Gene annotation
Transcriptome id Sobic.005G133800.1
Synonym NEF1
Functional annotation NEF1, putative, expressed
UniProt C5Y3B8
Pfam -
Panther DB PTHR35313 PTHR35313:SF1
NCBI CDD -
KEGG Orthology -
Gene Ontology -


Orthologs (automatic annotation)
TAIR AT5G13390 : no exine formation 1
RAP-DB (Rice) LOC_Os11g32470.1 : NEF1, putative, expressed
MaizeGDB (Corn) Zm00025a015683
Brachypodium PNT63557 , KQJ88366 , PNT63558 , KQJ88367
Barley HORVU5Hr1G007320.3 , HORVU5Hr1G007320.2 , HORVU5Hr1G007320.1 , HORVU5Hr1G007320.4
Wheat -
Populus -


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cDNA sequences
Sobic.005G133800


Expression pattern by RNA-Seq analysis
FPKM plot


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Top 20 genes with similar expressed profiles

Rank Gene Function KEGG orthology
1 Sobic.006G166200 Alg9-like mannosyltransferase protein, putative, expressed K03847: alpha-1,6-mannosyltransferase
2 Sobic.004G053500 HEAT repeat family protein, putative, expressed K17263: CAND1, cullin-associated NEDD8-dissociated protein 1
3 Sobic.002G430300 HEAT repeat family protein, putative, expressed K06100: symplekin
4 Sobic.006G224800 expressed protein -
5 Sobic.005G110499 - K14006: protein transport protein SEC23
6 Sobic.003G405500 mannosyl-oligosaccharide glucosidase, putative, expressed K01228: mannosyl-oligosaccharide glucosidase
7 Sobic.004G256500 WD domain, G-beta repeat domain containing protein, expressed K12616: enhancer of mRNA-decapping protein 4
8 Sobic.003G062300 NF-X1-type zinc finger protein, putative, expressed K15683: NFXL1, NF-X1-type zinc finger protein NFXL1
9 Sobic.001G058200 PPR repeat domain containing protein, putative, expressed -
10 Sobic.005G115500 bifunctional dihydrofolate reductase-thymidylate synthase, putative, expressed K13998: dihydrofolate reductase / thymidylate synthase
11 Sobic.001G103300 calcium-transporting ATPase 3, endoplasmic reticulum-type, putative, expressed K05853: P-type Ca2+ transporter type 2A
12 Sobic.001G474400 conserved oligomeric Golgi complex component 8, putative, expressed -
13 Sobic.002G164200 PFT1, putative, expressed K15168: mediator of RNA polymerase II transcription subunit 25
14 Sobic.009G234700 protein of unknown function DUF1296 domain containing protein, expressed -
15 Sobic.005G106200 expressed protein K10290: F-box protein 3
16 Sobic.008G082500 alanyl-tRNA synthetase, putative, expressed K01872: AARS, alanyl-tRNA synthetase
17 Sobic.003G397900 dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase 63 kDasubunit precursor, putative, expressed K12667: SWP1, oligosaccharyltransferase complex subunit delta (ribophorin II)
18 Sobic.002G335600 eukaryotic translation initiation factor 4G, putative, expressed K03260: translation initiation factor 4G
19 Sobic.005G114800 protein transport protein, putative, expressed K14007: protein transport protein SEC24
20 Sobic.010G000800 PHD-finger domain containing protein, expressed -


Gene co-expression network
sample Sobic005G133800 Sobic005G133800 Sobic006G166200 Sobic006G166200 Sobic005G133800--Sobic006G166200 Sobic004G053500 Sobic004G053500 Sobic005G133800--Sobic004G053500 Sobic002G430300 Sobic002G430300 Sobic005G133800--Sobic002G430300 Sobic006G224800 Sobic006G224800 Sobic005G133800--Sobic006G224800 Sobic005G110499 Sobic005G110499 Sobic005G133800--Sobic005G110499 Sobic003G405500 Sobic003G405500 Sobic005G133800--Sobic003G405500 Sobic004G256500 Sobic004G256500 Sobic005G133800--Sobic004G256500 Sobic003G062300 Sobic003G062300 Sobic005G133800--Sobic003G062300 Sobic001G058200 Sobic001G058200 Sobic005G133800--Sobic001G058200 Sobic006G166200--Sobic005G133800 Sobic006G166200--Sobic004G053500 Sobic008G124800 Sobic008G124800 Sobic006G166200--Sobic008G124800 Sobic006G166200--Sobic003G405500 Sobic006G166200--Sobic006G224800 Sobic001G145400 Sobic001G145400 Sobic006G166200--Sobic001G145400 Sobic010G059500 Sobic010G059500 Sobic006G166200--Sobic010G059500 Sobic002G235200 Sobic002G235200 Sobic006G166200--Sobic002G235200 Sobic009G201700 Sobic009G201700 Sobic006G166200--Sobic009G201700 Sobic002G401500 Sobic002G401500 Sobic004G053500--Sobic002G401500 Sobic002G179400 Sobic002G179400 Sobic004G053500--Sobic002G179400 Sobic002G335600 Sobic002G335600 Sobic004G053500--Sobic002G335600 Sobic004G053500--Sobic006G166200 Sobic006G032300 Sobic006G032300 Sobic004G053500--Sobic006G032300 Sobic004G053500--Sobic005G133800 Sobic002G340900 Sobic002G340900 Sobic004G053500--Sobic002G340900 Sobic003G296900 Sobic003G296900 Sobic004G053500--Sobic003G296900 Sobic005G162500 Sobic005G162500 Sobic004G053500--Sobic005G162500 Sobic004G141800 Sobic004G141800 Sobic002G430300--Sobic004G141800 Sobic001G393700 Sobic001G393700 Sobic002G430300--Sobic001G393700 Sobic002G430300--Sobic003G405500 Sobic003G152400 Sobic003G152400 Sobic002G430300--Sobic003G152400 Sobic002G430300--Sobic001G145400 Sobic002G430300--Sobic005G133800 Sobic001G087600 Sobic001G087600 Sobic002G430300--Sobic001G087600 Sobic002G430300--Sobic006G224800 Sobic002G145800 Sobic002G145800 Sobic002G430300--Sobic002G145800 Sobic006G224800--Sobic003G062300 Sobic003G416700 Sobic003G416700 Sobic006G224800--Sobic003G416700 Sobic006G224800--Sobic006G166200 Sobic003G189600 Sobic003G189600 Sobic006G224800--Sobic003G189600 Sobic006G224800--Sobic004G053500 Sobic009G249700 Sobic009G249700 Sobic006G224800--Sobic009G249700 Sobic004G051200 Sobic004G051200 Sobic006G224800--Sobic004G051200 Sobic002G295500 Sobic002G295500 Sobic006G224800--Sobic002G295500 Sobic006G224800--Sobic002G430300 Sobic005G110499--Sobic003G189600 Sobic001G474400 Sobic001G474400 Sobic005G110499--Sobic001G474400 Sobic001G308400 Sobic001G308400 Sobic005G110499--Sobic001G308400 Sobic003G394200 Sobic003G394200 Sobic005G110499--Sobic003G394200 Sobic005G110499--Sobic004G053500 Sobic005G110499--Sobic002G401500 Sobic006G021700 Sobic006G021700 Sobic005G110499--Sobic006G021700 Sobic002G371700 Sobic002G371700 Sobic005G110499--Sobic002G371700 Sobic003G209200 Sobic003G209200 Sobic005G110499--Sobic003G209200 Sobic003G405500--Sobic001G145400 Sobic003G405500--Sobic008G124800 Sobic003G405500--Sobic002G430300 Sobic009G084900 Sobic009G084900 Sobic003G405500--Sobic009G084900 Sobic003G405500--Sobic006G166200 Sobic003G405500--Sobic004G141800 Sobic006G077200 Sobic006G077200 Sobic003G405500--Sobic006G077200 Sobic003G405500--Sobic010G059500 Sobic003G314700 Sobic003G314700 Sobic003G405500--Sobic003G314700 Sobic004G131300 Sobic004G131300 Sobic004G256500--Sobic004G131300 Sobic009G234700 Sobic009G234700 Sobic004G256500--Sobic009G234700 Sobic004G256500--Sobic001G145400 Sobic002G133300 Sobic002G133300 Sobic004G256500--Sobic002G133300 Sobic002G142900 Sobic002G142900 Sobic004G256500--Sobic002G142900 Sobic004G256500--Sobic004G053500 Sobic004G256500--Sobic002G371700 Sobic001G287500 Sobic001G287500 Sobic004G256500--Sobic001G287500 Sobic004G256500--Sobic001G087600 Sobic003G062300--Sobic006G224800 Sobic004G309900 Sobic004G309900 Sobic003G062300--Sobic004G309900 Sobic003G062300--Sobic002G145800 Sobic003G062300--Sobic003G416700 Sobic005G220000 Sobic005G220000 Sobic003G062300--Sobic005G220000 Sobic001G051700 Sobic001G051700 Sobic003G062300--Sobic001G051700 Sobic002G164200 Sobic002G164200 Sobic003G062300--Sobic002G164200 Sobic003G214600 Sobic003G214600 Sobic003G062300--Sobic003G214600 Sobic007G183300 Sobic007G183300 Sobic003G062300--Sobic007G183300 Sobic001G151100 Sobic001G151100 Sobic001G058200--Sobic001G151100 Sobic001G058200--Sobic005G162500 Sobic001G542400 Sobic001G542400 Sobic001G058200--Sobic001G542400 Sobic001G058200--Sobic002G133300 Sobic008G082500 Sobic008G082500 Sobic001G058200--Sobic008G082500 Sobic001G058200--Sobic004G131300 Sobic004G248600 Sobic004G248600 Sobic001G058200--Sobic004G248600 Sobic001G058200--Sobic003G214600 Sobic001G058200--Sobic001G087600
Octagon: transcription factors


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