Gene annotation
Transcriptome id Sobic.006G111300.1
Synonym Sb06g019340
Functional annotation expressed protein
UniProt C5YA81
Pfam -
Panther DB PTHR38543 PTHR38543:SF1
NCBI CDD -
KEGG Orthology -
Gene Ontology -


Orthologs (automatic annotation)
TAIR -
RAP-DB (Rice) LOC_Os04g39170.2 : expressed protein
MaizeGDB (Corn) Zm00025a011079
Brachypodium KQJ83042
Barley -
Wheat TraesCS2B02G347400 , TraesCS2A02G334200 , TraesCS2D02G328400
Populus -


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Expression pattern by RNA-Seq analysis
FPKM plot


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Top 20 genes with similar expressed profiles

Rank Gene Function KEGG orthology
1 Sobic.007G088900 expressed protein -
2 Sobic.007G191100 zinc finger DHHC domain-containing protein, putative, expressed K16675: palmitoyltransferase ZDHHC9/14/18
3 Sobic.010G173800 beta-galactosidase precursor, putative, expressed -
4 Sobic.003G420201 - -
5 Sobic.008G153600 WRKY94, expressed -
6 Sobic.002G150766 - -
7 Sobic.003G029300 lachrymatory factor synthase, putative, expressed -
8 Sobic.005G187200 expressed protein -
9 Sobic.002G177400 expressed protein -
10 Sobic.004G240900 "domain confirmed by Pfam database, expression supported by NCBI EST database, expressed in leaf, flower and stem, expression induced by IAA and BR treatments"(PubMedID : 20528920)@auxin efflux carrier component, putative, expressed K13947: auxin efflux carrier family protein
11 Sobic.002G090400 polygalacturonase, putative, expressed -
12 Sobic.004G061900 Sad1 / UNC-like C-terminal domain containing protein, putative, expressed K19347: SUN domain-containing protein 1/2
13 Sobic.007G094801 - -
14 Sobic.008G117200 RING finger and CHY zinc finger domain-containing protein 1, putative, expressed K10144: RCHY1, RING finger and CHY zinc finger domain-containing protein 1
15 Sobic.007G210900 expressed protein -
16 Sobic.001G428000 uncharacterized TPR repeat-containing protein, putative, expressed -
17 Sobic.007G154800 bifunctional monodehydroascorbate reductase and carbonic anhydrasenectarin-3 precursor, putative, expressed K01674: carbonic anhydrase
18 Sobic.001G089100 SAG (Senescence-associated gene): differentially expressed gene during developmental senescence.(PubMedID : 27586543)@periplasmic beta-glucosidase precursor, putative, expressed K05349: beta-glucosidase
19 Sobic.008G173000 transketolase, putative, expressed K00162: PDHB, pyruvate dehydrogenase E1 component beta subunit
20 Sobic.003G437500 syntaxin 6, putative, expressed -


Gene co-expression network
sample Sobic006G111300 Sobic006G111300 Sobic007G088900 Sobic007G088900 Sobic006G111300--Sobic007G088900 Sobic007G191100 Sobic007G191100 Sobic006G111300--Sobic007G191100 Sobic010G173800 Sobic010G173800 Sobic006G111300--Sobic010G173800 Sobic003G420201 Sobic003G420201 Sobic006G111300--Sobic003G420201 Sobic008G153600 Sobic008G153600 Sobic006G111300--Sobic008G153600 Sobic002G150766 Sobic002G150766 Sobic006G111300--Sobic002G150766 Sobic003G029300 Sobic003G029300 Sobic006G111300--Sobic003G029300 Sobic005G187200 Sobic005G187200 Sobic006G111300--Sobic005G187200 Sobic002G177400 Sobic002G177400 Sobic006G111300--Sobic002G177400 Sobic006G092800 Sobic006G092800 Sobic007G088900--Sobic006G092800 Sobic004G345700 Sobic004G345700 Sobic007G088900--Sobic004G345700 Sobic004G007300 Sobic004G007300 Sobic007G088900--Sobic004G007300 Sobic001G028400 Sobic001G028400 Sobic007G088900--Sobic001G028400 Sobic003G437500 Sobic003G437500 Sobic007G088900--Sobic003G437500 Sobic004G013600 Sobic004G013600 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Octagon: transcription factors


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