Gene annotation
Transcriptome id Sobic.007G092000.1
Synonym COL5, ATCOL5, Sb07g008550
Functional annotation SAG (Senescence-associated gene): differentially expressed gene during developmental senescence. (PubMedID : 27586543)
CCT/B-box zinc finger protein, putative, expressed
UniProt C5YJL4
Pfam PF06203
Panther DB PTHR31319 PTHR31319:SF15
NCBI CDD -
KEGG Orthology -
Gene Ontology GO:0005515; protein binding


Orthologs (automatic annotation)
TAIR AT5G24930 : CONSTANS-like 4
RAP-DB (Rice) LOC_Os08g15050.1 : CCT/B-box zinc finger protein, putative, expressed
MaizeGDB (Corn) Zm00025a054727 , Zm00025a029888 , Zm00025a031908 , Zm00025a021217
Brachypodium KQJ95789 , KQK00284
Barley HORVU6Hr1G056000.2 , HORVU6Hr1G056000.1 , HORVU7Hr1G027560.1
Wheat TraesCS6B02G248400 , TraesCS6A02G218900 , TraesCS6D02G202000
Populus -


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cDNA sequences
Sobic.007G092000


Expression pattern by RNA-Seq analysis
FPKM plot


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20 Sobic.008G160300 NADPH-dependent oxidoreductase, putative K05576: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit 4L


Gene co-expression network
sample Sobic007G092000 Sobic007G092000 Sobic009G016666 Sobic009G016666 Sobic007G092000--Sobic009G016666 Sobic003G097701 Sobic003G097701 Sobic007G092000--Sobic003G097701 Sobic002G130200 Sobic002G130200 Sobic007G092000--Sobic002G130200 Sobic006G057050 Sobic006G057050 Sobic007G092000--Sobic006G057050 Sobic003G172701 Sobic003G172701 Sobic007G092000--Sobic003G172701 Sobic004G087050 Sobic004G087050 Sobic007G092000--Sobic004G087050 Sobic009G174150 Sobic009G174150 Sobic007G092000--Sobic009G174150 Sobic009G123100 Sobic009G123100 Sobic007G092000--Sobic009G123100 Sobic003G168425 Sobic003G168425 Sobic007G092000--Sobic003G168425 Sobic007G145801 Sobic007G145801 Sobic009G016666--Sobic007G145801 Sobic004G337850 Sobic004G337850 Sobic009G016666--Sobic004G337850 Sobic010G035600 Sobic010G035600 Sobic009G016666--Sobic010G035600 Sobic005G139750 Sobic005G139750 Sobic009G016666--Sobic005G139750 Sobic007G065000 Sobic007G065000 Sobic009G016666--Sobic007G065000 Sobic009G016666--Sobic009G123100 Sobic001G450900 Sobic001G450900 Sobic009G016666--Sobic001G450900 Sobic001G022700 Sobic001G022700 Sobic009G016666--Sobic001G022700 Sobic006G183100 Sobic006G183100 Sobic009G016666--Sobic006G183100 Sobic005G166900 Sobic005G166900 Sobic003G097701--Sobic005G166900 Sobic005G167100 Sobic005G167100 Sobic003G097701--Sobic005G167100 Sobic001G054050 Sobic001G054050 Sobic003G097701--Sobic001G054050 Sobic010G107601 Sobic010G107601 Sobic003G097701--Sobic010G107601 Sobic002G025000 Sobic002G025000 Sobic003G097701--Sobic002G025000 Sobic003G172400 Sobic003G172400 Sobic003G097701--Sobic003G172400 Sobic010G225400 Sobic010G225400 Sobic003G097701--Sobic010G225400 Sobic008G140050 Sobic008G140050 Sobic003G097701--Sobic008G140050 Sobic007G141650 Sobic007G141650 Sobic003G097701--Sobic007G141650 Sobic004G251400 Sobic004G251400 Sobic002G130200--Sobic004G251400 Sobic004G337600 Sobic004G337600 Sobic002G130200--Sobic004G337600 Sobic003G168500 Sobic003G168500 Sobic002G130200--Sobic003G168500 Sobic003G172900 Sobic003G172900 Sobic002G130200--Sobic003G172900 Sobic002G044500 Sobic002G044500 Sobic002G130200--Sobic002G044500 Sobic008G160300 Sobic008G160300 Sobic002G130200--Sobic008G160300 Sobic003G171900 Sobic003G171900 Sobic002G130200--Sobic003G171900 Sobic003G172850 Sobic003G172850 Sobic002G130200--Sobic003G172850 Sobic002G130200--Sobic003G172400 Sobic006G057050--Sobic003G172701 Sobic006G057050--Sobic009G123100 Sobic006G057050--Sobic004G337850 Sobic009G148950 Sobic009G148950 Sobic006G057050--Sobic009G148950 Sobic003G172500 Sobic003G172500 Sobic006G057050--Sobic003G172500 Sobic005G110493 Sobic005G110493 Sobic006G057050--Sobic005G110493 Sobic007G109200 Sobic007G109200 Sobic006G057050--Sobic007G109200 Sobic006G057050--Sobic004G087050 Sobic010G052866 Sobic010G052866 Sobic006G057050--Sobic010G052866 Sobic003G172701--Sobic007G109200 Sobic003G172701--Sobic009G148950 Sobic003G172701--Sobic005G110493 Sobic002G148166 Sobic002G148166 Sobic003G172701--Sobic002G148166 Sobic003G172701--Sobic006G057050 Sobic004G087000 Sobic004G087000 Sobic003G172701--Sobic004G087000 Sobic003G169300 Sobic003G169300 Sobic003G172701--Sobic003G169300 Sobic002G270733 Sobic002G270733 Sobic003G172701--Sobic002G270733 Sobic004G210400 Sobic004G210400 Sobic003G172701--Sobic004G210400 Sobic010G139200 Sobic010G139200 Sobic004G087050--Sobic010G139200 Sobic004G087050--Sobic003G168425 Sobic004G087050--Sobic005G110493 Sobic004G087050--Sobic003G172500 Sobic003G168200 Sobic003G168200 Sobic004G087050--Sobic003G168200 Sobic004G087050--Sobic009G123100 Sobic004G087050--Sobic003G169300 Sobic004G087050--Sobic003G171900 Sobic004G087050--Sobic004G210400 Sobic003G173116 Sobic003G173116 Sobic009G174150--Sobic003G173116 Sobic001G230050 Sobic001G230050 Sobic009G174150--Sobic001G230050 Sobic010G206600 Sobic010G206600 Sobic009G174150--Sobic010G206600 Sobic003G169200 Sobic003G169200 Sobic009G174150--Sobic003G169200 Sobic001G394532 Sobic001G394532 Sobic009G174150--Sobic001G394532 Sobic003G159101 Sobic003G159101 Sobic009G174150--Sobic003G159101 Sobic009G174150--Sobic010G052866 Sobic001G535850 Sobic001G535850 Sobic009G174150--Sobic001G535850 SobicK032300 SobicK032300 Sobic009G174150--SobicK032300 Sobic009G123100--Sobic003G172500 Sobic009G123100--Sobic009G148950 Sobic009G123100--Sobic004G087050 Sobic009G123100--Sobic006G057050 Sobic009G123100--SobicK032300 Sobic009G123100--Sobic007G145801 Sobic006G124700 Sobic006G124700 Sobic009G123100--Sobic006G124700 Sobic009G123100--Sobic010G139200 Sobic009G123100--Sobic004G337850 Sobic003G168425--Sobic004G087050 Sobic003G168425--Sobic005G110493 Sobic003G168425--Sobic010G139200 Sobic003G168425--Sobic003G169300 Sobic003G168425--Sobic003G171900 Sobic003G168425--Sobic003G172500 Sobic003G130200 Sobic003G130200 Sobic003G168425--Sobic003G130200 Sobic003G168425--Sobic004G210400 Sobic003G168425--Sobic008G160300
Octagon: transcription factors


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