Gene annotation
Transcriptome id Sobic.004G206300.1
Synonym Sb04g025200
Functional annotation pre-mRNA-splicing factor ISY1, putative, expressed
UniProt C5XX61
Pfam PF06246
Panther DB PTHR13021
NCBI CDD KOG3068; mRNA splicing factor
KEGG Orthology K12870; pre-mRNA-splicing factor ISY1
Gene Ontology -


Orthologs (automatic annotation)
TAIR AT3G18790 : -
RAP-DB (Rice) LOC_Os02g39050.1 : pre-mRNA-splicing factor ISY1, putative, expressed
MaizeGDB (Corn) Zm00025a021271
Brachypodium KQK00224 , PNT68989
Barley HORVU6Hr1G054640.2 , HORVU6Hr1G054640.1
Wheat -
Populus -


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cDNA sequences
Sobic.004G206300


Expression pattern by RNA-Seq analysis
FPKM plot


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Top 20 genes with similar expressed profiles

Rank Gene Function KEGG orthology
1 Sobic.004G212700 RNA recognition motif containing protein, putative, expressed K12883: NCBP2, nuclear cap-binding protein subunit 2
2 Sobic.004G027000 seven in absentia protein family domain containing protein, expressed K04506: E3 ubiquitin-protein ligase SIAH1
3 Sobic.009G056300 PHD finger protein, putative, expressed -
4 Sobic.004G129600 expressed protein -
5 Sobic.009G031500 agenet domain containing protein, putative, expressed -
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7 Sobic.004G225300 e2f-associated phosphoprotein, putative, expressed -
8 Sobic.001G335500 RNA-binding protein-like, putative, expressed -
9 Sobic.001G099800 nucleic acid binding protein, putative, expressed -
10 Sobic.003G253400 expressed protein -
11 Sobic.008G051100 RNA polymerase II subunit A C-terminal domain phosphatase ssu72, putative, expressed K15544: RNA polymerase II subunit A C-terminal domain phosphatase SSU72
12 Sobic.004G192400 OsFBX77 - F-box domain containing protein, expressed K14495: GID2, F-box protein GID2
13 Sobic.008G008300 expressed protein -
14 Sobic.007G159200 PWWP domain containing protein, expressed -
15 Sobic.001G136500 RNA recognition motif containing protein, expressed K12885: RBMX, heterogeneous nuclear ribonucleoprotein G
16 Sobic.007G125700 NHL repeat-containing protein, putative, expressed -
17 Sobic.003G274400 WD domain, G-beta repeat domain containing protein, expressed K10752: RBBP4, HAT2, CAF1, histone-binding protein RBBP4
18 Sobic.002G394800 SWIB/MDM2 domain containing protein, expressed K11650: SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily D
19 Sobic.001G132900 expressed protein -
20 Sobic.001G300000 - -


Gene co-expression network
sample Sobic004G206300 Sobic004G206300 Sobic004G212700 Sobic004G212700 Sobic004G206300--Sobic004G212700 Sobic004G027000 Sobic004G027000 Sobic004G206300--Sobic004G027000 Sobic009G056300 Sobic009G056300 Sobic004G206300--Sobic009G056300 Sobic004G129600 Sobic004G129600 Sobic004G206300--Sobic004G129600 Sobic009G031500 Sobic009G031500 Sobic004G206300--Sobic009G031500 Sobic008G125000 Sobic008G125000 Sobic004G206300--Sobic008G125000 Sobic004G225300 Sobic004G225300 Sobic004G206300--Sobic004G225300 Sobic001G335500 Sobic001G335500 Sobic004G206300--Sobic001G335500 Sobic001G099800 Sobic001G099800 Sobic004G206300--Sobic001G099800 Sobic004G212700--Sobic004G129600 Sobic004G212700--Sobic004G206300 Sobic004G019600 Sobic004G019600 Sobic004G212700--Sobic004G019600 Sobic006G245700 Sobic006G245700 Sobic004G212700--Sobic006G245700 Sobic001G346300 Sobic001G346300 Sobic004G212700--Sobic001G346300 Sobic003G274400 Sobic003G274400 Sobic004G212700--Sobic003G274400 Sobic010G154000 Sobic010G154000 Sobic004G212700--Sobic010G154000 Sobic002G394800 Sobic002G394800 Sobic004G212700--Sobic002G394800 Sobic004G198900 Sobic004G198900 Sobic004G212700--Sobic004G198900 Sobic004G027000--Sobic004G225300 Sobic004G027000--Sobic004G206300 Sobic002G139000 Sobic002G139000 Sobic004G027000--Sobic002G139000 Sobic004G027000--Sobic009G056300 Sobic004G027000--Sobic002G394800 Sobic001G422700 Sobic001G422700 Sobic004G027000--Sobic001G422700 Sobic001G280400 Sobic001G280400 Sobic004G027000--Sobic001G280400 Sobic005G164500 Sobic005G164500 Sobic004G027000--Sobic005G164500 Sobic004G184000 Sobic004G184000 Sobic004G027000--Sobic004G184000 Sobic009G056300--Sobic008G125000 Sobic009G056300--Sobic004G206300 Sobic002G224700 Sobic002G224700 Sobic009G056300--Sobic002G224700 Sobic009G194300 Sobic009G194300 Sobic009G056300--Sobic009G194300 Sobic001G041200 Sobic001G041200 Sobic009G056300--Sobic001G041200 Sobic001G080000 Sobic001G080000 Sobic009G056300--Sobic001G080000 Sobic009G056300--Sobic004G027000 Sobic009G056300--Sobic002G394800 Sobic001G152000 Sobic001G152000 Sobic009G056300--Sobic001G152000 Sobic004G129600--Sobic004G212700 Sobic004G129600--Sobic004G206300 Sobic004G129600--Sobic003G274400 Sobic004G129600--Sobic009G031500 Sobic004G129600--Sobic001G335500 Sobic007G125700 Sobic007G125700 Sobic004G129600--Sobic007G125700 Sobic007G153700 Sobic007G153700 Sobic004G129600--Sobic007G153700 Sobic004G043750 Sobic004G043750 Sobic004G129600--Sobic004G043750 Sobic002G017900 Sobic002G017900 Sobic004G129600--Sobic002G017900 Sobic004G207000 Sobic004G207000 Sobic009G031500--Sobic004G207000 Sobic001G540700 Sobic001G540700 Sobic009G031500--Sobic001G540700 Sobic006G126600 Sobic006G126600 Sobic009G031500--Sobic006G126600 Sobic009G031500--Sobic007G125700 Sobic001G487200 Sobic001G487200 Sobic009G031500--Sobic001G487200 Sobic009G031500--Sobic003G274400 Sobic003G077500 Sobic003G077500 Sobic009G031500--Sobic003G077500 Sobic009G031500--Sobic004G206300 Sobic003G027800 Sobic003G027800 Sobic009G031500--Sobic003G027800 Sobic008G125000--Sobic009G056300 Sobic001G115500 Sobic001G115500 Sobic008G125000--Sobic001G115500 Sobic008G125000--Sobic006G245700 Sobic003G307900 Sobic003G307900 Sobic008G125000--Sobic003G307900 Sobic004G075200 Sobic004G075200 Sobic008G125000--Sobic004G075200 Sobic009G120500 Sobic009G120500 Sobic008G125000--Sobic009G120500 Sobic007G010900 Sobic007G010900 Sobic008G125000--Sobic007G010900 Sobic006G041100 Sobic006G041100 Sobic008G125000--Sobic006G041100 Sobic004G358900 Sobic004G358900 Sobic008G125000--Sobic004G358900 Sobic004G225300--Sobic004G027000 Sobic004G225300--Sobic001G422700 Sobic004G225300--Sobic002G394800 Sobic004G225300--Sobic004G206300 Sobic004G225300--Sobic009G056300 Sobic004G225300--Sobic004G212700 Sobic004G225300--Sobic002G139000 Sobic006G252100 Sobic006G252100 Sobic004G225300--Sobic006G252100 Sobic006G179800 Sobic006G179800 Sobic004G225300--Sobic006G179800 Sobic004G067400 Sobic004G067400 Sobic001G335500--Sobic004G067400 Sobic006G120800 Sobic006G120800 Sobic001G335500--Sobic006G120800 Sobic003G253400 Sobic003G253400 Sobic001G335500--Sobic003G253400 Sobic007G183300 Sobic007G183300 Sobic001G335500--Sobic007G183300 Sobic009G258400 Sobic009G258400 Sobic001G335500--Sobic009G258400 Sobic001G335500--Sobic004G129600 Sobic002G408600 Sobic002G408600 Sobic001G335500--Sobic002G408600 Sobic010G279900 Sobic010G279900 Sobic001G335500--Sobic010G279900 Sobic005G115500 Sobic005G115500 Sobic001G335500--Sobic005G115500 Sobic003G058900 Sobic003G058900 Sobic001G099800--Sobic003G058900 Sobic001G136500 Sobic001G136500 Sobic001G099800--Sobic001G136500 Sobic001G132900 Sobic001G132900 Sobic001G099800--Sobic001G132900 Sobic001G099800--Sobic001G280400 Sobic001G099800--Sobic004G206300 Sobic008G008300 Sobic008G008300 Sobic001G099800--Sobic008G008300 Sobic001G099800--Sobic008G125000 Sobic004G117800 Sobic004G117800 Sobic001G099800--Sobic004G117800 Sobic008G051100 Sobic008G051100 Sobic001G099800--Sobic008G051100
Octagon: transcription factors


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