Gene annotation
Transcriptome id Sobic.002G001400.1
Synonym Sb02g000310
Functional annotation pentatricopeptide containing protein, putative, expressed
UniProt A0A1B6Q8J8
Pfam PF01535 PF13041
Panther DB PTHR24015 PTHR24015:SF14
NCBI CDD -
KEGG Orthology -
Gene Ontology -


Orthologs (automatic annotation)
TAIR AT1G74580 : Pentatricopeptide repeat (PPR) superfamily protein
RAP-DB (Rice) LOC_Os07g01130.1 : pentatricopeptide containing protein, putative, expressed
MaizeGDB (Corn) Zm00025a016271
Brachypodium PNT77235
Barley HORVU2Hr1G064950.8 , HORVU2Hr1G064950.4 , HORVU2Hr1G064950.5 , HORVU2Hr1G064950.6 , HORVU2Hr1G064950.7 , HORVU2Hr1G064950.1 , HORVU2Hr1G064950.2 , HORVU2Hr1G064950.3 , HORVU2Hr1G064950.21 , HORVU2Hr1G064950.20 , HORVU2Hr1G064950.29 , HORVU2Hr1G064950.28 , HORVU2Hr1G064950.27 , HORVU2Hr1G064950.26 , HORVU2Hr1G064950.25 , HORVU2Hr1G064950.24 , HORVU2Hr1G064950.23 , HORVU2Hr1G064950.22 , HORVU2Hr1G064950.16 , HORVU2Hr1G064950.17 , HORVU2Hr1G064950.14 , HORVU2Hr1G064950.15 , HORVU2Hr1G064950.13 , HORVU2Hr1G064950.11 , HORVU2Hr1G064950.18 , HORVU2Hr1G064950.19
Wheat -
Populus -


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Expression pattern by RNA-Seq analysis
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Rank Gene Function KEGG orthology
1 Sobic.009G213200 PPR repeat domain containing protein, putative, expressed -
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19 Sobic.009G112400 OsFBX361 - F-box domain containing protein, expressed -
20 Sobic.002G412700 histone-arginine methyltransferase CARM1, putative, expressed K05931: CARM1, type I protein arginine methyltransferase


Gene co-expression network
sample Sobic002G001400 Sobic002G001400 Sobic009G213200 Sobic009G213200 Sobic002G001400--Sobic009G213200 Sobic002G092050 Sobic002G092050 Sobic002G001400--Sobic002G092050 Sobic002G378100 Sobic002G378100 Sobic002G001400--Sobic002G378100 Sobic004G171200 Sobic004G171200 Sobic002G001400--Sobic004G171200 Sobic007G097400 Sobic007G097400 Sobic002G001400--Sobic007G097400 Sobic005G012700 Sobic005G012700 Sobic002G001400--Sobic005G012700 Sobic001G485600 Sobic001G485600 Sobic002G001400--Sobic001G485600 Sobic006G049600 Sobic006G049600 Sobic002G001400--Sobic006G049600 Sobic002G344500 Sobic002G344500 Sobic002G001400--Sobic002G344500 Sobic006G185200 Sobic006G185200 Sobic009G213200--Sobic006G185200 Sobic009G213200--Sobic002G378100 Sobic009G213200--Sobic007G097400 Sobic001G214600 Sobic001G214600 Sobic009G213200--Sobic001G214600 Sobic002G373950 Sobic002G373950 Sobic009G213200--Sobic002G373950 Sobic010G147833 Sobic010G147833 Sobic009G213200--Sobic010G147833 Sobic005G160100 Sobic005G160100 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Octagon: transcription factors


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