Gene annotation
Transcriptome id Sobic.008G092600.1
Synonym UPL2, Sb08g012560
Functional annotation ubiquitin-protein ligase 1, putative, expressed
UniProt A0A1Z5R6K4 , A0A109NDH2
Pfam PF00627 PF14377 PF06012 PF06025 PF00632
Panther DB PTHR11254 PTHR11254:SF334
NCBI CDD -
KEGG Orthology K10592; HUWE1, MULE, E3 ubiquitin-protein ligase HUWE1
Gene Ontology GO:0004842; ubiquitin-protein transferase activity


Orthologs (automatic annotation)
TAIR AT1G70320 : ubiquitin-protein ligase 2
RAP-DB (Rice) LOC_Os09g07900.1 : ubiquitin-protein ligase 1, putative, expressed
MaizeGDB (Corn) Zm00025a024969 , Zm00025a054277
Brachypodium KQJ86839
Barley HORVU5Hr1G033930.8 , HORVU5Hr1G033930.1 , HORVU5Hr1G033930.3 , HORVU5Hr1G033930.2 , HORVU5Hr1G033930.5 , HORVU5Hr1G033930.4 , HORVU5Hr1G033930.7 , HORVU5Hr1G033930.6
Wheat TraesCS5A02G121600 , TraesCS5A02G121600 , TraesCS5A02G121600 , TraesCS5B02G112800 , TraesCS5D02G118000
Populus -


JBrowse

Open New Page


Expression pattern by RNA-Seq analysis
FPKM plot


Find similar expressed genes
Top 20 genes with similar expressed profiles

Rank Gene Function KEGG orthology
1 Sobic.007G098500 BIG, putative, expressed K10691: UBR4, E3 ubiquitin-protein ligase UBR4
2 Sobic.002G147600 ubiquitin-protein ligase 1, putative, expressed K10592: HUWE1, MULE, E3 ubiquitin-protein ligase HUWE1
3 Sobic.001G137000 aberrant pollen transmission 1, putative, expressed -
4 Sobic.004G040500 expressed protein -
5 Sobic.003G072200 zinc finger protein, putative, expressed K11978: E3 ubiquitin-protein ligase UBR3
6 Sobic.008G098900 ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase, putative, expressed K11838: USP7, ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 7
7 Sobic.008G085300 hhH-GPD superfamily base excision DNA repair protein, expressed -
8 Sobic.003G233400 expressed protein -
9 Sobic.001G117200 AGC_AGC_other_GWLd.2 - ACG kinases include homologs to PKA, PKG and PKC, expressed -
10 Sobic.002G396500 FAT domain-containing protein, putative, expressed K08874: transformation/transcription domain-associated protein
11 Sobic.006G265200 zinc finger, RING-type, putative, expressed K17592: sacsin
12 Sobic.001G287500 heat shock protein DnaJ, putative, expressed K09533: DnaJ homolog subfamily C member 13
13 Sobic.010G105200 SYD, putative, expressed -
14 Sobic.001G347500 expressed protein -
15 Sobic.001G457900 expressed protein -
16 Sobic.008G099800 expressed protein -
17 Sobic.001G050600 expressed protein -
18 Sobic.007G163100 expressed protein K14972: PAXIP1, PAX-interacting protein 1
19 Sobic.001G273700 tRNA-splicing endonuclease positive effector-related, putative, expressed K10706: SETX, senataxin
20 Sobic.003G186000 WD domain, G-beta repeat domain containing protein, expressed -


Gene co-expression network
sample Sobic008G092600 Sobic008G092600 Sobic007G098500 Sobic007G098500 Sobic008G092600--Sobic007G098500 Sobic002G147600 Sobic002G147600 Sobic008G092600--Sobic002G147600 Sobic001G137000 Sobic001G137000 Sobic008G092600--Sobic001G137000 Sobic004G040500 Sobic004G040500 Sobic008G092600--Sobic004G040500 Sobic003G072200 Sobic003G072200 Sobic008G092600--Sobic003G072200 Sobic008G098900 Sobic008G098900 Sobic008G092600--Sobic008G098900 Sobic008G085300 Sobic008G085300 Sobic008G092600--Sobic008G085300 Sobic003G233400 Sobic003G233400 Sobic008G092600--Sobic003G233400 Sobic001G117200 Sobic001G117200 Sobic008G092600--Sobic001G117200 Sobic007G098500--Sobic008G092600 Sobic002G396500 Sobic002G396500 Sobic007G098500--Sobic002G396500 Sobic010G105200 Sobic010G105200 Sobic007G098500--Sobic010G105200 Sobic007G098500--Sobic003G072200 Sobic001G050600 Sobic001G050600 Sobic007G098500--Sobic001G050600 Sobic007G098500--Sobic001G137000 Sobic007G098500--Sobic003G233400 Sobic001G287500 Sobic001G287500 Sobic007G098500--Sobic001G287500 Sobic006G265200 Sobic006G265200 Sobic007G098500--Sobic006G265200 Sobic002G147600--Sobic008G092600 Sobic002G147600--Sobic008G098900 Sobic002G147600--Sobic004G040500 Sobic002G147600--Sobic008G085300 Sobic002G146300 Sobic002G146300 Sobic002G147600--Sobic002G146300 Sobic002G335600 Sobic002G335600 Sobic002G147600--Sobic002G335600 Sobic007G133700 Sobic007G133700 Sobic002G147600--Sobic007G133700 Sobic003G205200 Sobic003G205200 Sobic002G147600--Sobic003G205200 Sobic001G370900 Sobic001G370900 Sobic002G147600--Sobic001G370900 Sobic001G137000--Sobic008G092600 Sobic001G137000--Sobic007G098500 Sobic001G137000--Sobic003G233400 Sobic003G312100 Sobic003G312100 Sobic001G137000--Sobic003G312100 Sobic001G137000--Sobic001G117200 Sobic001G137000--Sobic002G396500 Sobic001G137000--Sobic001G050600 Sobic001G137000--Sobic008G098900 Sobic008G099800 Sobic008G099800 Sobic001G137000--Sobic008G099800 Sobic004G040500--Sobic008G092600 Sobic004G040500--Sobic002G147600 Sobic004G040500--Sobic002G335600 Sobic001G493700 Sobic001G493700 Sobic004G040500--Sobic001G493700 Sobic004G040500--Sobic003G072200 Sobic004G040500--Sobic003G233400 Sobic004G023100 Sobic004G023100 Sobic004G040500--Sobic004G023100 Sobic004G040500--Sobic001G287500 Sobic003G171400 Sobic003G171400 Sobic004G040500--Sobic003G171400 Sobic002G397500 Sobic002G397500 Sobic003G072200--Sobic002G397500 Sobic003G072200--Sobic007G098500 Sobic007G062800 Sobic007G062800 Sobic003G072200--Sobic007G062800 Sobic003G072200--Sobic003G233400 Sobic009G084900 Sobic009G084900 Sobic003G072200--Sobic009G084900 Sobic003G072200--Sobic008G098900 Sobic005G112300 Sobic005G112300 Sobic003G072200--Sobic005G112300 Sobic001G347500 Sobic001G347500 Sobic003G072200--Sobic001G347500 Sobic002G133300 Sobic002G133300 Sobic003G072200--Sobic002G133300 Sobic008G098900--Sobic001G370900 Sobic008G098900--Sobic008G085300 Sobic008G098900--Sobic001G117200 Sobic008G098900--Sobic003G205200 Sobic005G001000 Sobic005G001000 Sobic008G098900--Sobic005G001000 Sobic008G098900--Sobic003G072200 Sobic005G162500 Sobic005G162500 Sobic008G098900--Sobic005G162500 Sobic002G042600 Sobic002G042600 Sobic008G098900--Sobic002G042600 Sobic004G276400 Sobic004G276400 Sobic008G098900--Sobic004G276400 Sobic008G085300--Sobic008G098900 Sobic001G542500 Sobic001G542500 Sobic008G085300--Sobic001G542500 Sobic008G085300--Sobic005G162500 Sobic008G085300--Sobic004G276400 Sobic008G085300--Sobic008G092600 Sobic008G085300--Sobic002G147600 Sobic003G186000 Sobic003G186000 Sobic008G085300--Sobic003G186000 Sobic008G085300--Sobic001G370900 Sobic004G291900 Sobic004G291900 Sobic008G085300--Sobic004G291900 Sobic003G233400--Sobic001G287500 Sobic003G233400--Sobic003G072200 Sobic003G233400--Sobic007G098500 Sobic003G233400--Sobic001G137000 Sobic003G233400--Sobic003G312100 Sobic003G233400--Sobic008G092600 Sobic003G233400--Sobic002G396500 Sobic002G179400 Sobic002G179400 Sobic003G233400--Sobic002G179400 Sobic004G051200 Sobic004G051200 Sobic003G233400--Sobic004G051200 Sobic001G117200--Sobic008G098900 Sobic003G408600 Sobic003G408600 Sobic001G117200--Sobic003G408600 Sobic002G430000 Sobic002G430000 Sobic001G117200--Sobic002G430000 Sobic001G540400 Sobic001G540400 Sobic001G117200--Sobic001G540400 Sobic001G117200--Sobic001G137000 Sobic004G113400 Sobic004G113400 Sobic001G117200--Sobic004G113400 Sobic001G117200--Sobic001G542500 Sobic001G058700 Sobic001G058700 Sobic001G117200--Sobic001G058700 Sobic001G117200--Sobic008G092600
Octagon: transcription factors


© 2015- RIKEN, All rights reserved.