Gene annotation
Transcriptome id Sobic.003G436000.1
Synonym Sb03g046680
Functional annotation expressed protein
UniProt C5XIM5
Pfam PF12274
Panther DB PTHR33120 PTHR33120:SF6
NCBI CDD -
KEGG Orthology -
Gene Ontology -


Orthologs (automatic annotation)
TAIR AT1G32530 : RING/U-box superfamily protein
RAP-DB (Rice) LOC_Os01g21144.1 : expressed protein
MaizeGDB (Corn) -
Brachypodium -
Barley -
Wheat -
Populus -


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Expression pattern by RNA-Seq analysis
FPKM plot


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Rank Gene Function KEGG orthology
1 Sobic.003G036500 fruit protein PKIWI502, putative, expressed -
2 Sobic.002G406300 nucleolar protein 5A, putative, expressed K14564: nucleolar protein 56
3 Sobic.003G039900 OsFBDUF1 - F-box and DUF domain containing protein, expressed -
4 Sobic.003G114400 expressed protein K05288: GPI ethanolamine phosphate transferase 3 subunit O
5 Sobic.010G169900 serine/threonine protein phosphatase 2A 55 kDa regulatory subunit B, putative, expressed K04354: serine/threonine-protein phosphatase 2A regulatory subunit B
6 Sobic.003G159200 poly synthetase 2-A, putative, expressed K10798: poly [ADP-ribose] polymerase 2/3/4
7 Sobic.009G194000 Alg9-like mannosyltransferase protein, putative, expressed K05286: GPI mannosyltransferase 3
8 Sobic.006G203300 GPR89A, putative, expressed -
9 Sobic.008G055500 Protein-tyrosine phosphatase domain containing protein, expressed -
10 Sobic.006G060000 CDP-alcohol phosphatidyltransferase, putative, expressed K00999: CDP-diacylglycerol--inositol 3-phosphatidyltransferase
11 Sobic.003G243800 - -
12 Sobic.004G193300 phosphatidylinositolglycan class N family protein, expressed K05285: GPI ethanolamine phosphate transferase 1
13 Sobic.001G376200 auxin response factor, putative, expressed -
14 Sobic.006G034400 amine oxidase precursor, putative, expressed K00276: AOC3, AOC2, primary-amine oxidase
15 Sobic.003G365100 hydrolase, alpha/beta fold family, putative, expressed -
16 Sobic.002G057400 expressed protein K16586: HAUS augmin-like complex subunit 3
17 Sobic.001G490900 growth regulator related protein, putative, expressed -
18 Sobic.001G049300 phosphatase, putative, expressed K04716: sphingosine-1-phosphate phosphatase 1
19 Sobic.005G062200 transmembrane 9 superfamily member, putative, expressed K17087: transmembrane 9 superfamily member 3
20 Sobic.001G141400 ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase, family 1, putative, expressed -


Gene co-expression network
sample Sobic003G436000 Sobic003G436000 Sobic003G036500 Sobic003G036500 Sobic003G436000--Sobic003G036500 Sobic002G406300 Sobic002G406300 Sobic003G436000--Sobic002G406300 Sobic003G039900 Sobic003G039900 Sobic003G436000--Sobic003G039900 Sobic003G114400 Sobic003G114400 Sobic003G436000--Sobic003G114400 Sobic010G169900 Sobic010G169900 Sobic003G436000--Sobic010G169900 Sobic003G159200 Sobic003G159200 Sobic003G436000--Sobic003G159200 Sobic009G194000 Sobic009G194000 Sobic003G436000--Sobic009G194000 Sobic006G203300 Sobic006G203300 Sobic003G436000--Sobic006G203300 Sobic008G055500 Sobic008G055500 Sobic003G436000--Sobic008G055500 Sobic003G036500--Sobic006G203300 Sobic004G254800 Sobic004G254800 Sobic003G036500--Sobic004G254800 Sobic003G036500--Sobic010G169900 Sobic009G122500 Sobic009G122500 Sobic003G036500--Sobic009G122500 Sobic003G409900 Sobic003G409900 Sobic003G036500--Sobic003G409900 Sobic004G263500 Sobic004G263500 Sobic003G036500--Sobic004G263500 Sobic009G128500 Sobic009G128500 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Octagon: transcription factors


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