Gene annotation
Transcriptome id Sobic.002G380100.1
Synonym
Functional annotation PPR repeat containing protein, expressed
UniProt A0A1W0W7B4
Pfam PF12854 PF13041
Panther DB PTHR24015
NCBI CDD -
KEGG Orthology K17964; leucine-rich PPR motif-containing protein, mitochondrial
Gene Ontology -


Orthologs (automatic annotation)
TAIR AT1G19290 : Pentatricopeptide repeat (PPR) superfamily protein
RAP-DB (Rice) LOC_Os05g19390.1 : PPR repeat containing protein, expressed
MaizeGDB (Corn) Zm00025a048795
Brachypodium -
Barley -
Wheat -
Populus -


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Expression pattern by RNA-Seq analysis
FPKM plot


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Rank Gene Function KEGG orthology
1 Sobic.002G079100 histone-lysine N-methyltransferase, H3 lysine-9 specific SUVH1, putative, expressed K11420: [histone H3]-lysine9 N-trimethyltransferase EHMT
2 Sobic.004G119400 ATP-binding domain-containing protein, putative, expressed -
3 Sobic.008G017100 ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase, family 1, putative, expressed -
4 Sobic.006G111200 RNA-dependent RNA polymerase, putative, expressed K11699: RDR, RNA-dependent RNA polymerase
5 Sobic.001G448100 DNA-directed RNA polymerase subunit, putative, expressed K16252: NRPD2, DNA-directed RNA polymerase IV and V subunit 2
6 Sobic.003G185250 - -
7 Sobic.003G070100 expressed protein -
8 Sobic.010G050700 protein kinase, putative, expressed -
9 Sobic.009G096100 endoribonuclease Dicer, putative, expressed -
10 Sobic.006G131200 DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC1, putative, expressed K03018: RPC1, DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC1
11 Sobic.006G274100 ribosome biogenesis regulatory protein, putative, expressed K14852: regulator of ribosome biosynthesis
12 Sobic.007G182600 SAG (Senescence-associated gene): differentially expressed gene during developmental senescence.(PubMedID : 27586543)@tetratricopeptide-like helical, putative, expressed -
13 Sobic.001G482200 FAR1 family protein, expressed K17604: zinc finger SWIM domain-containing protein 3
14 Sobic.002G050500 type I inositol-1,4,5-trisphosphate 5-phosphatase, putative, expressed -
15 Sobic.007G094500 KH domain containing protein, putative, expressed -
16 Sobic.001G315400 expressed protein -
17 Sobic.009G100050 - -
18 Sobic.001G453500 expressed protein -
19 Sobic.006G226300 SDA1, putative, expressed K14856: SDA1, protein SDA1
20 Sobic.007G043900 Brix domain containing protein, putative, expressed K14561: U3 small nucleolar ribonucleoprotein protein IMP4


Gene co-expression network
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Octagon: transcription factors


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