Gene annotation
Transcriptome id Sobic.004G166800.2
Synonym
Functional annotation ribosomal protein, putative, expressed
UniProt A0A1Z5RN92
Pfam PF00411
Panther DB PTHR11759 PTHR11759:SF11
NCBI CDD KOG0407; 40S ribosomal protein S14
KEGG Orthology -
Gene Ontology GO:0006412; translation GO:0005840ribosome GO:0003735structural constituent of ribosome


Orthologs (automatic annotation)
TAIR AT3G52580 : Ribosomal protein S11 family protein
RAP-DB (Rice) LOC_Os02g33140.1 : ribosomal protein, putative, expressed
MaizeGDB (Corn) Zm00025a031497
Brachypodium KQJ99741
Barley HORVU6Hr1G026350.1
Wheat TraesCS6A02G137300
Populus -


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Expression pattern by RNA-Seq analysis
FPKM plot


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Top 20 genes with similar expressed profiles

Rank Gene Function KEGG orthology
1 Sobic.005G047000 ubiquinol-cytochrome C reductase hinge protein, putative, expressed K00416: QCR6, ubiquinol-cytochrome c reductase subunit 6
2 Sobic.010G165900 - -
3 Sobic.002G272500 6-phosphogluconolactonase, putative, expressed K01057: PGLS, pgl, 6-phosphogluconolactonase
4 Sobic.001G318100 - -
5 Sobic.002G056400 - K10884: XRCC6, KU70, ATP-dependent DNA helicase 2 subunit 1
6 Sobic.007G043600 LSM domain containing protein, expressed K12621: U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm2
7 Sobic.006G129900 ribosome recycling factor, putative, expressed K02838: frr, MRRF, ribosome recycling factor
8 Sobic.005G140100 - -
9 Sobic.001G290700 AGAP003819-PA, putative, expressed K09008: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex assembly factor 3
10 Sobic.003G008600 eukaryotic translation initiation factor 3 subunit E-interacting protein, putative, expressed K15029: translation initiation factor 3 subunit L
11 Sobic.003G122000 BCAS2 protein, putative, expressed K12861: pre-mRNA-splicing factor SPF27
12 Sobic.008G090100 - -
13 Sobic.007G139500 phosphofructokinase, putative, expressed K00850: pfkA, 6-phosphofructokinase 1
14 Sobic.008G127550 - -
15 Sobic.010G154500 - -
16 Sobic.007G079600 SAG (Senescence-associated gene): differentially expressed gene during developmental senescence.(PubMedID : 27586543)@FabA-like domain containing protein, expressed K02372: 3-hydroxyacyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase
17 Sobic.003G439900 40S ribosomal protein S15, putative, expressed -
18 Sobic.004G082700 PPR repeat containing protein, expressed -
19 Sobic.001G530800 T-complex protein, putative, expressed K09496: T-complex protein 1 subunit delta
20 Sobic.009G214100 T-complex protein, putative, expressed K04077: groEL, chaperonin GroEL


Gene co-expression network
sample Sobic004G166800 Sobic004G166800 Sobic005G047000 Sobic005G047000 Sobic004G166800--Sobic005G047000 Sobic010G165900 Sobic010G165900 Sobic004G166800--Sobic010G165900 Sobic002G272500 Sobic002G272500 Sobic004G166800--Sobic002G272500 Sobic001G318100 Sobic001G318100 Sobic004G166800--Sobic001G318100 Sobic002G056400 Sobic002G056400 Sobic004G166800--Sobic002G056400 Sobic007G043600 Sobic007G043600 Sobic004G166800--Sobic007G043600 Sobic006G129900 Sobic006G129900 Sobic004G166800--Sobic006G129900 Sobic005G140100 Sobic005G140100 Sobic004G166800--Sobic005G140100 Sobic001G290700 Sobic001G290700 Sobic004G166800--Sobic001G290700 Sobic009G119700 Sobic009G119700 Sobic005G047000--Sobic009G119700 Sobic005G047000--Sobic006G129900 Sobic007G044400 Sobic007G044400 Sobic005G047000--Sobic007G044400 Sobic004G015300 Sobic004G015300 Sobic005G047000--Sobic004G015300 Sobic001G347901 Sobic001G347901 Sobic005G047000--Sobic001G347901 Sobic007G176800 Sobic007G176800 Sobic005G047000--Sobic007G176800 Sobic009G151700 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Octagon: transcription factors


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