Gene annotation
Transcriptome id Sobic.003G233400.2
Synonym Sb03g029110
Functional annotation expressed protein
UniProt A0A1W0VYL2
Pfam PF08314
Panther DB PTHR15922 PTHR15922:SF2
NCBI CDD -
KEGG Orthology -
Gene Ontology GO:0006890; retrograde vesicle-mediated transport, Golgi to endoplasmic reticulum


Orthologs (automatic annotation)
TAIR AT5G24350 : -
RAP-DB (Rice) LOC_Os12g13150.1 : expressed protein
MaizeGDB (Corn) Zm00025a038652
Brachypodium KQJ90696 , KQJ90697 , KQJ90694 , KQJ90695
Barley HORVU6Hr1G080600.10 , HORVU6Hr1G080600.11 , HORVU6Hr1G080600.8 , HORVU6Hr1G080600.9 , HORVU6Hr1G080600.2 , HORVU6Hr1G080600.3 , HORVU6Hr1G080600.1 , HORVU6Hr1G080600.6 , HORVU6Hr1G080600.7 , HORVU6Hr1G080600.4 , HORVU6Hr1G080600.5
Wheat TraesCS6A02G333100 , TraesCS5B02G507000 , TraesCS6B02G363500 , TraesCS6D02G312100
Populus -


JBrowse

Open New Page


Expression pattern by RNA-Seq analysis
FPKM plot


Find similar expressed genes
Top 20 genes with similar expressed profiles

Rank Gene Function KEGG orthology
1 Sobic.001G287500 heat shock protein DnaJ, putative, expressed K09533: DnaJ homolog subfamily C member 13
2 Sobic.003G072200 zinc finger protein, putative, expressed K11978: E3 ubiquitin-protein ligase UBR3
3 Sobic.007G098500 BIG, putative, expressed K10691: UBR4, E3 ubiquitin-protein ligase UBR4
4 Sobic.001G137000 aberrant pollen transmission 1, putative, expressed -
5 Sobic.003G312100 guanine nucleotide exchange family protein, putative, expressed -
6 Sobic.008G092600 ubiquitin-protein ligase 1, putative, expressed K10592: HUWE1, MULE, E3 ubiquitin-protein ligase HUWE1
7 Sobic.002G396500 FAT domain-containing protein, putative, expressed K08874: transformation/transcription domain-associated protein
8 Sobic.002G179400 DNA binding protein, putative, expressed -
9 Sobic.004G051200 WD domain containing protein, putative, expressed -
10 Sobic.008G124800 expressed protein -
11 Sobic.002G308500 peptide-Nasparagine amidase, putative, expressed K01456: E3.5.1.52, NGLY1, peptide-N4-(N-acetyl-beta-glucosaminyl)asparagine amidase
12 Sobic.004G040500 expressed protein -
13 Sobic.009G084900 expressed protein -
14 Sobic.008G085300 hhH-GPD superfamily base excision DNA repair protein, expressed -
15 Sobic.007G019300 adaptin, putative, expressed K12397: AP-3 complex subunit beta
16 Sobic.001G347500 expressed protein -
17 Sobic.004G204100 expressed protein -
18 Sobic.002G429300 importin subunit beta, putative, expressed -
19 Sobic.008G099800 expressed protein -
20 Sobic.004G248600 expressed protein K15166: mediator of RNA polymerase II transcription subunit 23


Gene co-expression network
sample Sobic003G233400 Sobic003G233400 Sobic001G287500 Sobic001G287500 Sobic003G233400--Sobic001G287500 Sobic003G072200 Sobic003G072200 Sobic003G233400--Sobic003G072200 Sobic007G098500 Sobic007G098500 Sobic003G233400--Sobic007G098500 Sobic001G137000 Sobic001G137000 Sobic003G233400--Sobic001G137000 Sobic003G312100 Sobic003G312100 Sobic003G233400--Sobic003G312100 Sobic008G092600 Sobic008G092600 Sobic003G233400--Sobic008G092600 Sobic002G396500 Sobic002G396500 Sobic003G233400--Sobic002G396500 Sobic002G179400 Sobic002G179400 Sobic003G233400--Sobic002G179400 Sobic004G051200 Sobic004G051200 Sobic003G233400--Sobic004G051200 Sobic001G287500--Sobic003G233400 Sobic001G287500--Sobic003G072200 Sobic001G287500--Sobic007G098500 Sobic001G287500--Sobic004G051200 Sobic001G287500--Sobic008G092600 Sobic001G347500 Sobic001G347500 Sobic001G287500--Sobic001G347500 Sobic001G426600 Sobic001G426600 Sobic001G287500--Sobic001G426600 Sobic004G040500 Sobic004G040500 Sobic001G287500--Sobic004G040500 Sobic004G204100 Sobic004G204100 Sobic001G287500--Sobic004G204100 Sobic002G397500 Sobic002G397500 Sobic003G072200--Sobic002G397500 Sobic003G072200--Sobic007G098500 Sobic007G062800 Sobic007G062800 Sobic003G072200--Sobic007G062800 Sobic003G072200--Sobic003G233400 Sobic009G084900 Sobic009G084900 Sobic003G072200--Sobic009G084900 Sobic008G098900 Sobic008G098900 Sobic003G072200--Sobic008G098900 Sobic005G112300 Sobic005G112300 Sobic003G072200--Sobic005G112300 Sobic003G072200--Sobic001G347500 Sobic002G133300 Sobic002G133300 Sobic003G072200--Sobic002G133300 Sobic007G098500--Sobic008G092600 Sobic007G098500--Sobic002G396500 Sobic010G105200 Sobic010G105200 Sobic007G098500--Sobic010G105200 Sobic007G098500--Sobic003G072200 Sobic001G050600 Sobic001G050600 Sobic007G098500--Sobic001G050600 Sobic007G098500--Sobic001G137000 Sobic007G098500--Sobic003G233400 Sobic007G098500--Sobic001G287500 Sobic006G265200 Sobic006G265200 Sobic007G098500--Sobic006G265200 Sobic001G137000--Sobic008G092600 Sobic001G137000--Sobic007G098500 Sobic001G137000--Sobic003G233400 Sobic001G137000--Sobic003G312100 Sobic001G117200 Sobic001G117200 Sobic001G137000--Sobic001G117200 Sobic001G137000--Sobic002G396500 Sobic001G137000--Sobic001G050600 Sobic001G137000--Sobic008G098900 Sobic008G099800 Sobic008G099800 Sobic001G137000--Sobic008G099800 Sobic010G148932 Sobic010G148932 Sobic003G312100--Sobic010G148932 Sobic003G312100--Sobic003G233400 Sobic003G312100--Sobic001G137000 Sobic007G019300 Sobic007G019300 Sobic003G312100--Sobic007G019300 Sobic003G312100--Sobic003G072200 Sobic003G312100--Sobic002G397500 Sobic001G004400 Sobic001G004400 Sobic003G312100--Sobic001G004400 Sobic004G248600 Sobic004G248600 Sobic003G312100--Sobic004G248600 Sobic003G312100--Sobic002G396500 Sobic008G092600--Sobic007G098500 Sobic002G147600 Sobic002G147600 Sobic008G092600--Sobic002G147600 Sobic008G092600--Sobic001G137000 Sobic008G092600--Sobic004G040500 Sobic008G092600--Sobic003G072200 Sobic008G092600--Sobic008G098900 Sobic008G085300 Sobic008G085300 Sobic008G092600--Sobic008G085300 Sobic008G092600--Sobic003G233400 Sobic008G092600--Sobic001G117200 Sobic002G396500--Sobic007G098500 Sobic010G001100 Sobic010G001100 Sobic002G396500--Sobic010G001100 Sobic002G396500--Sobic010G105200 Sobic002G396500--Sobic003G072200 Sobic002G396500--Sobic008G092600 Sobic002G396500--Sobic001G137000 Sobic002G396500--Sobic003G233400 Sobic002G396500--Sobic003G312100 Sobic009G109200 Sobic009G109200 Sobic002G396500--Sobic009G109200 Sobic001G493700 Sobic001G493700 Sobic002G179400--Sobic001G493700 Sobic002G042600 Sobic002G042600 Sobic002G179400--Sobic002G042600 Sobic004G053500 Sobic004G053500 Sobic002G179400--Sobic004G053500 Sobic002G429300 Sobic002G429300 Sobic002G179400--Sobic002G429300 Sobic006G184900 Sobic006G184900 Sobic002G179400--Sobic006G184900 Sobic002G179400--Sobic003G233400 Sobic002G179400--Sobic002G133300 Sobic001G065100 Sobic001G065100 Sobic002G179400--Sobic001G065100 Sobic004G322400 Sobic004G322400 Sobic002G179400--Sobic004G322400 Sobic004G051200--Sobic003G072200 Sobic006G037700 Sobic006G037700 Sobic004G051200--Sobic006G037700 Sobic004G051200--Sobic001G287500 Sobic004G051200--Sobic003G233400 Sobic004G051200--Sobic007G098500 Sobic004G051200--Sobic008G099800 Sobic001G065000 Sobic001G065000 Sobic004G051200--Sobic001G065000 Sobic010G275500 Sobic010G275500 Sobic004G051200--Sobic010G275500 Sobic004G051200--Sobic001G347500
Octagon: transcription factors


© 2015- RIKEN, All rights reserved.