Gene annotation
Transcriptome id Sobic.003G390400.1
Synonym Sb03g042790
Functional annotation expressed protein
UniProt C5XFE3
Pfam -
Panther DB PTHR13343 PTHR13343:SF18
NCBI CDD -
KEGG Orthology -
Gene Ontology -


Orthologs (automatic annotation)
TAIR AT3G59300 : Pentatricopeptide repeat (PPR) superfamily protein
RAP-DB (Rice) LOC_Os01g67370.1 : expressed protein
MaizeGDB (Corn) Zm00025a026415
Brachypodium PNT73384 , PNT73383 , PNT73382 , PNT73381 , PNT73380 , KQK11036 , KQK11034 , KQK11035 , PNT73378 , PNT73379
Barley -
Wheat TraesCS3A02G395700 , TraesCS3A02G395700
Populus -


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cDNA sequences
Sobic.003G390400


Expression pattern by RNA-Seq analysis
FPKM plot


Find similar expressed genes
Top 20 genes with similar expressed profiles

Rank Gene Function KEGG orthology
1 Sobic.005G110472 - -
2 Sobic.003G170100 - -
3 Sobic.010G129200 - -
4 Sobic.007G137900 nucleoside-triphosphatase, putative, expressed K01510: ENTPD1_3_8, apyrase
5 Sobic.001G251700 OsPP2Ac-4 - Phosphatase 2A isoform 4 belonging to family 2, expressed K04382: serine/threonine-protein phosphatase 2A catalytic subunit
6 Sobic.002G157000 enhancer of polycomb, putative, expressed K11322: enhancer of polycomb-like protein
7 Sobic.008G192500 - -
8 Sobic.002G144933 - -
9 Sobic.001G407200 SacI homology domain containing protein, expressed -
10 Sobic.006G080300 SET domain containing protein, expressed -
11 Sobic.003G200200 SIT4 phosphatase-associated protein domain containing protein, expressed K15501: PPP6R3, serine/threonine-protein phosphatase 6 regulatory subunit 3
12 Sobic.003G268300 surp module family protein, putative, expressed -
13 Sobic.001G152320 - -
14 Sobic.005G001800 - -
15 Sobic.001G162300 KH domain containing protein, putative, expressed K13162: poly(rC)-binding protein 2
16 Sobic.005G013200 BAH domain containing protein, expressed -
17 Sobic.007G113800 early-responsive to dehydration protein-related, putative, expressed -
18 Sobic.001G356500 polypyrimidine tract-binding protein, putative, expressed K14948: PTBP2, polypyrimidine tract-binding protein 2
19 Sobic.010G202000 glycerophosphoryl diester phosphodiesterase family protein, putative, expressed -
20 Sobic.009G210500 expressed protein -


Gene co-expression network
sample Sobic003G390400 Sobic003G390400 Sobic005G110472 Sobic005G110472 Sobic003G390400--Sobic005G110472 Sobic003G170100 Sobic003G170100 Sobic003G390400--Sobic003G170100 Sobic010G129200 Sobic010G129200 Sobic003G390400--Sobic010G129200 Sobic007G137900 Sobic007G137900 Sobic003G390400--Sobic007G137900 Sobic001G251700 Sobic001G251700 Sobic003G390400--Sobic001G251700 Sobic002G157000 Sobic002G157000 Sobic003G390400--Sobic002G157000 Sobic008G192500 Sobic008G192500 Sobic003G390400--Sobic008G192500 Sobic002G144933 Sobic002G144933 Sobic003G390400--Sobic002G144933 Sobic001G407200 Sobic001G407200 Sobic003G390400--Sobic001G407200 Sobic005G110472--Sobic003G170100 Sobic007G096600 Sobic007G096600 Sobic005G110472--Sobic007G096600 Sobic003G268300 Sobic003G268300 Sobic005G110472--Sobic003G268300 Sobic005G110472--Sobic003G390400 Sobic002G243900 Sobic002G243900 Sobic005G110472--Sobic002G243900 Sobic003G200200 Sobic003G200200 Sobic005G110472--Sobic003G200200 Sobic007G113800 Sobic007G113800 Sobic005G110472--Sobic007G113800 Sobic005G110472--Sobic007G137900 Sobic003G176500 Sobic003G176500 Sobic005G110472--Sobic003G176500 Sobic003G170100--Sobic005G110472 Sobic003G170100--Sobic003G268300 Sobic003G170100--Sobic003G200200 Sobic003G170100--Sobic007G096600 Sobic003G170100--Sobic002G144933 Sobic003G170100--Sobic002G157000 Sobic001G152320 Sobic001G152320 Sobic003G170100--Sobic001G152320 Sobic003G170100--Sobic007G137900 Sobic001G162300 Sobic001G162300 Sobic003G170100--Sobic001G162300 Sobic005G045300 Sobic005G045300 Sobic010G129200--Sobic005G045300 Sobic005G013200 Sobic005G013200 Sobic010G129200--Sobic005G013200 Sobic009G126400 Sobic009G126400 Sobic010G129200--Sobic009G126400 Sobic008G024600 Sobic008G024600 Sobic010G129200--Sobic008G024600 Sobic006G209850 Sobic006G209850 Sobic010G129200--Sobic006G209850 Sobic010G129200--Sobic001G407200 Sobic002G053000 Sobic002G053000 Sobic010G129200--Sobic002G053000 Sobic010G277500 Sobic010G277500 Sobic010G129200--Sobic010G277500 Sobic010G136600 Sobic010G136600 Sobic010G129200--Sobic010G136600 Sobic007G137900--Sobic001G251700 Sobic002G157300 Sobic002G157300 Sobic007G137900--Sobic002G157300 Sobic004G196700 Sobic004G196700 Sobic007G137900--Sobic004G196700 Sobic007G137900--Sobic003G200200 Sobic007G137900--Sobic003G170100 Sobic004G349900 Sobic004G349900 Sobic007G137900--Sobic004G349900 Sobic005G149500 Sobic005G149500 Sobic007G137900--Sobic005G149500 Sobic007G011400 Sobic007G011400 Sobic007G137900--Sobic007G011400 Sobic007G137900--Sobic002G157000 Sobic001G251700--Sobic007G137900 Sobic001G251700--Sobic003G200200 Sobic001G251700--Sobic002G157300 Sobic001G251700--Sobic002G157000 Sobic006G082600 Sobic006G082600 Sobic001G251700--Sobic006G082600 Sobic002G248400 Sobic002G248400 Sobic001G251700--Sobic002G248400 Sobic002G320500 Sobic002G320500 Sobic001G251700--Sobic002G320500 Sobic001G251700--Sobic003G268300 Sobic003G220200 Sobic003G220200 Sobic001G251700--Sobic003G220200 Sobic002G157000--Sobic002G248400 Sobic002G157000--Sobic002G320500 Sobic002G157000--Sobic003G200200 Sobic001G420200 Sobic001G420200 Sobic002G157000--Sobic001G420200 Sobic008G173900 Sobic008G173900 Sobic002G157000--Sobic008G173900 Sobic002G157000--Sobic003G268300 Sobic002G157000--Sobic001G162300 Sobic003G108700 Sobic003G108700 Sobic002G157000--Sobic003G108700 Sobic001G094000 Sobic001G094000 Sobic002G157000--Sobic001G094000 Sobic008G192500--Sobic003G390400 Sobic008G192500--Sobic005G110472 Sobic006G080300 Sobic006G080300 Sobic008G192500--Sobic006G080300 Sobic002G145101 Sobic002G145101 Sobic008G192500--Sobic002G145101 Sobic008G192500--Sobic003G170100 Sobic008G192500--Sobic008G173900 Sobic001G257300 Sobic001G257300 Sobic008G192500--Sobic001G257300 Sobic008G192500--Sobic003G268300 Sobic008G192500--Sobic002G243900 Sobic002G144933--Sobic008G173900 Sobic002G144933--Sobic002G157000 Sobic002G144933--Sobic001G420200 Sobic002G144933--Sobic003G268300 Sobic001G274200 Sobic001G274200 Sobic002G144933--Sobic001G274200 Sobic007G037900 Sobic007G037900 Sobic002G144933--Sobic007G037900 Sobic004G145500 Sobic004G145500 Sobic002G144933--Sobic004G145500 Sobic002G144933--Sobic003G170100 Sobic009G065100 Sobic009G065100 Sobic002G144933--Sobic009G065100 Sobic009G210500 Sobic009G210500 Sobic001G407200--Sobic009G210500 Sobic008G162900 Sobic008G162900 Sobic001G407200--Sobic008G162900 Sobic001G407200--Sobic005G013200 Sobic001G407200--Sobic002G144933 Sobic001G407200--Sobic010G129200 Sobic001G407200--Sobic010G277500 Sobic001G407200--Sobic009G126400 Sobic004G084300 Sobic004G084300 Sobic001G407200--Sobic004G084300 Sobic008G047800 Sobic008G047800 Sobic001G407200--Sobic008G047800
Octagon: transcription factors


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