Gene annotation
Transcriptome id Sobic.002G409700.2,Sobic.002G409700.3
Synonym Sb02g042330, ATREV3, REV3
Functional annotation POLD1 - Putative DNA polymerase delta catalytic subunit, expressed
UniProt A0A1W0W7R8 , A0A1W0W7Q9
Pfam PF14260 PF03104 PF00136
Panther DB PTHR10322 PTHR10322:SF5
NCBI CDD -
KEGG Orthology K02350; REV3L, DNA polymerase zeta
Gene Ontology GO:0008408; 3'-5' exonuclease activity GO:0003677DNA binding GO:0000166nucleotide binding GO:0016035zeta DNA polymerase complex GO:0006281DNA repair


Orthologs (automatic annotation)
TAIR AT1G67500 : recovery protein 3
RAP-DB (Rice) LOC_Os11g08330.1 : POLD1 - Putative DNA polymerase delta catalytic subunit, expressed
MaizeGDB (Corn) Zm00025a049089
Brachypodium PNT74599 , PNT74598 , PNT74597 , PNT74601 , PNT74600 , KQK14776 , KQK14777 , KQK14774 , KQK14775
Barley HORVU2Hr1G020260.61 , HORVU2Hr1G020260.60 , HORVU2Hr1G020260.63 , HORVU2Hr1G020260.62 , HORVU2Hr1G020260.65 , HORVU2Hr1G020260.64 , HORVU2Hr1G020260.67 , HORVU2Hr1G020260.66 , HORVU2Hr1G020260.69 , HORVU2Hr1G020260.68 , HORVU2Hr1G020260.10 , HORVU2Hr1G020260.11 , HORVU2Hr1G020260.12 , HORVU2Hr1G020260.13 , HORVU2Hr1G020260.14 , HORVU2Hr1G020260.15 , HORVU2Hr1G020260.16 , HORVU2Hr1G020260.17 , HORVU2Hr1G020260.18 , HORVU2Hr1G020260.19 , HORVU2Hr1G020260.25 , HORVU2Hr1G020260.24 , HORVU2Hr1G020260.27 , HORVU2Hr1G020260.26 , HORVU2Hr1G020260.21 , HORVU2Hr1G020260.20 , HORVU2Hr1G020260.23 , HORVU2Hr1G020260.22 , HORVU2Hr1G020260.29 , HORVU2Hr1G020260.28 , HORVU2Hr1G020260.38 , HORVU2Hr1G020260.39 , HORVU2Hr1G020260.32 , HORVU2Hr1G020260.33 , HORVU2Hr1G020260.30 , HORVU2Hr1G020260.31 , HORVU2Hr1G020260.36 , HORVU2Hr1G020260.37 , HORVU2Hr1G020260.34 , HORVU2Hr1G020260.35 , HORVU2Hr1G020260.2 , HORVU2Hr1G020260.3 , HORVU2Hr1G020260.1 , HORVU2Hr1G020260.6 , HORVU2Hr1G020260.7 , HORVU2Hr1G020260.4 , HORVU2Hr1G020260.5 , HORVU2Hr1G020260.8 , HORVU2Hr1G020260.9 , HORVU2Hr1G020260.49 , HORVU2Hr1G020260.48 , HORVU2Hr1G020260.47 , HORVU2Hr1G020260.46 , HORVU2Hr1G020260.45 , HORVU2Hr1G020260.44 , HORVU2Hr1G020260.43 , HORVU2Hr1G020260.42 , HORVU2Hr1G020260.41 , HORVU2Hr1G020260.40 , HORVU2Hr1G020260.58 , HORVU2Hr1G020260.59 , HORVU2Hr1G020260.55 , HORVU2Hr1G020260.56 , HORVU2Hr1G020260.57 , HORVU2Hr1G020260.50 , HORVU2Hr1G020260.51 , HORVU2Hr1G020260.52 , HORVU2Hr1G020260.53
Wheat TraesCS2D02G117800 , TraesCS2A02G117400 , TraesCS2A02G117400 , TraesCS2A02G117400 , TraesCS2A02G117400 , TraesCS2A02G117400 , TraesCS2D02G117800 , TraesCS2D02G117800 , TraesCS2D02G117800 , TraesCS2B02G137400 , TraesCS2B02G137400 , TraesCS2B02G137400 , TraesCS2B02G137400 , TraesCS2B02G137400 , TraesCS2B02G137400 , TraesCS2B02G137400 , TraesCS2B02G137400 , TraesCS2B02G137400 , TraesCS2B02G137400
Populus -


JBrowse

Open New Page


Expression pattern by RNA-Seq analysis
FPKM plot


Find similar expressed genes
Top 20 genes with similar expressed profiles

Rank Gene Function KEGG orthology
1 Sobic.008G185300 PPR repeat domain containing protein, putative, expressed -
2 Sobic.005G028600 zinc finger, C3HC4 type domain containing protein, expressed -
3 Sobic.004G263600 - K03655: ATP-dependent DNA helicase RecG
4 Sobic.005G110200 - -
5 Sobic.001G280900 expressed protein -
6 Sobic.003G252200 DDT, putative, expressed -
7 Sobic.007G099000 - -
8 Sobic.005G090401 - -
9 Sobic.007G020500 expressed protein K15198: BDP1, transcription factor TFIIIB component B''
10 Sobic.002G169633 - -
11 Sobic.001G228800 - -
12 Sobic.009G221000 NBS-LRR disease resistance protein, putative, expressed -
13 Sobic.008G101000 powdery mildew resistance protein PM3b, putative, expressed -
14 Sobic.010G002100 expressed protein K15164: mediator of RNA polymerase II transcription subunit 13
15 Sobic.001G072500 expressed protein K12879: THO complex subunit 2
16 Sobic.004G359800 inositol-1-monophosphatase, putative, expressed -
17 Sobic.003G280800 RNA recognition motif family protein, expressed K13094: RNA-binding protein 5/10
18 Sobic.003G401600 expressed protein K12879: THO complex subunit 2
19 Sobic.002G161900 NBS-LRR disease resistance protein, putative, expressed -
20 Sobic.004G314000 expressed protein -


Gene co-expression network
sample Sobic002G409700 Sobic002G409700 Sobic008G185300 Sobic008G185300 Sobic002G409700--Sobic008G185300 Sobic005G028600 Sobic005G028600 Sobic002G409700--Sobic005G028600 Sobic004G263600 Sobic004G263600 Sobic002G409700--Sobic004G263600 Sobic005G110200 Sobic005G110200 Sobic002G409700--Sobic005G110200 Sobic001G280900 Sobic001G280900 Sobic002G409700--Sobic001G280900 Sobic003G252200 Sobic003G252200 Sobic002G409700--Sobic003G252200 Sobic007G099000 Sobic007G099000 Sobic002G409700--Sobic007G099000 Sobic005G090401 Sobic005G090401 Sobic002G409700--Sobic005G090401 Sobic007G020500 Sobic007G020500 Sobic002G409700--Sobic007G020500 Sobic008G185300--Sobic005G110200 Sobic005G032800 Sobic005G032800 Sobic008G185300--Sobic005G032800 Sobic008G185300--Sobic004G263600 Sobic010G239600 Sobic010G239600 Sobic008G185300--Sobic010G239600 Sobic005G110300 Sobic005G110300 Sobic008G185300--Sobic005G110300 Sobic008G185300--Sobic002G409700 Sobic002G169633 Sobic002G169633 Sobic008G185300--Sobic002G169633 Sobic005G209100 Sobic005G209100 Sobic008G185300--Sobic005G209100 Sobic009G221000 Sobic009G221000 Sobic008G185300--Sobic009G221000 Sobic001G058700 Sobic001G058700 Sobic005G028600--Sobic001G058700 Sobic003G247300 Sobic003G247300 Sobic005G028600--Sobic003G247300 Sobic002G397500 Sobic002G397500 Sobic005G028600--Sobic002G397500 Sobic001G299700 Sobic001G299700 Sobic005G028600--Sobic001G299700 Sobic003G408600 Sobic003G408600 Sobic005G028600--Sobic003G408600 Sobic005G001000 Sobic005G001000 Sobic005G028600--Sobic005G001000 Sobic005G028600--Sobic001G280900 Sobic007G062800 Sobic007G062800 Sobic005G028600--Sobic007G062800 Sobic005G008800 Sobic005G008800 Sobic005G028600--Sobic005G008800 Sobic007G193700 Sobic007G193700 Sobic004G263600--Sobic007G193700 Sobic004G174200 Sobic004G174200 Sobic004G263600--Sobic004G174200 Sobic001G194200 Sobic001G194200 Sobic004G263600--Sobic001G194200 Sobic006G055200 Sobic006G055200 Sobic004G263600--Sobic006G055200 Sobic004G291900 Sobic004G291900 Sobic004G263600--Sobic004G291900 Sobic004G263600--Sobic005G001000 Sobic008G001200 Sobic008G001200 Sobic004G263600--Sobic008G001200 Sobic001G072500 Sobic001G072500 Sobic004G263600--Sobic001G072500 Sobic004G023000 Sobic004G023000 Sobic004G263600--Sobic004G023000 Sobic005G110200--Sobic005G110300 Sobic002G134200 Sobic002G134200 Sobic005G110200--Sobic002G134200 Sobic007G116200 Sobic007G116200 Sobic005G110200--Sobic007G116200 Sobic005G110200--Sobic008G185300 Sobic005G110200--Sobic005G090401 Sobic006G182900 Sobic006G182900 Sobic005G110200--Sobic006G182900 Sobic003G280800 Sobic003G280800 Sobic005G110200--Sobic003G280800 Sobic005G110200--Sobic005G032800 Sobic006G032500 Sobic006G032500 Sobic005G110200--Sobic006G032500 Sobic001G540400 Sobic001G540400 Sobic001G280900--Sobic001G540400 Sobic005G112300 Sobic005G112300 Sobic001G280900--Sobic005G112300 Sobic001G280900--Sobic002G397500 Sobic001G280900--Sobic003G408600 Sobic009G109200 Sobic009G109200 Sobic001G280900--Sobic009G109200 Sobic001G280900--Sobic005G008800 Sobic001G280900--Sobic007G062800 Sobic001G280900--Sobic001G058700 Sobic001G050600 Sobic001G050600 Sobic001G280900--Sobic001G050600 Sobic003G252200--Sobic003G280800 Sobic002G309600 Sobic002G309600 Sobic003G252200--Sobic002G309600 Sobic003G252200--Sobic002G134200 Sobic001G474600 Sobic001G474600 Sobic003G252200--Sobic001G474600 Sobic005G079025 Sobic005G079025 Sobic003G252200--Sobic005G079025 Sobic001G071400 Sobic001G071400 Sobic003G252200--Sobic001G071400 Sobic001G287201 Sobic001G287201 Sobic003G252200--Sobic001G287201 Sobic006G021250 Sobic006G021250 Sobic003G252200--Sobic006G021250 Sobic002G173000 Sobic002G173000 Sobic003G252200--Sobic002G173000 Sobic003G106200 Sobic003G106200 Sobic007G099000--Sobic003G106200 Sobic004G359800 Sobic004G359800 Sobic007G099000--Sobic004G359800 Sobic002G161900 Sobic002G161900 Sobic007G099000--Sobic002G161900 Sobic008G082100 Sobic008G082100 Sobic007G099000--Sobic008G082100 Sobic007G099000--Sobic001G072500 Sobic007G099000--Sobic003G252200 Sobic008G011100 Sobic008G011100 Sobic007G099000--Sobic008G011100 Sobic007G099000--Sobic003G280800 Sobic007G099000--Sobic002G169633 Sobic004G007100 Sobic004G007100 Sobic005G090401--Sobic004G007100 Sobic005G090401--Sobic006G182900 Sobic006G048500 Sobic006G048500 Sobic005G090401--Sobic006G048500 Sobic006G048600 Sobic006G048600 Sobic005G090401--Sobic006G048600 Sobic005G090401--Sobic002G173000 Sobic002G243900 Sobic002G243900 Sobic005G090401--Sobic002G243900 Sobic005G090401--Sobic005G110200 Sobic007G161300 Sobic007G161300 Sobic005G090401--Sobic007G161300 Sobic005G090401--Sobic005G032800 Sobic007G020500--Sobic002G169633 Sobic007G202900 Sobic007G202900 Sobic007G020500--Sobic007G202900 Sobic007G020500--Sobic001G072500 Sobic007G020500--Sobic002G173000 Sobic004G314000 Sobic004G314000 Sobic007G020500--Sobic004G314000 Sobic007G020500--Sobic002G161900 Sobic007G020500--Sobic003G280800 Sobic007G020500--Sobic004G359800 Sobic010G139000 Sobic010G139000 Sobic007G020500--Sobic010G139000
Octagon: transcription factors


© 2015- RIKEN, All rights reserved.