Gene annotation
Transcriptome id Sobic.003G296900.1
Synonym Sb03g034730
Functional annotation expressed protein
UniProt C5XK49
Pfam PF06454
Panther DB PTHR31142 PTHR31142:SF4
NCBI CDD -
KEGG Orthology -
Gene Ontology -


Orthologs (automatic annotation)
TAIR AT3G59090 : -
RAP-DB (Rice) LOC_Os01g54784.1 : expressed protein
MaizeGDB (Corn) Zm00025a027600
Brachypodium KQK09748
Barley HORVU3Hr1G071910.8 , HORVU3Hr1G071910.3 , HORVU3Hr1G071910.2 , HORVU3Hr1G071910.1 , HORVU3Hr1G071910.7 , HORVU3Hr1G071910.6 , HORVU3Hr1G071910.5 , HORVU3Hr1G071910.4
Wheat TraesCS3D02G290600 , TraesCS3A02G290800 , TraesCS3B02G325400
Populus -


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cDNA sequences
Sobic.003G296900


Expression pattern by RNA-Seq analysis
FPKM plot


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Rank Gene Function KEGG orthology
1 Sobic.003G043000 expressed protein -
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10 Sobic.006G261400 peptidase, trypsin-like serine and cysteine proteases, putative, expressed -
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13 Sobic.001G433800 lissencephaly type-1-like homology motif, putative, expressed -
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15 Sobic.002G399800 PWWP domain containing protein, expressed -
16 Sobic.002G179400 DNA binding protein, putative, expressed -
17 Sobic.004G322400 WD40-like, putative, expressed -
18 Sobic.001G151100 CCR4-NOT transcription factor, putative, expressed K12580: CNOT3, CCR4-NOT transcription complex subunit 3
19 Sobic.004G185800 expressed protein -
20 Sobic.002G042600 ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase, putative, expressed K11838: USP7, ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 7


Gene co-expression network
sample Sobic003G296900 Sobic003G296900 Sobic003G043000 Sobic003G043000 Sobic003G296900--Sobic003G043000 Sobic001G065100 Sobic001G065100 Sobic003G296900--Sobic001G065100 Sobic004G053500 Sobic004G053500 Sobic003G296900--Sobic004G053500 Sobic003G308500 Sobic003G308500 Sobic003G296900--Sobic003G308500 Sobic004G265500 Sobic004G265500 Sobic003G296900--Sobic004G265500 Sobic003G241700 Sobic003G241700 Sobic003G296900--Sobic003G241700 Sobic001G255800 Sobic001G255800 Sobic003G296900--Sobic001G255800 Sobic010G000800 Sobic010G000800 Sobic003G296900--Sobic010G000800 Sobic004G131300 Sobic004G131300 Sobic003G296900--Sobic004G131300 Sobic003G043000--Sobic004G265500 Sobic001G308400 Sobic001G308400 Sobic003G043000--Sobic001G308400 Sobic003G043000--Sobic003G296900 Sobic004G357100 Sobic004G357100 Sobic003G043000--Sobic004G357100 Sobic003G043000--Sobic003G241700 Sobic009G228000 Sobic009G228000 Sobic003G043000--Sobic009G228000 SobicK028600 SobicK028600 Sobic003G043000--SobicK028600 Sobic003G163200 Sobic003G163200 Sobic003G043000--Sobic003G163200 Sobic002G227500 Sobic002G227500 Sobic003G043000--Sobic002G227500 Sobic002G042600 Sobic002G042600 Sobic001G065100--Sobic002G042600 Sobic002G179400 Sobic002G179400 Sobic001G065100--Sobic002G179400 Sobic001G263600 Sobic001G263600 Sobic001G065100--Sobic001G263600 Sobic002G401500 Sobic002G401500 Sobic001G065100--Sobic002G401500 Sobic001G493700 Sobic001G493700 Sobic001G065100--Sobic001G493700 Sobic008G088872 Sobic008G088872 Sobic001G065100--Sobic008G088872 Sobic004G322400 Sobic004G322400 Sobic001G065100--Sobic004G322400 Sobic005G062200 Sobic005G062200 Sobic001G065100--Sobic005G062200 Sobic001G065100--Sobic003G296900 Sobic004G053500--Sobic002G401500 Sobic004G053500--Sobic002G179400 Sobic002G335600 Sobic002G335600 Sobic004G053500--Sobic002G335600 Sobic006G166200 Sobic006G166200 Sobic004G053500--Sobic006G166200 Sobic006G032300 Sobic006G032300 Sobic004G053500--Sobic006G032300 Sobic005G133800 Sobic005G133800 Sobic004G053500--Sobic005G133800 Sobic002G340900 Sobic002G340900 Sobic004G053500--Sobic002G340900 Sobic004G053500--Sobic003G296900 Sobic005G162500 Sobic005G162500 Sobic004G053500--Sobic005G162500 Sobic003G146600 Sobic003G146600 Sobic003G308500--Sobic003G146600 Sobic006G125500 Sobic006G125500 Sobic003G308500--Sobic006G125500 Sobic003G308500--Sobic003G296900 Sobic006G002800 Sobic006G002800 Sobic003G308500--Sobic006G002800 Sobic004G019200 Sobic004G019200 Sobic003G308500--Sobic004G019200 Sobic002G371600 Sobic002G371600 Sobic003G308500--Sobic002G371600 Sobic003G012000 Sobic003G012000 Sobic003G308500--Sobic003G012000 Sobic001G145400 Sobic001G145400 Sobic003G308500--Sobic001G145400 Sobic006G245900 Sobic006G245900 Sobic003G308500--Sobic006G245900 Sobic004G265500--Sobic003G043000 Sobic004G265500--Sobic003G163200 Sobic004G265500--Sobic001G308400 Sobic004G265500--Sobic004G357100 Sobic004G265500--Sobic010G000800 Sobic004G265500--Sobic002G042600 Sobic004G265500--Sobic004G053500 Sobic004G265500--SobicK028600 Sobic004G265500--Sobic002G227500 Sobic003G241700--Sobic003G043000 Sobic003G241700--Sobic003G296900 Sobic003G241700--Sobic009G228000 Sobic004G209700 Sobic004G209700 Sobic003G241700--Sobic004G209700 Sobic003G241700--Sobic004G265500 Sobic003G241700--Sobic010G000800 Sobic006G234700 Sobic006G234700 Sobic003G241700--Sobic006G234700 Sobic004G213800 Sobic004G213800 Sobic003G241700--Sobic004G213800 Sobic010G034100 Sobic010G034100 Sobic003G241700--Sobic010G034100 Sobic003G039000 Sobic003G039000 Sobic001G255800--Sobic003G039000 Sobic001G255800--Sobic001G065100 Sobic001G255800--Sobic004G053500 Sobic001G255800--Sobic002G401500 Sobic001G255800--Sobic003G296900 Sobic001G255800--Sobic005G062200 Sobic001G255800--Sobic008G088872 Sobic001G255800--Sobic001G263600 Sobic003G171400 Sobic003G171400 Sobic001G255800--Sobic003G171400 Sobic010G000800--Sobic004G265500 Sobic010G000800--Sobic004G322400 Sobic010G000800--Sobic003G163200 Sobic003G379200 Sobic003G379200 Sobic010G000800--Sobic003G379200 Sobic003G189600 Sobic003G189600 Sobic010G000800--Sobic003G189600 Sobic010G000800--Sobic002G179400 Sobic006G077200 Sobic006G077200 Sobic010G000800--Sobic006G077200 Sobic006G261400 Sobic006G261400 Sobic010G000800--Sobic006G261400 Sobic002G429300 Sobic002G429300 Sobic010G000800--Sobic002G429300 Sobic002G133300 Sobic002G133300 Sobic004G131300--Sobic002G133300 Sobic002G142900 Sobic002G142900 Sobic004G131300--Sobic002G142900 Sobic005G172500 Sobic005G172500 Sobic004G131300--Sobic005G172500 Sobic009G084900 Sobic009G084900 Sobic004G131300--Sobic009G084900 Sobic004G256500 Sobic004G256500 Sobic004G131300--Sobic004G256500 Sobic010G059500 Sobic010G059500 Sobic004G131300--Sobic010G059500 Sobic007G054800 Sobic007G054800 Sobic004G131300--Sobic007G054800 Sobic006G136400 Sobic006G136400 Sobic004G131300--Sobic006G136400 Sobic002G256700 Sobic002G256700 Sobic004G131300--Sobic002G256700
Octagon: transcription factors


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