Gene annotation
Transcriptome id Sobic.006G066900.1
Synonym
Functional annotation Ser/Thr protein phosphatase family protein, putative, expressed
UniProt A0A1Z5RCL5
Pfam -
Panther DB -
NCBI CDD -
KEGG Orthology -
Gene Ontology -


Orthologs (automatic annotation)
TAIR AT3G09970 : Calcineurin-like metallo-phosphoesterase superfamily protein
RAP-DB (Rice) LOC_Os04g33470.2 : Ser/Thr protein phosphatase family protein, putative, expressed
MaizeGDB (Corn) Zm00025a055990
Brachypodium KQJ82481
Barley HORVU2Hr1G072530.1 , HORVU2Hr1G072530.2
Wheat TraesCS2A02G293300 , TraesCS2D02G290900 , TraesCS2D02G290900 , TraesCS2B02G309600
Populus -


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Expression pattern by RNA-Seq analysis
FPKM plot


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Top 20 genes with similar expressed profiles

Rank Gene Function KEGG orthology
1 Sobic.003G294300 S4 domain containing protein, putative, expressed -
2 Sobic.001G431400 40S ribosomal protein S3a, putative, expressed K02984: RP-S3Ae, small subunit ribosomal protein S3Ae
3 Sobic.001G313900 rhoGAP domain containing protein, expressed -
4 Sobic.001G178300 DNA-binding protein, putative, expressed -
5 Sobic.009G127700 ribosomal protein L7Ae, putative, expressed K02951: RP-S12e, small subunit ribosomal protein S12e
6 Sobic.007G223000 hypothetical protein -
7 Sobic.006G223400 - -
8 Sobic.006G269800 TFIIH basal transcription factor complex p52 subunit, putative, expressed K03144: TFIIH4, GTF2H4, transcription initiation factor TFIIH subunit 4
9 Sobic.007G203000 RNA pseudouridine synthase, putative, expressed -
10 Sobic.007G102700 - -
11 Sobic.003G175100 OsWAK90 - OsWAK receptor-like protein kinase, expressed -
12 Sobic.009G176366 - -
13 Sobic.003G303600 ABIL3, putative, expressed -
14 Sobic.002G052700 cyclophilin, putative, expressed K09566: peptidyl-prolyl isomerase G (cyclophilin G)
15 Sobic.001G501800 ZOS1-20 - C2H2 zinc finger protein, expressed -
16 Sobic.010G015900 transcriptional corepressor SEUSS, putative, expressed -
17 Sobic.006G118300 vacuolar sorting protein 9 domain-containing protein, putative, expressed -
18 Sobic.002G020400 PDV2, putative, expressed -
19 Sobic.004G243600 AAA-type ATPase family protein, putative, expressed -
20 Sobic.008G002300 ATSIZ1/SIZ1, putative, expressed -


Gene co-expression network
sample Sobic006G066900 Sobic006G066900 Sobic003G294300 Sobic003G294300 Sobic006G066900--Sobic003G294300 Sobic001G431400 Sobic001G431400 Sobic006G066900--Sobic001G431400 Sobic001G313900 Sobic001G313900 Sobic006G066900--Sobic001G313900 Sobic001G178300 Sobic001G178300 Sobic006G066900--Sobic001G178300 Sobic009G127700 Sobic009G127700 Sobic006G066900--Sobic009G127700 Sobic007G223000 Sobic007G223000 Sobic006G066900--Sobic007G223000 Sobic006G223400 Sobic006G223400 Sobic006G066900--Sobic006G223400 Sobic006G269800 Sobic006G269800 Sobic006G066900--Sobic006G269800 Sobic007G203000 Sobic007G203000 Sobic006G066900--Sobic007G203000 Sobic002G211800 Sobic002G211800 Sobic003G294300--Sobic002G211800 Sobic002G344000 Sobic002G344000 Sobic003G294300--Sobic002G344000 Sobic003G222900 Sobic003G222900 Sobic003G294300--Sobic003G222900 Sobic001G455600 Sobic001G455600 Sobic003G294300--Sobic001G455600 Sobic006G050700 Sobic006G050700 Sobic003G294300--Sobic006G050700 Sobic003G170900 Sobic003G170900 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Octagon: transcription factors


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