Gene annotation
Transcriptome id Sobic.002G147600.3,Sobic.002G147600.1,Sobic.002G147600.2
Synonym UPL1, Sb02g016200
Functional annotation ubiquitin-protein ligase 1, putative, expressed
UniProt A0A1B6QBC2 , A0A1B6QBC8 , A0A1B6QBD6
Pfam PF00627 PF14377 PF06012 PF00632 PF06025
Panther DB PTHR11254 PTHR11254:SF291
NCBI CDD -
KEGG Orthology K10592; HUWE1, MULE, E3 ubiquitin-protein ligase HUWE1
Gene Ontology GO:0004842; ubiquitin-protein transferase activity


Orthologs (automatic annotation)
TAIR AT1G55860 : ubiquitin-protein ligase 1
RAP-DB (Rice) LOC_Os09g07900.1 : ubiquitin-protein ligase 1, putative, expressed
MaizeGDB (Corn) Zm00025a013268
Brachypodium -
Barley -
Wheat -
Populus PNT12594 , PNT12593 , PNT12592 , PNT12591 , PNT58726 , PNT58727 , PNT58724 , PNT58725


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Expression pattern by RNA-Seq analysis
FPKM plot


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Rank Gene Function KEGG orthology
1 Sobic.008G092600 ubiquitin-protein ligase 1, putative, expressed K10592: HUWE1, MULE, E3 ubiquitin-protein ligase HUWE1
2 Sobic.008G098900 ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase, putative, expressed K11838: USP7, ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 7
3 Sobic.004G040500 expressed protein -
4 Sobic.008G085300 hhH-GPD superfamily base excision DNA repair protein, expressed -
5 Sobic.002G146300 cig3, putative, expressed K14409: SMG7, protein SMG7
6 Sobic.002G335600 eukaryotic translation initiation factor 4G, putative, expressed K03260: translation initiation factor 4G
7 Sobic.007G133700 expressed protein -
8 Sobic.003G205200 expressed protein K19027: zinc finger FYVE domain-containing protein 26
9 Sobic.001G370900 expressed protein K11665: INO80, DNA helicase INO80
10 Sobic.006G265200 zinc finger, RING-type, putative, expressed K17592: sacsin
11 Sobic.001G117200 AGC_AGC_other_GWLd.2 - ACG kinases include homologs to PKA, PKG and PKC, expressed -
12 Sobic.007G098500 BIG, putative, expressed K10691: UBR4, E3 ubiquitin-protein ligase UBR4
13 Sobic.001G137000 aberrant pollen transmission 1, putative, expressed -
14 Sobic.010G139600 STE_PAK_Ste20_STLK.5 - STE kinases include homologs to sterile 7, sterile 11 and sterile 20 from yeast, expressed K08835: OXSR1, serine/threonine-protein kinase OSR1/STK39
15 Sobic.003G171400 HEAT repeat family protein, putative, expressed -
16 Sobic.003G170700 expressed protein -
17 Sobic.001G542500 1,3-beta-glucan synthase component domain containing protein, expressed K11000: callose synthase
18 Sobic.003G186000 WD domain, G-beta repeat domain containing protein, expressed -
19 Sobic.009G133500 expressed protein -
20 Sobic.002G430000 expressed protein K08518: STXBP5, syntaxin-binding protein 5


Gene co-expression network
sample Sobic002G147600 Sobic002G147600 Sobic008G092600 Sobic008G092600 Sobic002G147600--Sobic008G092600 Sobic008G098900 Sobic008G098900 Sobic002G147600--Sobic008G098900 Sobic004G040500 Sobic004G040500 Sobic002G147600--Sobic004G040500 Sobic008G085300 Sobic008G085300 Sobic002G147600--Sobic008G085300 Sobic002G146300 Sobic002G146300 Sobic002G147600--Sobic002G146300 Sobic002G335600 Sobic002G335600 Sobic002G147600--Sobic002G335600 Sobic007G133700 Sobic007G133700 Sobic002G147600--Sobic007G133700 Sobic003G205200 Sobic003G205200 Sobic002G147600--Sobic003G205200 Sobic001G370900 Sobic001G370900 Sobic002G147600--Sobic001G370900 Sobic007G098500 Sobic007G098500 Sobic008G092600--Sobic007G098500 Sobic008G092600--Sobic002G147600 Sobic001G137000 Sobic001G137000 Sobic008G092600--Sobic001G137000 Sobic008G092600--Sobic004G040500 Sobic003G072200 Sobic003G072200 Sobic008G092600--Sobic003G072200 Sobic008G092600--Sobic008G098900 Sobic008G092600--Sobic008G085300 Sobic003G233400 Sobic003G233400 Sobic008G092600--Sobic003G233400 Sobic001G117200 Sobic001G117200 Sobic008G092600--Sobic001G117200 Sobic008G098900--Sobic001G370900 Sobic008G098900--Sobic008G085300 Sobic008G098900--Sobic001G117200 Sobic008G098900--Sobic003G205200 Sobic005G001000 Sobic005G001000 Sobic008G098900--Sobic005G001000 Sobic008G098900--Sobic003G072200 Sobic005G162500 Sobic005G162500 Sobic008G098900--Sobic005G162500 Sobic002G042600 Sobic002G042600 Sobic008G098900--Sobic002G042600 Sobic004G276400 Sobic004G276400 Sobic008G098900--Sobic004G276400 Sobic004G040500--Sobic008G092600 Sobic004G040500--Sobic002G147600 Sobic004G040500--Sobic002G335600 Sobic001G493700 Sobic001G493700 Sobic004G040500--Sobic001G493700 Sobic004G040500--Sobic003G072200 Sobic004G040500--Sobic003G233400 Sobic004G023100 Sobic004G023100 Sobic004G040500--Sobic004G023100 Sobic001G287500 Sobic001G287500 Sobic004G040500--Sobic001G287500 Sobic003G171400 Sobic003G171400 Sobic004G040500--Sobic003G171400 Sobic008G085300--Sobic008G098900 Sobic001G542500 Sobic001G542500 Sobic008G085300--Sobic001G542500 Sobic008G085300--Sobic005G162500 Sobic008G085300--Sobic004G276400 Sobic008G085300--Sobic008G092600 Sobic008G085300--Sobic002G147600 Sobic003G186000 Sobic003G186000 Sobic008G085300--Sobic003G186000 Sobic008G085300--Sobic001G370900 Sobic004G291900 Sobic004G291900 Sobic008G085300--Sobic004G291900 Sobic002G146300--Sobic003G205200 Sobic002G146300--Sobic001G370900 Sobic010G139600 Sobic010G139600 Sobic002G146300--Sobic010G139600 Sobic002G146300--Sobic005G001000 Sobic004G001500 Sobic004G001500 Sobic002G146300--Sobic004G001500 Sobic008G001200 Sobic008G001200 Sobic002G146300--Sobic008G001200 Sobic001G194200 Sobic001G194200 Sobic002G146300--Sobic001G194200 Sobic007G075400 Sobic007G075400 Sobic002G146300--Sobic007G075400 Sobic009G256400 Sobic009G256400 Sobic002G146300--Sobic009G256400 Sobic006G184900 Sobic006G184900 Sobic002G335600--Sobic006G184900 Sobic002G335600--Sobic005G162500 Sobic006G032300 Sobic006G032300 Sobic002G335600--Sobic006G032300 Sobic009G131300 Sobic009G131300 Sobic002G335600--Sobic009G131300 Sobic002G429300 Sobic002G429300 Sobic002G335600--Sobic002G429300 Sobic002G335600--Sobic001G493700 Sobic008G088872 Sobic008G088872 Sobic002G335600--Sobic008G088872 Sobic002G335600--Sobic004G040500 Sobic004G053500 Sobic004G053500 Sobic002G335600--Sobic004G053500 Sobic003G422500 Sobic003G422500 Sobic007G133700--Sobic003G422500 Sobic009G053900 Sobic009G053900 Sobic007G133700--Sobic009G053900 Sobic007G133700--Sobic002G146300 Sobic007G133700--Sobic008G098900 Sobic007G172200 Sobic007G172200 Sobic007G133700--Sobic007G172200 Sobic007G133700--Sobic001G370900 Sobic007G133700--Sobic007G075400 Sobic003G196300 Sobic003G196300 Sobic007G133700--Sobic003G196300 Sobic001G273700 Sobic001G273700 Sobic007G133700--Sobic001G273700 Sobic003G205200--Sobic002G146300 Sobic003G205200--Sobic005G001000 Sobic003G205200--Sobic008G001200 Sobic003G205200--Sobic001G370900 Sobic003G205200--Sobic003G186000 Sobic003G205200--Sobic010G139600 Sobic003G205200--Sobic004G276400 Sobic003G205200--Sobic001G194200 Sobic003G205200--Sobic008G098900 Sobic001G370900--Sobic008G098900 Sobic001G370900--Sobic005G001000 Sobic001G370900--Sobic009G256400 Sobic001G370900--Sobic002G146300 Sobic001G370900--Sobic003G205200 Sobic001G370900--Sobic001G194200 Sobic001G370900--Sobic004G276400 Sobic001G370900--Sobic008G001200 Sobic001G457800 Sobic001G457800 Sobic001G370900--Sobic001G457800
Octagon: transcription factors


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