expressed -
18 Sobic.009G174150 - -
19 Sobic.003G352000 growth regulator related protein, putative, expressed -
20 Sobic.004G210400 expressed protein -


Gene co-expression network
sample Sobic001G445600 Sobic001G445600 Sobic004G208301 Sobic004G208301 Sobic001G445600--Sobic004G208301 Sobic001G073400 Sobic001G073400 Sobic001G445600--Sobic001G073400 Sobic001G138100 Sobic001G138100 Sobic001G445600--Sobic001G138100 Sobic004G337850 Sobic004G337850 Sobic001G445600--Sobic004G337850 Sobic002G130200 Sobic002G130200 Sobic001G445600--Sobic002G130200 Sobic009G123100 Sobic009G123100 Sobic001G445600--Sobic009G123100 Sobic006G057050 Sobic006G057050 Sobic001G445600--Sobic006G057050 Sobic003G169000 Sobic003G169000 Sobic001G445600--Sobic003G169000 Sobic004G087050 Sobic004G087050 Sobic001G445600--Sobic004G087050 Sobic004G268600 Sobic004G268600 Sobic004G208301--Sobic004G268600 Sobic003G160300 Sobic003G160300 Sobic004G208301--Sobic003G160300 Sobic003G160433 Sobic003G160433 Sobic004G208301--Sobic003G160433 Sobic007G085900 Sobic007G085900 Sobic004G208301--Sobic007G085900 Sobic001G054050 Sobic001G054050 Sobic004G208301--Sobic001G054050 Sobic001G128000 Sobic001G128000 Sobic004G208301--Sobic001G128000 Sobic002G390200 Sobic002G390200 Sobic004G208301--Sobic002G390200 Sobic003G337200 Sobic003G337200 Sobic004G208301--Sobic003G337200 Sobic009G192200 Sobic009G192200 Sobic004G208301--Sobic009G192200 Sobic003G290200 Sobic003G290200 Sobic001G073400--Sobic003G290200 Sobic001G073400--Sobic009G192200 Sobic009G255000 Sobic009G255000 Sobic001G073400--Sobic009G255000 Sobic005G028500 Sobic005G028500 Sobic001G073400--Sobic005G028500 Sobic001G073400--Sobic004G208301 Sobic004G282933 Sobic004G282933 Sobic001G073400--Sobic004G282933 Sobic004G104200 Sobic004G104200 Sobic001G073400--Sobic004G104200 Sobic001G073400--Sobic007G085900 Sobic001G048500 Sobic001G048500 Sobic001G073400--Sobic001G048500 Sobic001G138100--Sobic006G057050 Sobic007G109200 Sobic007G109200 Sobic001G138100--Sobic007G109200 Sobic004G087000 Sobic004G087000 Sobic001G138100--Sobic004G087000 Sobic004G251400 Sobic004G251400 Sobic001G138100--Sobic004G251400 Sobic003G172701 Sobic003G172701 Sobic001G138100--Sobic003G172701 Sobic004G337600 Sobic004G337600 Sobic001G138100--Sobic004G337600 Sobic005G093901 Sobic005G093901 Sobic001G138100--Sobic005G093901 Sobic001G138100--Sobic004G337850 Sobic003G172900 Sobic003G172900 Sobic001G138100--Sobic003G172900 Sobic004G337850--Sobic006G057050 Sobic004G337850--Sobic009G123100 Sobic003G352000 Sobic003G352000 Sobic004G337850--Sobic003G352000 Sobic010G035600 Sobic010G035600 Sobic004G337850--Sobic010G035600 Sobic007G145801 Sobic007G145801 Sobic004G337850--Sobic007G145801 Sobic003G172500 Sobic003G172500 Sobic004G337850--Sobic003G172500 SobicK029400 SobicK029400 Sobic004G337850--SobicK029400 Sobic003G168200 Sobic003G168200 Sobic004G337850--Sobic003G168200 Sobic009G148950 Sobic009G148950 Sobic004G337850--Sobic009G148950 Sobic002G130200--Sobic004G251400 Sobic002G130200--Sobic004G337600 Sobic003G168500 Sobic003G168500 Sobic002G130200--Sobic003G168500 Sobic002G130200--Sobic003G172900 Sobic002G044500 Sobic002G044500 Sobic002G130200--Sobic002G044500 Sobic008G160300 Sobic008G160300 Sobic002G130200--Sobic008G160300 Sobic003G171900 Sobic003G171900 Sobic002G130200--Sobic003G171900 Sobic003G172850 Sobic003G172850 Sobic002G130200--Sobic003G172850 Sobic003G172400 Sobic003G172400 Sobic002G130200--Sobic003G172400 Sobic009G123100--Sobic003G172500 Sobic009G123100--Sobic009G148950 Sobic009G123100--Sobic004G087050 Sobic009G123100--Sobic006G057050 SobicK032300 SobicK032300 Sobic009G123100--SobicK032300 Sobic009G123100--Sobic007G145801 Sobic006G124700 Sobic006G124700 Sobic009G123100--Sobic006G124700 Sobic010G139200 Sobic010G139200 Sobic009G123100--Sobic010G139200 Sobic009G123100--Sobic004G337850 Sobic006G057050--Sobic003G172701 Sobic006G057050--Sobic009G123100 Sobic006G057050--Sobic004G337850 Sobic006G057050--Sobic009G148950 Sobic006G057050--Sobic003G172500 Sobic005G110493 Sobic005G110493 Sobic006G057050--Sobic005G110493 Sobic006G057050--Sobic007G109200 Sobic006G057050--Sobic004G087050 Sobic010G052866 Sobic010G052866 Sobic006G057050--Sobic010G052866 Sobic003G169100 Sobic003G169100 Sobic003G169000--Sobic003G169100 Sobic007G065000 Sobic007G065000 Sobic003G169000--Sobic007G065000 Sobic007G149200 Sobic007G149200 Sobic003G169000--Sobic007G149200 Sobic003G169000--Sobic003G352000 Sobic003G369533 Sobic003G369533 Sobic003G169000--Sobic003G369533 Sobic003G169000--Sobic003G168200 Sobic003G169000--SobicK029400 Sobic003G169000--Sobic007G145801 Sobic003G218950 Sobic003G218950 Sobic003G169000--Sobic003G218950 Sobic004G087050--Sobic010G139200 Sobic003G168425 Sobic003G168425 Sobic004G087050--Sobic003G168425 Sobic004G087050--Sobic005G110493 Sobic004G087050--Sobic003G172500 Sobic004G087050--Sobic003G168200 Sobic004G087050--Sobic009G123100 Sobic003G169300 Sobic003G169300 Sobic004G087050--Sobic003G169300 Sobic004G087050--Sobic003G171900 Sobic004G210400 Sobic004G210400 Sobic004G087050--Sobic004G210400
Octagon: transcription factors


© 2015- RIKEN, All rights reserved.