Gene annotation
Transcriptome id Sobic.003G359400.1
Synonym Sb03g040130
Functional annotation PPR repeat containing protein, expressed
UniProt A0A1W0W0H6
Pfam PF01535 PF13041
Panther DB PTHR24015 PTHR24015:SF626
NCBI CDD -
KEGG Orthology -
Gene Ontology -


Orthologs (automatic annotation)
TAIR AT3G09060 : Pentatricopeptide repeat (PPR) superfamily protein
RAP-DB (Rice) LOC_Os01g63400.1 : PPR repeat containing protein, expressed
MaizeGDB (Corn) Zm00025a039624
Brachypodium -
Barley -
Wheat -
Populus -


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Expression pattern by RNA-Seq analysis
FPKM plot


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Rank Gene Function KEGG orthology
1 Sobic.003G067201 - -
2 Sobic.001G033600 pentatricopeptide, putative, expressed -
3 Sobic.009G042000 expressed protein -
4 Sobic.005G123400 expressed protein -
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6 Sobic.004G070100 exostosin family domain containing protein, expressed -
7 Sobic.010G190900 pentatricopeptide, putative, expressed -
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9 Sobic.003G393200 expressed protein -
10 Sobic.003G204100 expressed protein -
11 Sobic.001G478900 pentatricopeptide, putative, expressed -
12 Sobic.004G215600 - K15271: HFM1, ATP-dependent DNA helicase HFM1/MER3
13 Sobic.006G095000 PPR repeat domain containing protein, putative, expressed -
14 Sobic.006G085800 SAG (Senescence-associated gene): differentially expressed gene during developmental senescence.(PubMedID : 27586543)@pentatricopeptide, putative, expressed -
15 Sobic.004G298600 histone-lysine N-methyltransferase, putative, expressed K11420: [histone H3]-lysine9 N-trimethyltransferase EHMT
16 Sobic.003G004800 ATP binding protein, putative, expressed -
17 Sobic.008G095900 ATP binding protein, putative, expressed K17592: sacsin
18 Sobic.004G000400 OsPDIL1-4 protein disulfide isomerase PDIL1-4, expressed K09580: PDIA1, protein disulfide-isomerase A1
19 Sobic.006G237500 PPR repeat domain containing protein, putative, expressed -
20 Sobic.001G433600 - -


Gene co-expression network
sample Sobic003G359400 Sobic003G359400 Sobic003G067201 Sobic003G067201 Sobic003G359400--Sobic003G067201 Sobic001G033600 Sobic001G033600 Sobic003G359400--Sobic001G033600 Sobic009G042000 Sobic009G042000 Sobic003G359400--Sobic009G042000 Sobic005G123400 Sobic005G123400 Sobic003G359400--Sobic005G123400 Sobic003G396800 Sobic003G396800 Sobic003G359400--Sobic003G396800 Sobic004G070100 Sobic004G070100 Sobic003G359400--Sobic004G070100 Sobic010G190900 Sobic010G190900 Sobic003G359400--Sobic010G190900 Sobic006G191200 Sobic006G191200 Sobic003G359400--Sobic006G191200 Sobic003G393200 Sobic003G393200 Sobic003G359400--Sobic003G393200 Sobic003G397100 Sobic003G397100 Sobic003G067201--Sobic003G397100 Sobic003G067201--Sobic006G191200 Sobic001G448100 Sobic001G448100 Sobic003G067201--Sobic001G448100 Sobic003G067201--Sobic003G359400 Sobic002G084400 Sobic002G084400 Sobic003G067201--Sobic002G084400 Sobic003G124600 Sobic003G124600 Sobic003G067201--Sobic003G124600 Sobic002G079100 Sobic002G079100 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Octagon: transcription factors


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