Gene annotation
Transcriptome id Sobic.004G262800.1
Synonym Sb04g030110
Functional annotation SAG (Senescence-associated gene): up-regulated gene during salt-induced senescence. (PubMedID : 27586543)
class E vacuolar protein-sorting machinery protein HSE1, putative, expressed
UniProt C5XZY1
Pfam -
Panther DB PTHR22814 PTHR22814:SF154
NCBI CDD -
KEGG Orthology -
Gene Ontology -


Orthologs (automatic annotation)
TAIR -
RAP-DB (Rice) LOC_Os02g48170.1 : class E vacuolar protein-sorting machinery protein HSE1, putative, expressed
MaizeGDB (Corn) Zm00025a032501 , Zm00025a031648
Brachypodium KQK18448 , KQK00994
Barley HORVU6Hr1G069920.18 , HORVU6Hr1G069920.15 , HORVU7Hr1G046760.2 , HORVU7Hr1G046760.3 , HORVU7Hr1G046760.1
Wheat TraesCS6A02G277300 , TraesCS6D02G257900 , TraesCS6B02G305300
Populus -


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Expression pattern by RNA-Seq analysis
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Rank Gene Function KEGG orthology
1 Sobic.006G209700 CAX-interacting protein 4, putative, expressed -
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11 Sobic.004G098100 expressed protein -
12 Sobic.004G157700 hydroxyproline-rich glycoprotein family protein, putative, expressed -
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14 Sobic.001G278400 expressed protein -
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16 Sobic.004G150300 - -
17 Sobic.003G085533 - -
18 Sobic.005G060400 - -
19 Sobic.003G172300 photosystem II P680 chlorophyll A apoprotein, putative, expressed K02704: photosystem II CP47 chlorophyll apoprotein
20 Sobic.008G132550 - -


Gene co-expression network
sample Sobic004G262800 Sobic004G262800 Sobic006G209700 Sobic006G209700 Sobic004G262800--Sobic006G209700 Sobic003G097000 Sobic003G097000 Sobic004G262800--Sobic003G097000 Sobic009G223400 Sobic009G223400 Sobic004G262800--Sobic009G223400 Sobic001G243800 Sobic001G243800 Sobic004G262800--Sobic001G243800 Sobic001G276500 Sobic001G276500 Sobic004G262800--Sobic001G276500 Sobic004G303500 Sobic004G303500 Sobic004G262800--Sobic004G303500 Sobic003G358100 Sobic003G358100 Sobic004G262800--Sobic003G358100 Sobic004G163100 Sobic004G163100 Sobic004G262800--Sobic004G163100 Sobic003G296000 Sobic003G296000 Sobic004G262800--Sobic003G296000 Sobic003G023450 Sobic003G023450 Sobic006G209700--Sobic003G023450 Sobic005G019250 Sobic005G019250 Sobic006G209700--Sobic005G019250 Sobic001G202450 Sobic001G202450 Sobic006G209700--Sobic001G202450 Sobic001G497400 Sobic001G497400 Sobic006G209700--Sobic001G497400 Sobic005G045250 Sobic005G045250 Sobic006G209700--Sobic005G045250 Sobic009G077000 Sobic009G077000 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Octagon: transcription factors


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