Gene annotation
Transcriptome id Sobic.001G263600.1
Synonym Sb01g025350, UBP9
Functional annotation ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 5, putative, expressed
UniProt C5WND1
Pfam PF06337 PF13423
Panther DB PTHR24006 PTHR24006:SF526
NCBI CDD -
KEGG Orthology K11835; USP4_11, ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 4/11
Gene Ontology GO:0004843; thiol-dependent ubiquitin-specific protease activity


Orthologs (automatic annotation)
TAIR AT4G10570 : ubiquitin-specific protease 9
RAP-DB (Rice) LOC_Os10g07270.1 : ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 5, putative, expressed
MaizeGDB (Corn) Zm00025a003834
Brachypodium KQJ96072
Barley HORVU1Hr1G033800.4 , HORVU1Hr1G033800.1 , HORVU1Hr1G033800.3 , HORVU1Hr1G033800.2
Wheat TraesCS1D02G132600 , TraesCS1D02G132600 , TraesCS1D02G132600 , TraesCS1B02G149400 , TraesCS1B02G149400 , TraesCS1A02G137800 , TraesCS1A02G137800 , TraesCS1A02G137800
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cDNA sequences
Sobic.001G263600


Expression pattern by RNA-Seq analysis
FPKM plot


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Rank Gene Function KEGG orthology
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6 Sobic.002G042600 ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase, putative, expressed K11838: USP7, ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 7
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15 Sobic.005G162500 ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase, putative, expressed K11838: USP7, ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 7
16 Sobic.009G044800 cullin, putative, expressed K03347: CUL1, cullin 1
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18 Sobic.003G093800 - K03254: translation initiation factor 3 subunit A
19 Sobic.008G099800 expressed protein -
20 Sobic.005G034700 PHD-finger family protein, expressed -


Gene co-expression network
sample Sobic001G263600 Sobic001G263600 Sobic008G088872 Sobic008G088872 Sobic001G263600--Sobic008G088872 Sobic002G429300 Sobic002G429300 Sobic001G263600--Sobic002G429300 Sobic002G142900 Sobic002G142900 Sobic001G263600--Sobic002G142900 Sobic005G062200 Sobic005G062200 Sobic001G263600--Sobic005G062200 Sobic008G098900 Sobic008G098900 Sobic001G263600--Sobic008G098900 Sobic002G042600 Sobic002G042600 Sobic001G263600--Sobic002G042600 Sobic001G273700 Sobic001G273700 Sobic001G263600--Sobic001G273700 Sobic003G072200 Sobic003G072200 Sobic001G263600--Sobic003G072200 Sobic009G131300 Sobic009G131300 Sobic001G263600--Sobic009G131300 Sobic005G162500 Sobic005G162500 Sobic008G088872--Sobic005G162500 Sobic001G370900 Sobic001G370900 Sobic008G088872--Sobic001G370900 Sobic008G088872--Sobic009G131300 Sobic006G184900 Sobic006G184900 Sobic008G088872--Sobic006G184900 Sobic008G088872--Sobic005G062200 Sobic008G088872--Sobic001G263600 Sobic008G088872--Sobic002G042600 Sobic008G088872--Sobic002G429300 Sobic002G335600 Sobic002G335600 Sobic008G088872--Sobic002G335600 Sobic002G429300--Sobic009G131300 Sobic002G429300--Sobic005G162500 Sobic002G429300--Sobic006G184900 Sobic002G429300--Sobic001G263600 Sobic002G429300--Sobic002G042600 Sobic002G429300--Sobic008G098900 Sobic001G493700 Sobic001G493700 Sobic002G429300--Sobic001G493700 Sobic002G429300--Sobic002G335600 Sobic002G429300--Sobic008G088872 Sobic004G131300 Sobic004G131300 Sobic002G142900--Sobic004G131300 Sobic002G142900--Sobic001G263600 Sobic002G133300 Sobic002G133300 Sobic002G142900--Sobic002G133300 Sobic003G195000 Sobic003G195000 Sobic002G142900--Sobic003G195000 Sobic007G054800 Sobic007G054800 Sobic002G142900--Sobic007G054800 Sobic002G142900--Sobic005G162500 Sobic003G104000 Sobic003G104000 Sobic002G142900--Sobic003G104000 Sobic002G256700 Sobic002G256700 Sobic002G142900--Sobic002G256700 Sobic002G142900--Sobic002G335600 Sobic005G062200--Sobic008G088872 Sobic005G062200--Sobic001G263600 Sobic002G401500 Sobic002G401500 Sobic005G062200--Sobic002G401500 Sobic005G062200--Sobic006G184900 Sobic005G062200--Sobic002G042600 Sobic003G209200 Sobic003G209200 Sobic005G062200--Sobic003G209200 Sobic003G114400 Sobic003G114400 Sobic005G062200--Sobic003G114400 Sobic001G065100 Sobic001G065100 Sobic005G062200--Sobic001G065100 Sobic005G062200--Sobic002G335600 Sobic008G098900--Sobic001G370900 Sobic008G085300 Sobic008G085300 Sobic008G098900--Sobic008G085300 Sobic001G117200 Sobic001G117200 Sobic008G098900--Sobic001G117200 Sobic003G205200 Sobic003G205200 Sobic008G098900--Sobic003G205200 Sobic005G001000 Sobic005G001000 Sobic008G098900--Sobic005G001000 Sobic008G098900--Sobic003G072200 Sobic008G098900--Sobic005G162500 Sobic008G098900--Sobic002G042600 Sobic004G276400 Sobic004G276400 Sobic008G098900--Sobic004G276400 Sobic002G042600--Sobic001G065100 Sobic002G042600--Sobic006G184900 Sobic002G042600--Sobic008G098900 Sobic002G042600--Sobic002G401500 Sobic002G179400 Sobic002G179400 Sobic002G042600--Sobic002G179400 Sobic004G322400 Sobic004G322400 Sobic002G042600--Sobic004G322400 Sobic002G042600--Sobic002G429300 Sobic002G042600--Sobic008G088872 Sobic002G042600--Sobic001G370900 Sobic007G172200 Sobic007G172200 Sobic001G273700--Sobic007G172200 Sobic001G273700--Sobic001G263600 Sobic008G099800 Sobic008G099800 Sobic001G273700--Sobic008G099800 Sobic001G347500 Sobic001G347500 Sobic001G273700--Sobic001G347500 Sobic007G133700 Sobic007G133700 Sobic001G273700--Sobic007G133700 Sobic007G163100 Sobic007G163100 Sobic001G273700--Sobic007G163100 Sobic001G457900 Sobic001G457900 Sobic001G273700--Sobic001G457900 Sobic001G313700 Sobic001G313700 Sobic001G273700--Sobic001G313700 Sobic001G273700--Sobic002G042600 Sobic002G397500 Sobic002G397500 Sobic003G072200--Sobic002G397500 Sobic007G098500 Sobic007G098500 Sobic003G072200--Sobic007G098500 Sobic007G062800 Sobic007G062800 Sobic003G072200--Sobic007G062800 Sobic003G233400 Sobic003G233400 Sobic003G072200--Sobic003G233400 Sobic009G084900 Sobic009G084900 Sobic003G072200--Sobic009G084900 Sobic003G072200--Sobic008G098900 Sobic005G112300 Sobic005G112300 Sobic003G072200--Sobic005G112300 Sobic003G072200--Sobic001G347500 Sobic003G072200--Sobic002G133300 Sobic009G131300--Sobic002G429300 Sobic009G131300--Sobic002G401500 Sobic009G131300--Sobic005G162500 Sobic009G131300--Sobic008G088872 Sobic010G059500 Sobic010G059500 Sobic009G131300--Sobic010G059500 Sobic009G131300--Sobic008G098900 Sobic009G131300--Sobic006G184900 Sobic009G131300--Sobic001G493700 Sobic009G131300--Sobic009G084900
Octagon: transcription factors


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