Gene annotation
Transcriptome id Sobic.003G307900.1
Synonym Sb03g035640
Functional annotation BSD domain containing protein, expressed
UniProt C5XKX9
Pfam PF03909
Panther DB PTHR31923 PTHR31923:SF6
NCBI CDD -
KEGG Orthology -
Gene Ontology -


Orthologs (automatic annotation)
TAIR AT3G49800 : BSD domain-containing protein
RAP-DB (Rice) LOC_Os01g56100.1 : BSD domain containing protein, expressed
MaizeGDB (Corn) Zm00025a039941
Brachypodium KQK09922
Barley -
Wheat -
Populus -


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cDNA sequences
Sobic.003G307900


Expression pattern by RNA-Seq analysis
FPKM plot


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Top 20 genes with similar expressed profiles

Rank Gene Function KEGG orthology
1 Sobic.003G083900 metallo-beta-lactamase family protein, putative, expressed -
2 Sobic.008G125000 AP-3 complex subunit delta, putative, expressed K12396: AP-3 complex subunit delta
3 Sobic.004G133700 apoptosis inhibitor 5, putative, expressed -
4 Sobic.001G370300 WD domain, G-beta repeat domain containing protein, expressed K12662: PRPF4, U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein PRP4
5 Sobic.006G087100 zinc finger C-x8-C-x5-C-x3-H type family protein, expressed K14943: muscleblind
6 Sobic.004G057800 URED, putative, expressed K03190: ureD, urease accessory protein
7 Sobic.001G285300 expressed protein -
8 Sobic.005G187500 GRF-interacting factor 2, putative, expressed -
9 Sobic.007G010900 esterase, putative, expressed -
10 Sobic.001G199300 GIL1, putative, expressed -
11 Sobic.008G111700 expressed protein -
12 Sobic.006G245700 COP9 signalosome complex subunit 5b, putative, expressed K09613: COPS5, COP9 signalosome complex subunit 5
13 Sobic.001G226000 WD domain, G-beta repeat domain containing protein, expressed K10599: PRPF19, pre-mRNA-processing factor 19
14 Sobic.009G056300 PHD finger protein, putative, expressed -
15 Sobic.001G023800 expressed protein -
16 Sobic.005G025800 dual specificity protein phosphatase, putative, expressed K14819: DUSP12, dual specificity phosphatase 12
17 Sobic.001G152000 elongation factor Tu family protein, putative, expressed K14536: ribosome assembly protein 1
18 Sobic.001G038100 protein kinase PKN/PRK1, effector, putative, expressed -
19 Sobic.002G077900 eukaryotic translation initiation factor 3 subunit E, putative, expressed K03250: EIF3E, translation initiation factor 3 subunit E
20 Sobic.002G252900 DNA repair ATPase-related, putative, expressed -


Gene co-expression network
sample Sobic003G307900 Sobic003G307900 Sobic003G083900 Sobic003G083900 Sobic003G307900--Sobic003G083900 Sobic008G125000 Sobic008G125000 Sobic003G307900--Sobic008G125000 Sobic004G133700 Sobic004G133700 Sobic003G307900--Sobic004G133700 Sobic001G370300 Sobic001G370300 Sobic003G307900--Sobic001G370300 Sobic006G087100 Sobic006G087100 Sobic003G307900--Sobic006G087100 Sobic004G057800 Sobic004G057800 Sobic003G307900--Sobic004G057800 Sobic001G285300 Sobic001G285300 Sobic003G307900--Sobic001G285300 Sobic005G187500 Sobic005G187500 Sobic003G307900--Sobic005G187500 Sobic007G010900 Sobic007G010900 Sobic003G307900--Sobic007G010900 Sobic003G083900--Sobic004G133700 Sobic003G083900--Sobic003G307900 Sobic007G119900 Sobic007G119900 Sobic003G083900--Sobic007G119900 Sobic001G226000 Sobic001G226000 Sobic003G083900--Sobic001G226000 Sobic002G077900 Sobic002G077900 Sobic003G083900--Sobic002G077900 Sobic001G009800 Sobic001G009800 Sobic003G083900--Sobic001G009800 Sobic004G249300 Sobic004G249300 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Octagon: transcription factors


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