Gene annotation
Transcriptome id Sobic.005G110200.1
Synonym EMB1989, NRPB2, RPB2
Functional annotation -
UniProt A0A1B6PRQ1
Pfam -
Panther DB -
NCBI CDD -
KEGG Orthology -
Gene Ontology -


Orthologs (automatic annotation)
TAIR AT4G21710 : DNA-directed RNA polymerase family protein
RAP-DB (Rice) -
MaizeGDB (Corn) -
Brachypodium -
Barley -
Wheat -
Populus -


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Expression pattern by RNA-Seq analysis
FPKM plot


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Top 20 genes with similar expressed profiles

Rank Gene Function KEGG orthology
1 Sobic.005G110300 - -
2 Sobic.002G134200 WD domain, G-beta repeat domain containing protein, expressed K11293: HIRA, protein HIRA/HIR1
3 Sobic.007G116200 expressed protein K13217: PRPF39, pre-mRNA-processing factor 39
4 Sobic.008G185300 PPR repeat domain containing protein, putative, expressed -
5 Sobic.005G090401 - -
6 Sobic.006G182900 expressed protein -
7 Sobic.003G280800 RNA recognition motif family protein, expressed K13094: RNA-binding protein 5/10
8 Sobic.005G032800 splicing factor, putative, expressed K13109: IK, RED, IK cytokine
9 Sobic.006G032500 - -
10 Sobic.001G287201 - -
11 Sobic.001G071400 WD domain, G-beta repeat domain containing protein, expressed K11293: HIRA, protein HIRA/HIR1
12 Sobic.004G359800 inositol-1-monophosphatase, putative, expressed -
13 Sobic.002G034100 D-alanine--D-alanine ligase family, putative, expressed -
14 Sobic.004G263600 - K03655: ATP-dependent DNA helicase RecG
15 Sobic.002G169633 - -
16 Sobic.002G008900 sister chromatid cohesion 2, putative, expressed K06672: SCC2, cohesin loading factor subunit SCC2
17 Sobic.003G252200 DDT, putative, expressed -
18 Sobic.005G159000 glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase, putative, expressed -
19 Sobic.004G174200 pre-mRNA-splicing factor ATP-dependent RNA helicase DHX16, putative, expressed K12813: pre-mRNA-splicing factor ATP-dependent RNA helicase DHX16
20 Sobic.010G239600 RNA polymerase I specific transcription initiation factor RRN3 family protein, putative, expressed K15216: RRN3, RNA polymerase I-specific transcription initiation factor RRN3


Gene co-expression network
sample Sobic005G110200 Sobic005G110200 Sobic005G110300 Sobic005G110300 Sobic005G110200--Sobic005G110300 Sobic002G134200 Sobic002G134200 Sobic005G110200--Sobic002G134200 Sobic007G116200 Sobic007G116200 Sobic005G110200--Sobic007G116200 Sobic008G185300 Sobic008G185300 Sobic005G110200--Sobic008G185300 Sobic005G090401 Sobic005G090401 Sobic005G110200--Sobic005G090401 Sobic006G182900 Sobic006G182900 Sobic005G110200--Sobic006G182900 Sobic003G280800 Sobic003G280800 Sobic005G110200--Sobic003G280800 Sobic005G032800 Sobic005G032800 Sobic005G110200--Sobic005G032800 Sobic006G032500 Sobic006G032500 Sobic005G110200--Sobic006G032500 Sobic005G110300--Sobic005G110200 Sobic002G008900 Sobic002G008900 Sobic005G110300--Sobic002G008900 Sobic004G174200 Sobic004G174200 Sobic005G110300--Sobic004G174200 Sobic005G110300--Sobic007G116200 Sobic002G169633 Sobic002G169633 Sobic005G110300--Sobic002G169633 Sobic004G010151 Sobic004G010151 Sobic005G110300--Sobic004G010151 Sobic005G110300--Sobic002G134200 Sobic010G239600 Sobic010G239600 Sobic005G110300--Sobic010G239600 Sobic005G110300--Sobic005G032800 Sobic001G071400 Sobic001G071400 Sobic002G134200--Sobic001G071400 Sobic002G309600 Sobic002G309600 Sobic002G134200--Sobic002G309600 Sobic002G134200--Sobic003G280800 Sobic006G216800 Sobic006G216800 Sobic002G134200--Sobic006G216800 Sobic002G133400 Sobic002G133400 Sobic002G134200--Sobic002G133400 Sobic008G047800 Sobic008G047800 Sobic002G134200--Sobic008G047800 Sobic005G008800 Sobic005G008800 Sobic002G134200--Sobic005G008800 Sobic009G191000 Sobic009G191000 Sobic002G134200--Sobic009G191000 Sobic002G134200--Sobic002G008900 Sobic007G116200--Sobic006G216800 Sobic010G010700 Sobic010G010700 Sobic007G116200--Sobic010G010700 Sobic007G116200--Sobic002G134200 Sobic007G116200--Sobic006G182900 Sobic004G359800 Sobic004G359800 Sobic007G116200--Sobic004G359800 Sobic010G139000 Sobic010G139000 Sobic007G116200--Sobic010G139000 Sobic010G256700 Sobic010G256700 Sobic007G116200--Sobic010G256700 Sobic004G209600 Sobic004G209600 Sobic007G116200--Sobic004G209600 Sobic007G116200--Sobic003G280800 Sobic008G185300--Sobic005G110200 Sobic008G185300--Sobic005G032800 Sobic004G263600 Sobic004G263600 Sobic008G185300--Sobic004G263600 Sobic008G185300--Sobic010G239600 Sobic008G185300--Sobic005G110300 Sobic002G409700 Sobic002G409700 Sobic008G185300--Sobic002G409700 Sobic008G185300--Sobic002G169633 Sobic005G209100 Sobic005G209100 Sobic008G185300--Sobic005G209100 Sobic009G221000 Sobic009G221000 Sobic008G185300--Sobic009G221000 Sobic004G007100 Sobic004G007100 Sobic005G090401--Sobic004G007100 Sobic005G090401--Sobic006G182900 Sobic006G048500 Sobic006G048500 Sobic005G090401--Sobic006G048500 Sobic006G048600 Sobic006G048600 Sobic005G090401--Sobic006G048600 Sobic002G173000 Sobic002G173000 Sobic005G090401--Sobic002G173000 Sobic002G243900 Sobic002G243900 Sobic005G090401--Sobic002G243900 Sobic005G090401--Sobic005G110200 Sobic007G161300 Sobic007G161300 Sobic005G090401--Sobic007G161300 Sobic005G090401--Sobic005G032800 Sobic003G429650 Sobic003G429650 Sobic006G182900--Sobic003G429650 Sobic006G182900--Sobic006G048500 Sobic007G161000 Sobic007G161000 Sobic006G182900--Sobic007G161000 Sobic001G365900 Sobic001G365900 Sobic006G182900--Sobic001G365900 Sobic006G182900--Sobic007G116200 Sobic004G096600 Sobic004G096600 Sobic006G182900--Sobic004G096600 Sobic006G182900--Sobic002G134200 Sobic001G214300 Sobic001G214300 Sobic006G182900--Sobic001G214300 Sobic009G209300 Sobic009G209300 Sobic006G182900--Sobic009G209300 Sobic003G280800--Sobic002G309600 Sobic003G280800--Sobic001G071400 Sobic003G280800--Sobic002G134200 Sobic006G209850 Sobic006G209850 Sobic003G280800--Sobic006G209850 Sobic003G119000 Sobic003G119000 Sobic003G280800--Sobic003G119000 Sobic001G474600 Sobic001G474600 Sobic003G280800--Sobic001G474600 Sobic007G117400 Sobic007G117400 Sobic003G280800--Sobic007G117400 Sobic003G280800--Sobic006G216800 Sobic003G372700 Sobic003G372700 Sobic003G280800--Sobic003G372700 Sobic005G032800--Sobic003G280800 Sobic005G032800--Sobic001G474600 Sobic005G032800--Sobic002G173000 Sobic006G021250 Sobic006G021250 Sobic005G032800--Sobic006G021250 Sobic005G032800--Sobic002G134200 Sobic005G032800--Sobic002G169633 Sobic001G498600 Sobic001G498600 Sobic005G032800--Sobic001G498600 Sobic010G112000 Sobic010G112000 Sobic005G032800--Sobic010G112000 Sobic001G292200 Sobic001G292200 Sobic005G032800--Sobic001G292200 Sobic002G180666 Sobic002G180666 Sobic006G032500--Sobic002G180666 Sobic006G032500--Sobic003G372700 Sobic003G148000 Sobic003G148000 Sobic006G032500--Sobic003G148000 Sobic003G059750 Sobic003G059750 Sobic006G032500--Sobic003G059750 Sobic002G145101 Sobic002G145101 Sobic006G032500--Sobic002G145101 Sobic006G032500--Sobic007G161300 Sobic005G112300 Sobic005G112300 Sobic006G032500--Sobic005G112300 Sobic006G032500--Sobic010G139000 Sobic008G084700 Sobic008G084700 Sobic006G032500--Sobic008G084700
Octagon: transcription factors


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