Gene annotation
Transcriptome id Sobic.004G016300.2
Synonym Sb04g001540
Functional annotation PPR repeat containing protein, expressed
UniProt A0A1Z5RLI0
Pfam PF13041
Panther DB PTHR24015 PTHR24015:SF506
NCBI CDD -
KEGG Orthology -
Gene Ontology -


Orthologs (automatic annotation)
TAIR AT2G17670 : Tetratricopeptide repeat (TPR)-like superfamily protein
RAP-DB (Rice) LOC_Os02g02740.1 : PPR repeat containing protein, expressed
MaizeGDB (Corn) Zm00025a035037
Brachypodium KQJ92955
Barley HORVU6Hr1G013000.2 , HORVU6Hr1G013000.1
Wheat -
Populus -


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Expression pattern by RNA-Seq analysis
FPKM plot


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Top 20 genes with similar expressed profiles

Rank Gene Function KEGG orthology
1 Sobic.002G365400 PPR repeat domain containing protein, putative, expressed -
2 Sobic.004G117800 Ser/Thr protein phosphatase family protein, putative, expressed K18467: vacuolar protein sorting-associated protein 29
3 Sobic.001G537001 - -
4 Sobic.004G118800 receptor lectin kinase like protein, putative, expressed -
5 Sobic.007G197400 pentatricopeptide, putative, expressed -
6 Sobic.001G099800 nucleic acid binding protein, putative, expressed -
7 Sobic.004G206300 pre-mRNA-splicing factor ISY1, putative, expressed K12870: pre-mRNA-splicing factor ISY1
8 Sobic.001G280400 ankyrin repeat domain-containing protein 28, putative, expressed -
9 Sobic.010G059200 cystathionine gamma-synthase, putative, expressed K01760: cysteine-S-conjugate beta-lyase
10 Sobic.008G125100 Mur ligase family protein, putative, expressed -
11 Sobic.001G011300 expressed protein -
12 Sobic.009G231100 3-deoxy-manno-octulosonate cytidylyltransferase, putative, expressed K00979: 3-deoxy-manno-octulosonate cytidylyltransferase (CMP-KDO synthetase)
13 Sobic.003G098200 expressed protein -
14 Sobic.006G071814 - -
15 Sobic.006G170200 amino acid kinase, putative, expressed K00930: acetylglutamate kinase
16 Sobic.003G420900 S-formylglutathione hydrolase, putative, expressed K01070: frmB, ESD, S-formylglutathione hydrolase
17 Sobic.001G202500 cytochrome b5-like Heme/Steroid binding domain containing protein, expressed K17278: membrane-associated progesterone receptor component
18 Sobic.007G172600 dihydroneopterin aldolase, putative, expressed K01633: 7,8-dihydroneopterin aldolase/epimerase/oxygenase
19 Sobic.007G203000 RNA pseudouridine synthase, putative, expressed -
20 Sobic.006G225800 OsFBO11 - F-box and other domain containing protein, expressed -


Gene co-expression network
sample Sobic004G016300 Sobic004G016300 Sobic002G365400 Sobic002G365400 Sobic004G016300--Sobic002G365400 Sobic004G117800 Sobic004G117800 Sobic004G016300--Sobic004G117800 Sobic001G537001 Sobic001G537001 Sobic004G016300--Sobic001G537001 Sobic004G118800 Sobic004G118800 Sobic004G016300--Sobic004G118800 Sobic007G197400 Sobic007G197400 Sobic004G016300--Sobic007G197400 Sobic001G099800 Sobic001G099800 Sobic004G016300--Sobic001G099800 Sobic004G206300 Sobic004G206300 Sobic004G016300--Sobic004G206300 Sobic001G280400 Sobic001G280400 Sobic004G016300--Sobic001G280400 Sobic010G059200 Sobic010G059200 Sobic004G016300--Sobic010G059200 Sobic002G365400--Sobic004G016300 Sobic003G098200 Sobic003G098200 Sobic002G365400--Sobic003G098200 Sobic003G051500 Sobic003G051500 Sobic002G365400--Sobic003G051500 Sobic001G099200 Sobic001G099200 Sobic002G365400--Sobic001G099200 Sobic006G225800 Sobic006G225800 Sobic002G365400--Sobic006G225800 Sobic010G004400 Sobic010G004400 Sobic002G365400--Sobic010G004400 Sobic001G395300 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Octagon: transcription factors


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