Gene annotation
Transcriptome id Sobic.004G157800.1
Synonym Sb04g021050
Functional annotation LITAF-domain-containing protein, putative, expressed
UniProt C5XT77
Pfam PF10601
Panther DB PTHR23292
NCBI CDD -
KEGG Orthology K19363; lipopolysaccharide-induced tumor necrosis factor-alpha factor
Gene Ontology -


Orthologs (automatic annotation)
TAIR AT5G13190 : -
RAP-DB (Rice) LOC_Os02g31100.1 : LITAF-domain-containing protein, putative, expressed
MaizeGDB (Corn) Zm00025a020426
Brachypodium KQJ99622
Barley HORVU2Hr1G013200.2 , HORVU2Hr1G013200.3 , HORVU2Hr1G013200.1
Wheat TraesCS2B02G094800 , TraesCS2A02G080000 , TraesCS2D02G077300
Populus -


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cDNA sequences
Sobic.004G157800


Expression pattern by RNA-Seq analysis
FPKM plot


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Rank Gene Function KEGG orthology
1 Sobic.001G064800 expp1 protein precursor, putative, expressed -
2 Sobic.002G078400 ADP-ribosylation factor, putative, expressed K07937: ADP-ribosylation factor 1/2
K07977: Arf/Sar family, other
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5 Sobic.009G094450 - -
6 Sobic.001G526100 uncharacterized Cys-rich domain containing protein, putative, expressed -
7 Sobic.005G092800 expressed protein -
8 Sobic.001G445800 expressed protein -
9 Sobic.001G403700 mitochondrial carrier protein, putative, expressed K15113: SLC25A28_37, solute carrier family 25 (mitochondrial iron transporter), member 28/37
10 Sobic.008G189300 ubiquitin-conjugating enzyme E2 W, putative, expressed K10688: UBE2W, ubiquitin-conjugating enzyme E2 W
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12 Sobic.001G019900 zinc finger, C3HC4 type domain containing protein, expressed K15707: RING finger protein 170
13 Sobic.010G018400 expressed protein K02153: ATPeV0E, V-type H+-transporting ATPase subunit e
14 Sobic.004G300900 OsGrx_C3 - glutaredoxin subgroup I, expressed K03676: grxC, GLRX, glutaredoxin 3
15 Sobic.002G386800 protein kinase domain containing protein, expressed -
16 Sobic.005G228000 SNF7 domain containing protein, putative, expressed K12191: charged multivesicular body protein 2A
17 Sobic.004G196300 ras-related protein, putative, expressed K07877: Ras-related protein Rab-2A
18 Sobic.001G309500 protein phosphatase 2C, putative, expressed K01102: pyruvate dehydrogenase phosphatase
19 Sobic.009G230100 expressed protein -
20 Sobic.002G212200 protein binding protein, putative, expressed K11975: E3 ubiquitin-protein ligase RNF144


Gene co-expression network
sample Sobic004G157800 Sobic004G157800 Sobic001G064800 Sobic001G064800 Sobic004G157800--Sobic001G064800 Sobic002G078400 Sobic002G078400 Sobic004G157800--Sobic002G078400 Sobic006G182100 Sobic006G182100 Sobic004G157800--Sobic006G182100 Sobic009G249000 Sobic009G249000 Sobic004G157800--Sobic009G249000 Sobic009G094450 Sobic009G094450 Sobic004G157800--Sobic009G094450 Sobic001G526100 Sobic001G526100 Sobic004G157800--Sobic001G526100 Sobic005G092800 Sobic005G092800 Sobic004G157800--Sobic005G092800 Sobic001G445800 Sobic001G445800 Sobic004G157800--Sobic001G445800 Sobic001G403700 Sobic001G403700 Sobic004G157800--Sobic001G403700 Sobic001G064800--Sobic006G182100 Sobic002G261800 Sobic002G261800 Sobic001G064800--Sobic002G261800 Sobic001G067601 Sobic001G067601 Sobic001G064800--Sobic001G067601 Sobic010G153100 Sobic010G153100 Sobic001G064800--Sobic010G153100 Sobic001G019900 Sobic001G019900 Sobic001G064800--Sobic001G019900 Sobic001G064800--Sobic001G445800 Sobic010G204300 Sobic010G204300 Sobic001G064800--Sobic010G204300 Sobic001G064800--Sobic004G157800 Sobic001G206400 Sobic001G206400 Sobic001G064800--Sobic001G206400 Sobic004G300900 Sobic004G300900 Sobic002G078400--Sobic004G300900 Sobic010G065400 Sobic010G065400 Sobic002G078400--Sobic010G065400 Sobic003G362400 Sobic003G362400 Sobic002G078400--Sobic003G362400 Sobic007G091000 Sobic007G091000 Sobic002G078400--Sobic007G091000 Sobic008G132800 Sobic008G132800 Sobic002G078400--Sobic008G132800 Sobic002G078400--Sobic001G445800 Sobic001G331900 Sobic001G331900 Sobic002G078400--Sobic001G331900 Sobic009G198500 Sobic009G198500 Sobic002G078400--Sobic009G198500 Sobic010G029400 Sobic010G029400 Sobic002G078400--Sobic010G029400 Sobic004G284500 Sobic004G284500 Sobic006G182100--Sobic004G284500 Sobic009G033700 Sobic009G033700 Sobic006G182100--Sobic009G033700 Sobic002G046100 Sobic002G046100 Sobic006G182100--Sobic002G046100 Sobic010G018400 Sobic010G018400 Sobic006G182100--Sobic010G018400 Sobic004G196300 Sobic004G196300 Sobic006G182100--Sobic004G196300 Sobic001G281400 Sobic001G281400 Sobic006G182100--Sobic001G281400 Sobic008G185400 Sobic008G185400 Sobic006G182100--Sobic008G185400 Sobic003G368500 Sobic003G368500 Sobic006G182100--Sobic003G368500 Sobic006G182100--Sobic001G445800 Sobic009G249000--Sobic005G092800 Sobic009G249000--Sobic004G157800 Sobic004G172700 Sobic004G172700 Sobic009G249000--Sobic004G172700 Sobic004G352900 Sobic004G352900 Sobic009G249000--Sobic004G352900 Sobic010G062800 Sobic010G062800 Sobic009G249000--Sobic010G062800 Sobic004G014000 Sobic004G014000 Sobic009G249000--Sobic004G014000 Sobic009G249000--Sobic001G403700 Sobic009G249000--Sobic002G078400 Sobic009G249000--Sobic008G132800 Sobic005G228000 Sobic005G228000 Sobic009G094450--Sobic005G228000 Sobic009G094450--Sobic010G153100 Sobic009G094450--Sobic005G092800 Sobic009G094450--Sobic001G019900 Sobic004G026400 Sobic004G026400 Sobic009G094450--Sobic004G026400 Sobic009G094450--Sobic001G445800 Sobic009G094450--Sobic001G067601 Sobic010G217900 Sobic010G217900 Sobic009G094450--Sobic010G217900 Sobic003G321700 Sobic003G321700 Sobic009G094450--Sobic003G321700 Sobic001G309500 Sobic001G309500 Sobic001G526100--Sobic001G309500 Sobic001G526100--Sobic002G078400 Sobic001G526100--Sobic004G157800 Sobic001G526100--Sobic001G064800 Sobic001G526100--Sobic010G065400 Sobic001G526100--Sobic004G196300 Sobic003G381000 Sobic003G381000 Sobic001G526100--Sobic003G381000 Sobic003G217100 Sobic003G217100 Sobic001G526100--Sobic003G217100 Sobic002G368400 Sobic002G368400 Sobic001G526100--Sobic002G368400 Sobic005G092800--Sobic001G019900 Sobic005G092800--Sobic003G321700 Sobic004G107600 Sobic004G107600 Sobic005G092800--Sobic004G107600 Sobic005G092800--Sobic001G445800 Sobic010G213400 Sobic010G213400 Sobic005G092800--Sobic010G213400 Sobic003G249800 Sobic003G249800 Sobic005G092800--Sobic003G249800 Sobic005G157200 Sobic005G157200 Sobic005G092800--Sobic005G157200 Sobic005G092800--Sobic003G362400 Sobic005G092800--Sobic009G094450 Sobic008G129400 Sobic008G129400 Sobic001G445800--Sobic008G129400 Sobic001G445800--Sobic003G321700 Sobic001G445800--Sobic002G078400 Sobic001G445800--Sobic003G249800 Sobic001G445800--Sobic002G046100 Sobic001G445800--Sobic010G018400 Sobic010G154700 Sobic010G154700 Sobic001G445800--Sobic010G154700 Sobic001G445800--Sobic001G019900 Sobic002G190900 Sobic002G190900 Sobic001G445800--Sobic002G190900 Sobic009G111600 Sobic009G111600 Sobic001G403700--Sobic009G111600 Sobic001G403700--Sobic004G284500 Sobic001G403700--Sobic002G078400 Sobic001G403700--Sobic006G182100 Sobic002G296300 Sobic002G296300 Sobic001G403700--Sobic002G296300 Sobic003G248600 Sobic003G248600 Sobic001G403700--Sobic003G248600 Sobic001G403700--Sobic008G132800 Sobic002G214900 Sobic002G214900 Sobic001G403700--Sobic002G214900 Sobic001G403700--Sobic010G213400
Octagon: transcription factors


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