Gene annotation
Transcriptome id Sobic.002G425800.1,Sobic.002G425800.2
Synonym
Functional annotation protein transport protein, putative, expressed
UniProt C5X5Q8
Pfam PF04051 PF04810 PF04811
Panther DB PTHR11141 PTHR11141:SF9
NCBI CDD -
KEGG Orthology -
Gene Ontology GO:0008270; zinc ion binding GO:0006888endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport GO:0006886intracellular protein transport


Orthologs (automatic annotation)
TAIR AT2G21630 : Sec23/Sec24 protein transport family protein
RAP-DB (Rice) LOC_Os08g36994.1 : protein transport protein, putative, expressed
MaizeGDB (Corn) Zm00025a041587 , Zm00025a014082
Brachypodium KQJ98623 , KQJ98571 , KQJ98624 , KQJ90533
Barley HORVU5Hr1G068810.6 , HORVU5Hr1G068810.7 , HORVU5Hr1G068810.4 , HORVU5Hr1G068810.5 , HORVU5Hr1G068810.2 , HORVU5Hr1G068810.3 , HORVU4Hr1G014740.14 , HORVU4Hr1G014740.15 , HORVU4Hr1G014740.12 , HORVU4Hr1G014740.10 , HORVU4Hr1G014740.11 , HORVU4Hr1G014740.4 , HORVU4Hr1G014740.5 , HORVU4Hr1G014740.6 , HORVU4Hr1G014740.7 , HORVU4Hr1G014740.1 , HORVU4Hr1G014740.3 , HORVU4Hr1G014740.8 , HORVU4Hr1G014740.9
Wheat TraesCS4A02G350000 , TraesCS4D02G083800 , TraesCS4B02G085800 , TraesCS4A02G230100
Populus -


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cDNA sequences
Sobic.002G425800


Expression pattern by RNA-Seq analysis
FPKM plot


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Rank Gene Function KEGG orthology
1 Sobic.005G195800 RNA recognition motif containing protein, expressed K12837: splicing factor U2AF 65 kDa subunit
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8 Sobic.001G111900 - -
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12 Sobic.005G077400 - -
13 Sobic.001G303675 - -
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16 Sobic.009G100050 - -
17 Sobic.001G274700 - -
18 Sobic.009G062900 structural constituent of ribosome, putative, expressed -
19 Sobic.001G454401 - -
20 Sobic.003G259901 - -


Gene co-expression network
sample Sobic002G425800 Sobic002G425800 Sobic005G195800 Sobic005G195800 Sobic002G425800--Sobic005G195800 Sobic001G237700 Sobic001G237700 Sobic002G425800--Sobic001G237700 Sobic005G077466 Sobic005G077466 Sobic002G425800--Sobic005G077466 Sobic002G144966 Sobic002G144966 Sobic002G425800--Sobic002G144966 Sobic001G423700 Sobic001G423700 Sobic002G425800--Sobic001G423700 Sobic006G262200 Sobic006G262200 Sobic002G425800--Sobic006G262200 Sobic006G210100 Sobic006G210100 Sobic002G425800--Sobic006G210100 Sobic001G111900 Sobic001G111900 Sobic002G425800--Sobic001G111900 Sobic005G110475 Sobic005G110475 Sobic002G425800--Sobic005G110475 Sobic002G144933 Sobic002G144933 Sobic005G195800--Sobic002G144933 Sobic001G094000 Sobic001G094000 Sobic005G195800--Sobic001G094000 Sobic002G157000 Sobic002G157000 Sobic005G195800--Sobic002G157000 Sobic003G170100 Sobic003G170100 Sobic005G195800--Sobic003G170100 Sobic001G420200 Sobic001G420200 Sobic005G195800--Sobic001G420200 Sobic001G303675 Sobic001G303675 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Octagon: transcription factors


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