Gene annotation
Transcriptome id Sobic.005G012700.5,Sobic.005G012700.6,Sobic.005G012700.8,Sobic.005G012700.7,Sobic.005G012700.4,Sobic.005G012700.3
Synonym Sb05g001090
Functional annotation expressed protein
UniProt C5Y3G3 , A0A1B6PPL6 , A0A1Z5RGJ8
Pfam PF04578 PF13968 PF13968 PF04578
Panther DB PTHR31325:SF5 PTHR31325 PTHR31325 PTHR31325:SF5
NCBI CDD -
KEGG Orthology -
Gene Ontology -


Orthologs (automatic annotation)
TAIR AT5G45540 : Protein of unknown function (DUF594)
RAP-DB (Rice) LOC_Os10g11310.2,LOC_Os10g11310.1,LOC_Os10g11310.3 : expressed protein
MaizeGDB (Corn) -
Brachypodium -
Barley HORVU3Hr1G003910.1
Wheat TraesCS2A02G569300
Populus -


JBrowse

Open New Page


Expression pattern by RNA-Seq analysis
FPKM plot


Find similar expressed genes
Top 20 genes with similar expressed profiles

Rank Gene Function KEGG orthology
1 Sobic.002G234700 expressed protein -
2 Sobic.002G373950 - -
3 Sobic.003G014700 pentatricopeptide, putative, expressed -
4 Sobic.009G213200 PPR repeat domain containing protein, putative, expressed -
5 Sobic.001G224200 nucleolin, putative, expressed K11294: NCL, nucleolin
6 Sobic.009G103600 MEE12, putative, expressed -
7 Sobic.008G165900 similar to DEAD-box ATP-dependent RNA helicase 9(PubMedID : 29862293)@- -
8 Sobic.009G214200 phosphoribosylamine--glycine ligase, putative, expressed K01945: phosphoribosylamine---glycine ligase
9 Sobic.006G128400 PPR repeat containing protein, expressed -
10 Sobic.010G100800 alpha-mannosidase 2, putative, expressed K01231: alpha-mannosidase II
11 Sobic.006G095800 oxidoreductase, aldo/keto reductase family protein, putative, expressed -
12 Sobic.002G378100 DNA-directed RNA polymerase 1B, mitochondrial precursor, putative, expressed K10908: POLRMT, DNA-directed RNA polymerase, mitochondrial
13 Sobic.002G092050 - -
14 Sobic.010G085200 mediator of RNA polymerase II transcription subunit 6, putative, expressed K15128: mediator of RNA polymerase II transcription subunit 6
15 Sobic.007G137800 pentatricopeptide, putative, expressed -
16 Sobic.003G324100 haloacid dehalogenase, putative, expressed K01094: phosphatidylglycerophosphatase GEP4
17 Sobic.009G105200 PPR repeat containing protein, expressed -
18 Sobic.001G089600 pre-mRNA-splicing factor ATP-dependent RNA helicase DHX16, putative, expressed K14442: DHX36, ATP-dependent RNA helicase DHX36
19 Sobic.002G001400 pentatricopeptide containing protein, putative, expressed -
20 Sobic.008G051200 chaperone protein dnaJ, putative, expressed K03686: molecular chaperone DnaJ


Gene co-expression network
sample Sobic005G012700 Sobic005G012700 Sobic002G234700 Sobic002G234700 Sobic005G012700--Sobic002G234700 Sobic002G373950 Sobic002G373950 Sobic005G012700--Sobic002G373950 Sobic003G014700 Sobic003G014700 Sobic005G012700--Sobic003G014700 Sobic009G213200 Sobic009G213200 Sobic005G012700--Sobic009G213200 Sobic001G224200 Sobic001G224200 Sobic005G012700--Sobic001G224200 Sobic009G103600 Sobic009G103600 Sobic005G012700--Sobic009G103600 Sobic008G165900 Sobic008G165900 Sobic005G012700--Sobic008G165900 Sobic009G214200 Sobic009G214200 Sobic005G012700--Sobic009G214200 Sobic006G128400 Sobic006G128400 Sobic005G012700--Sobic006G128400 Sobic008G017100 Sobic008G017100 Sobic002G234700--Sobic008G017100 Sobic001G540800 Sobic001G540800 Sobic002G234700--Sobic001G540800 Sobic002G431400 Sobic002G431400 Sobic002G234700--Sobic002G431400 Sobic002G234700--Sobic005G012700 Sobic002G309200 Sobic002G309200 Sobic002G234700--Sobic002G309200 Sobic006G269800 Sobic006G269800 Sobic002G234700--Sobic006G269800 Sobic002G234700--Sobic002G373950 Sobic004G019500 Sobic004G019500 Sobic002G234700--Sobic004G019500 Sobic004G351800 Sobic004G351800 Sobic002G234700--Sobic004G351800 Sobic006G086600 Sobic006G086600 Sobic002G373950--Sobic006G086600 Sobic010G003400 Sobic010G003400 Sobic002G373950--Sobic010G003400 Sobic001G453400 Sobic001G453400 Sobic002G373950--Sobic001G453400 Sobic002G373950--Sobic009G213200 Sobic010G174700 Sobic010G174700 Sobic002G373950--Sobic010G174700 Sobic003G260400 Sobic003G260400 Sobic002G373950--Sobic003G260400 Sobic010G115400 Sobic010G115400 Sobic002G373950--Sobic010G115400 Sobic001G089600 Sobic001G089600 Sobic002G373950--Sobic001G089600 Sobic010G102600 Sobic010G102600 Sobic002G373950--Sobic010G102600 Sobic002G378100 Sobic002G378100 Sobic003G014700--Sobic002G378100 Sobic005G028300 Sobic005G028300 Sobic003G014700--Sobic005G028300 Sobic010G083900 Sobic010G083900 Sobic003G014700--Sobic010G083900 Sobic001G322600 Sobic001G322600 Sobic003G014700--Sobic001G322600 Sobic001G391101 Sobic001G391101 Sobic003G014700--Sobic001G391101 Sobic004G027500 Sobic004G027500 Sobic003G014700--Sobic004G027500 Sobic002G423400 Sobic002G423400 Sobic003G014700--Sobic002G423400 Sobic003G014700--Sobic005G012700 Sobic003G419800 Sobic003G419800 Sobic003G014700--Sobic003G419800 Sobic006G185200 Sobic006G185200 Sobic009G213200--Sobic006G185200 Sobic009G213200--Sobic002G378100 Sobic007G097400 Sobic007G097400 Sobic009G213200--Sobic007G097400 Sobic001G214600 Sobic001G214600 Sobic009G213200--Sobic001G214600 Sobic009G213200--Sobic002G373950 Sobic010G147833 Sobic010G147833 Sobic009G213200--Sobic010G147833 Sobic005G160100 Sobic005G160100 Sobic009G213200--Sobic005G160100 Sobic006G231800 Sobic006G231800 Sobic009G213200--Sobic006G231800 Sobic009G251200 Sobic009G251200 Sobic009G213200--Sobic009G251200 Sobic001G224200--Sobic008G165900 Sobic001G224200--Sobic006G128400 Sobic001G207200 Sobic001G207200 Sobic001G224200--Sobic001G207200 Sobic007G075800 Sobic007G075800 Sobic001G224200--Sobic007G075800 Sobic002G238000 Sobic002G238000 Sobic001G224200--Sobic002G238000 Sobic001G119600 Sobic001G119600 Sobic001G224200--Sobic001G119600 Sobic003G332900 Sobic003G332900 Sobic001G224200--Sobic003G332900 Sobic001G501400 Sobic001G501400 Sobic001G224200--Sobic001G501400 Sobic004G030800 Sobic004G030800 Sobic001G224200--Sobic004G030800 Sobic009G103600--Sobic009G214200 Sobic003G109700 Sobic003G109700 Sobic009G103600--Sobic003G109700 Sobic006G032900 Sobic006G032900 Sobic009G103600--Sobic006G032900 Sobic002G336800 Sobic002G336800 Sobic009G103600--Sobic002G336800 Sobic005G110475 Sobic005G110475 Sobic009G103600--Sobic005G110475 Sobic003G144950 Sobic003G144950 Sobic009G103600--Sobic003G144950 Sobic009G103600--Sobic004G019500 Sobic003G324100 Sobic003G324100 Sobic009G103600--Sobic003G324100 Sobic009G215800 Sobic009G215800 Sobic009G103600--Sobic009G215800 Sobic008G165900--Sobic001G224200 Sobic008G165900--Sobic003G332900 Sobic008G165900--Sobic002G238000 Sobic008G165900--Sobic006G128400 Sobic008G165900--Sobic007G075800 Sobic008G165900--Sobic001G207200 Sobic010G100800 Sobic010G100800 Sobic008G165900--Sobic010G100800 Sobic001G501300 Sobic001G501300 Sobic008G165900--Sobic001G501300 Sobic002G031700 Sobic002G031700 Sobic008G165900--Sobic002G031700 Sobic001G375000 Sobic001G375000 Sobic009G214200--Sobic001G375000 Sobic009G214200--Sobic004G019500 Sobic001G448600 Sobic001G448600 Sobic009G214200--Sobic001G448600 Sobic004G003900 Sobic004G003900 Sobic009G214200--Sobic004G003900 Sobic002G140000 Sobic002G140000 Sobic009G214200--Sobic002G140000 Sobic009G214200--Sobic009G103600 Sobic006G088000 Sobic006G088000 Sobic009G214200--Sobic006G088000 Sobic003G128400 Sobic003G128400 Sobic009G214200--Sobic003G128400 Sobic001G249400 Sobic001G249400 Sobic009G214200--Sobic001G249400 Sobic006G128400--Sobic002G378100 Sobic006G128400--Sobic001G501400 Sobic002G092050 Sobic002G092050 Sobic006G128400--Sobic002G092050 Sobic006G128400--Sobic001G224200 Sobic006G128400--Sobic008G165900 Sobic006G128400--Sobic007G075800 Sobic010G051700 Sobic010G051700 Sobic006G128400--Sobic010G051700 Sobic010G224700 Sobic010G224700 Sobic006G128400--Sobic010G224700 Sobic002G317100 Sobic002G317100 Sobic006G128400--Sobic002G317100
Octagon: transcription factors


© 2015- RIKEN, All rights reserved.