Gene annotation
Transcriptome id Sobic.003G245900.1
Synonym Sb03g030220
Functional annotation membrane associated DUF588 domain containing protein, putative, expressed
UniProt C5XFW5
Pfam PF04535
Panther DB PTHR33573 PTHR33573:SF4
NCBI CDD -
KEGG Orthology -
Gene Ontology -


Orthologs (automatic annotation)
TAIR AT2G36330 : Uncharacterised protein family (UPF0497)
RAP-DB (Rice) LOC_Os01g47200.1 : retrotransposon protein, putative, unclassified, expressed
MaizeGDB (Corn) Zm00025a028168
Brachypodium KQK09040
Barley -
Wheat -
Populus -


JBrowse

Open New Page


cDNA sequences
Sobic.003G245900


Expression pattern by RNA-Seq analysis
FPKM plot


Find similar expressed genes
Top 20 genes with similar expressed profiles

Rank Gene Function KEGG orthology
1 Sobic.001G485600 DAG protein, chloroplast precursor, putative, expressed -
2 Sobic.001G429300 STE_MEKK_ste11_MAP3K.12 - STE kinases include homologs to sterile 7, sterile 11 and sterile 20 from yeast, expressed K13414: mitogen-activated protein kinase kinase kinase 1
3 Sobic.003G324100 haloacid dehalogenase, putative, expressed K01094: phosphatidylglycerophosphatase GEP4
4 Sobic.009G112400 OsFBX361 - F-box domain containing protein, expressed -
5 Sobic.010G268300 protein phosphatase 2C, putative, expressed -
6 Sobic.002G122600 ankyrin repeat domain containing protein, expressed -
7 Sobic.008G068601 - -
8 Sobic.003G174800 - -
9 Sobic.006G038400 YL1 nuclear protein C-terminal domain containing protein, expressed K11667: INO80C, INO80 complex subunit C
10 Sobic.004G083700 expressed protein -
11 Sobic.004G147200 - -
12 Sobic.002G192500 ES43 protein, putative, expressed -
13 Sobic.006G214400 peptidase, trypsin-like serine and cysteine proteases, putative, expressed -
14 Sobic.010G280100 expressed protein -
15 Sobic.003G368800 expressed protein -
16 Sobic.006G047100 exo70 exocyst complex subunit domain containing protein, expressed K07195: EXOC7, exocyst complex component 7
17 Sobic.009G096100 endoribonuclease Dicer, putative, expressed -
18 Sobic.001G296400 palmitoyl-protein thioesterase 1 precursor, putative, expressed K01074: palmitoyl-protein thioesterase
19 Sobic.003G052600 - -
20 Sobic.008G056900 RFC4 - Putative clamp loader of PCNA, replication factor C subunit 4, expressed K10755: replication factor C subunit 2/4


Gene co-expression network
sample Sobic003G245900 Sobic003G245900 Sobic001G485600 Sobic001G485600 Sobic003G245900--Sobic001G485600 Sobic001G429300 Sobic001G429300 Sobic003G245900--Sobic001G429300 Sobic003G324100 Sobic003G324100 Sobic003G245900--Sobic003G324100 Sobic009G112400 Sobic009G112400 Sobic003G245900--Sobic009G112400 Sobic010G268300 Sobic010G268300 Sobic003G245900--Sobic010G268300 Sobic002G122600 Sobic002G122600 Sobic003G245900--Sobic002G122600 Sobic008G068601 Sobic008G068601 Sobic003G245900--Sobic008G068601 Sobic003G174800 Sobic003G174800 Sobic003G245900--Sobic003G174800 Sobic006G038400 Sobic006G038400 Sobic003G245900--Sobic006G038400 Sobic008G056900 Sobic008G056900 Sobic001G485600--Sobic008G056900 Sobic009G096100 Sobic009G096100 Sobic001G485600--Sobic009G096100 Sobic001G485600--Sobic003G324100 Sobic001G485600--Sobic003G245900 Sobic001G362300 Sobic001G362300 Sobic001G485600--Sobic001G362300 Sobic008G081600 Sobic008G081600 Sobic001G485600--Sobic008G081600 Sobic005G100900 Sobic005G100900 Sobic001G485600--Sobic005G100900 Sobic001G485600--Sobic003G174800 Sobic007G197400 Sobic007G197400 Sobic001G485600--Sobic007G197400 Sobic001G429300--Sobic010G268300 Sobic010G280100 Sobic010G280100 Sobic001G429300--Sobic010G280100 Sobic006G273200 Sobic006G273200 Sobic001G429300--Sobic006G273200 Sobic001G429300--Sobic002G122600 Sobic004G083700 Sobic004G083700 Sobic001G429300--Sobic004G083700 Sobic008G165700 Sobic008G165700 Sobic001G429300--Sobic008G165700 Sobic003G018900 Sobic003G018900 Sobic001G429300--Sobic003G018900 Sobic006G171700 Sobic006G171700 Sobic001G429300--Sobic006G171700 Sobic001G281600 Sobic001G281600 Sobic001G429300--Sobic001G281600 Sobic003G324100--Sobic001G485600 Sobic009G103600 Sobic009G103600 Sobic003G324100--Sobic009G103600 Sobic002G146400 Sobic002G146400 Sobic003G324100--Sobic002G146400 Sobic001G114400 Sobic001G114400 Sobic003G324100--Sobic001G114400 Sobic003G324100--Sobic001G429300 Sobic002G191100 Sobic002G191100 Sobic003G324100--Sobic002G191100 Sobic003G324100--Sobic003G245900 Sobic001G069600 Sobic001G069600 Sobic003G324100--Sobic001G069600 Sobic004G087600 Sobic004G087600 Sobic003G324100--Sobic004G087600 Sobic003G196900 Sobic003G196900 Sobic009G112400--Sobic003G196900 Sobic006G047100 Sobic006G047100 Sobic009G112400--Sobic006G047100 Sobic007G011600 Sobic007G011600 Sobic009G112400--Sobic007G011600 Sobic009G100050 Sobic009G100050 Sobic009G112400--Sobic009G100050 Sobic009G050900 Sobic009G050900 Sobic009G112400--Sobic009G050900 Sobic010G249300 Sobic010G249300 Sobic009G112400--Sobic010G249300 Sobic005G084100 Sobic005G084100 Sobic009G112400--Sobic005G084100 Sobic008G136200 Sobic008G136200 Sobic009G112400--Sobic008G136200 Sobic009G112400--Sobic008G068601 Sobic010G268300--Sobic001G281600 Sobic010G268300--Sobic002G122600 Sobic010G268300--Sobic008G136200 Sobic003G401100 Sobic003G401100 Sobic010G268300--Sobic003G401100 Sobic009G215800 Sobic009G215800 Sobic010G268300--Sobic009G215800 Sobic004G246700 Sobic004G246700 Sobic010G268300--Sobic004G246700 Sobic004G021200 Sobic004G021200 Sobic010G268300--Sobic004G021200 Sobic007G009400 Sobic007G009400 Sobic010G268300--Sobic007G009400 Sobic010G279700 Sobic010G279700 Sobic010G268300--Sobic010G279700 Sobic002G122600--Sobic001G281600 Sobic002G122600--Sobic009G215800 Sobic002G122600--Sobic010G268300 Sobic002G309800 Sobic002G309800 Sobic002G122600--Sobic002G309800 Sobic002G122600--Sobic004G083700 Sobic002G122600--Sobic001G429300 Sobic003G078800 Sobic003G078800 Sobic002G122600--Sobic003G078800 Sobic002G122600--Sobic003G196900 Sobic009G017400 Sobic009G017400 Sobic002G122600--Sobic009G017400 Sobic008G068601--Sobic009G112400 Sobic008G068601--Sobic003G245900 Sobic008G068601--Sobic001G429300 Sobic008G068601--Sobic003G324100 Sobic005G096000 Sobic005G096000 Sobic008G068601--Sobic005G096000 Sobic008G068601--Sobic009G103600 Sobic002G131300 Sobic002G131300 Sobic008G068601--Sobic002G131300 Sobic008G153600 Sobic008G153600 Sobic008G068601--Sobic008G153600 Sobic008G068601--Sobic009G096100 Sobic008G000900 Sobic008G000900 Sobic003G174800--Sobic008G000900 Sobic001G087100 Sobic001G087100 Sobic003G174800--Sobic001G087100 Sobic006G214400 Sobic006G214400 Sobic003G174800--Sobic006G214400 Sobic010G143200 Sobic010G143200 Sobic003G174800--Sobic010G143200 Sobic007G043900 Sobic007G043900 Sobic003G174800--Sobic007G043900 Sobic004G175600 Sobic004G175600 Sobic003G174800--Sobic004G175600 Sobic003G174800--Sobic001G485600 Sobic001G043400 Sobic001G043400 Sobic003G174800--Sobic001G043400 Sobic003G174800--Sobic010G268300 Sobic003G045400 Sobic003G045400 Sobic006G038400--Sobic003G045400 Sobic009G232700 Sobic009G232700 Sobic006G038400--Sobic009G232700 Sobic009G140700 Sobic009G140700 Sobic006G038400--Sobic009G140700 Sobic004G150400 Sobic004G150400 Sobic006G038400--Sobic004G150400 Sobic004G305600 Sobic004G305600 Sobic006G038400--Sobic004G305600 Sobic009G114800 Sobic009G114800 Sobic006G038400--Sobic009G114800 Sobic008G062000 Sobic008G062000 Sobic006G038400--Sobic008G062000 Sobic007G079700 Sobic007G079700 Sobic006G038400--Sobic007G079700 Sobic001G512600 Sobic001G512600 Sobic006G038400--Sobic001G512600
Octagon: transcription factors


© 2015- RIKEN, All rights reserved.