Gene annotation
Transcriptome id Sobic.004G240500.1
Synonym Sb04g028140
Functional annotation tyrosyl-tRNA synthetase, putative, expressed
UniProt C5XYV1
Pfam PF00579
Panther DB -
NCBI CDD -
KEGG Orthology K01866; YARS, tyrosyl-tRNA synthetase
Gene Ontology GO:0006418; tRNA aminoacylation for protein translation GO:0005524ATP binding GO:0004812aminoacyl-tRNA ligase activity GO:0000166nucleotide binding


Orthologs (automatic annotation)
TAIR AT2G33840 : Tyrosyl-tRNA synthetase, class Ib, bacterial/mitochondrial
RAP-DB (Rice) LOC_Os02g49030.1 : tyrosyl-tRNA synthetase, putative, expressed
MaizeGDB (Corn) -
Brachypodium -
Barley -
Wheat -
Populus -


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cDNA sequences
Sobic.004G240500


Expression pattern by RNA-Seq analysis
FPKM plot


Find similar expressed genes
Top 20 genes with similar expressed profiles

Rank Gene Function KEGG orthology
1 Sobic.009G079500 Leucine Rich Repeat family protein, expressed -
2 Sobic.003G252200 DDT, putative, expressed -
3 Sobic.002G411600 CW-type Zinc Finger, putative, expressed -
4 Sobic.001G536400 THO complex subunit 1, putative, expressed K12878: THO complex subunit 1
5 Sobic.002G008900 sister chromatid cohesion 2, putative, expressed K06672: SCC2, cohesin loading factor subunit SCC2
6 Sobic.002G034100 D-alanine--D-alanine ligase family, putative, expressed -
7 Sobic.005G001000 RNA recognition motif containing protein, putative, expressed K10643: CNOT4, NOT4, CCR4-NOT transcription complex subunit 4
8 Sobic.005G110300 - -
9 Sobic.009G191000 MATH domain containing protein, expressed -
10 Sobic.009G256400 ATP binding protein, putative, expressed K15192: BTAF1, TATA-binding protein-associated factor
11 Sobic.003G159600 auxilin, putative, expressed -
12 Sobic.010G247800 zinc finger, C3HC4 type domain containing protein, expressed K10696: E3 ubiquitin-protein ligase BRE1
13 Sobic.005G110200 - -
14 Sobic.004G174200 pre-mRNA-splicing factor ATP-dependent RNA helicase DHX16, putative, expressed K12813: pre-mRNA-splicing factor ATP-dependent RNA helicase DHX16
15 Sobic.008G132600 expressed protein -
16 Sobic.007G116200 expressed protein K13217: PRPF39, pre-mRNA-processing factor 39
17 Sobic.010G279450 - K11446: KDM5, [histone H3]-trimethyl-L-lysine4 demethylase
18 Sobic.004G291900 ESP4, putative, expressed K06100: symplekin
19 Sobic.004G023000 SAC9, putative, expressed -
20 Sobic.004G010151 - -


Gene co-expression network
sample Sobic004G240500 Sobic004G240500 Sobic009G079500 Sobic009G079500 Sobic004G240500--Sobic009G079500 Sobic003G252200 Sobic003G252200 Sobic004G240500--Sobic003G252200 Sobic002G411600 Sobic002G411600 Sobic004G240500--Sobic002G411600 Sobic001G536400 Sobic001G536400 Sobic004G240500--Sobic001G536400 Sobic002G008900 Sobic002G008900 Sobic004G240500--Sobic002G008900 Sobic002G034100 Sobic002G034100 Sobic004G240500--Sobic002G034100 Sobic005G001000 Sobic005G001000 Sobic004G240500--Sobic005G001000 Sobic005G110300 Sobic005G110300 Sobic004G240500--Sobic005G110300 Sobic009G191000 Sobic009G191000 Sobic004G240500--Sobic009G191000 Sobic009G079500--Sobic004G240500 Sobic005G028600 Sobic005G028600 Sobic009G079500--Sobic005G028600 Sobic003G247300 Sobic003G247300 Sobic009G079500--Sobic003G247300 Sobic004G127400 Sobic004G127400 Sobic009G079500--Sobic004G127400 Sobic002G318700 Sobic002G318700 Sobic009G079500--Sobic002G318700 Sobic009G010600 Sobic009G010600 Sobic009G079500--Sobic009G010600 Sobic004G355000 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Octagon: transcription factors


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