Gene annotation
Transcriptome id Sobic.008G185300.1
Synonym
Functional annotation PPR repeat domain containing protein, putative, expressed
UniProt A0A1B6PEH6
Pfam PF12854 PF01535 PF13041
Panther DB PTHR24015 PTHR24015:SF378
NCBI CDD -
KEGG Orthology -
Gene Ontology -


Orthologs (automatic annotation)
TAIR AT5G43820 : Pentatricopeptide repeat (PPR) superfamily protein
RAP-DB (Rice) LOC_Os02g20160.1 : PPR repeat domain containing protein, putative, expressed
MaizeGDB (Corn) Zm00025a025222
Brachypodium -
Barley -
Wheat TraesCS5A02G470800 , TraesCS5B02G483400
Populus -


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Expression pattern by RNA-Seq analysis
FPKM plot


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Top 20 genes with similar expressed profiles

Rank Gene Function KEGG orthology
1 Sobic.005G110200 - -
2 Sobic.005G032800 splicing factor, putative, expressed K13109: IK, RED, IK cytokine
3 Sobic.004G263600 - K03655: ATP-dependent DNA helicase RecG
4 Sobic.010G239600 RNA polymerase I specific transcription initiation factor RRN3 family protein, putative, expressed K15216: RRN3, RNA polymerase I-specific transcription initiation factor RRN3
5 Sobic.005G110300 - -
6 Sobic.002G409700 POLD1 - Putative DNA polymerase delta catalytic subunit, expressed K02350: REV3L, DNA polymerase zeta
7 Sobic.002G169633 - -
8 Sobic.005G209100 SCARECROW, putative, expressed -
9 Sobic.009G221000 NBS-LRR disease resistance protein, putative, expressed -
10 Sobic.001G072500 expressed protein K12879: THO complex subunit 2
11 Sobic.008G101000 powdery mildew resistance protein PM3b, putative, expressed -
12 Sobic.001G228800 - -
13 Sobic.005G028600 zinc finger, C3HC4 type domain containing protein, expressed -
14 Sobic.009G010600 retinoblastoma-related protein-like, putative, expressed K04681: retinoblastoma-like protein 1
15 Sobic.002G034100 D-alanine--D-alanine ligase family, putative, expressed -
16 Sobic.001G280900 expressed protein -
17 Sobic.007G193700 Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein, putative, expressed -
18 Sobic.005G090401 - -
19 Sobic.001G474600 calmodulin-binding transcription activator, putative, expressed -
20 Sobic.002G134200 WD domain, G-beta repeat domain containing protein, expressed K11293: HIRA, protein HIRA/HIR1


Gene co-expression network
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Octagon: transcription factors


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