Gene annotation
Transcriptome id Sobic.008G069700.1
Synonym
Functional annotation clathrin assembly protein, putative, expressed
UniProt A0A1B6PBX4
Pfam -
Panther DB -
NCBI CDD -
KEGG Orthology -
Gene Ontology -


Orthologs (automatic annotation)
TAIR AT2G01600 : ENTH/ANTH/VHS superfamily protein
RAP-DB (Rice) LOC_Os01g50010.1 : clathrin assembly protein, putative, expressed
MaizeGDB (Corn) Zm00025a027919
Brachypodium -
Barley -
Wheat -
Populus -


JBrowse

Open New Page


Expression pattern by RNA-Seq analysis
FPKM plot


Find similar expressed genes
Top 20 genes with similar expressed profiles

Rank Gene Function KEGG orthology
1 Sobic.001G171600 PPR repeat containing protein, expressed K17964: leucine-rich PPR motif-containing protein, mitochondrial
2 Sobic.007G220300 WD domain, G-beta repeat domain containing protein, expressed K11374: elongator complex protein 2
3 Sobic.010G127100 - -
4 Sobic.008G014801 - -
5 Sobic.005G106101 - -
6 Sobic.001G376900 utp14 protein, putative, expressed K14567: U3 small nucleolar RNA-associated protein 14
7 Sobic.006G086600 IKI3 family protein, expressed K11373: ELP1, IKI3, elongator complex protein 1
8 Sobic.001G251400 expressed protein -
9 Sobic.002G373950 - -
10 Sobic.003G171500 dnaJ domain containing protein, expressed -
11 Sobic.004G320500 expressed protein K14794: ribosomal RNA-processing protein 12
12 Sobic.007G083800 - -
13 Sobic.010G276900 - -
14 Sobic.010G007100 AAA family ATPase, putative, expressed K14571: RIX7, ribosome biogenesis ATPase
15 Sobic.009G158100 calcium-binding mitochondrial protein anon-60Da, putative, expressed K17800: LETM1, LETM1 and EF-hand domain-containing protein 1, mitochondrial
16 Sobic.009G204400 M-phase phosphoprotein 10, putative, expressed K14559: U3 small nucleolar RNA-associated protein MPP10
17 Sobic.001G407700 leucyl-tRNA synthetase, cytoplasmic, putative, expressed K01869: LARS, leucyl-tRNA synthetase
18 Sobic.006G208500 proteasome/cyclosome repeat containing protein, expressed K03032: PSMD1, 26S proteasome regulatory subunit N2
19 Sobic.006G204800 APO, putative, expressed -
20 Sobic.002G275600 RFC1 - Putative clamp loader of PCNA, replication factor C subunit 1, expressed K10754: replication factor C subunit 1


Gene co-expression network
sample Sobic008G069700 Sobic008G069700 Sobic001G171600 Sobic001G171600 Sobic008G069700--Sobic001G171600 Sobic007G220300 Sobic007G220300 Sobic008G069700--Sobic007G220300 Sobic010G127100 Sobic010G127100 Sobic008G069700--Sobic010G127100 Sobic008G014801 Sobic008G014801 Sobic008G069700--Sobic008G014801 Sobic005G106101 Sobic005G106101 Sobic008G069700--Sobic005G106101 Sobic001G376900 Sobic001G376900 Sobic008G069700--Sobic001G376900 Sobic006G086600 Sobic006G086600 Sobic008G069700--Sobic006G086600 Sobic001G251400 Sobic001G251400 Sobic008G069700--Sobic001G251400 Sobic002G373950 Sobic002G373950 Sobic008G069700--Sobic002G373950 Sobic001G171600--Sobic006G086600 Sobic001G171600--Sobic007G220300 Sobic003G171500 Sobic003G171500 Sobic001G171600--Sobic003G171500 Sobic001G214600 Sobic001G214600 Sobic001G171600--Sobic001G214600 Sobic005G137700 Sobic005G137700 Sobic001G171600--Sobic005G137700 Sobic009G204400 Sobic009G204400 Sobic001G171600--Sobic009G204400 Sobic001G089600 Sobic001G089600 Sobic001G171600--Sobic001G089600 Sobic001G334700 Sobic001G334700 Sobic001G171600--Sobic001G334700 Sobic001G171600--Sobic002G373950 Sobic007G220300--Sobic006G086600 Sobic008G131000 Sobic008G131000 Sobic007G220300--Sobic008G131000 Sobic002G317200 Sobic002G317200 Sobic007G220300--Sobic002G317200 Sobic007G220300--Sobic001G334700 Sobic007G220300--Sobic001G171600 Sobic004G332400 Sobic004G332400 Sobic007G220300--Sobic004G332400 Sobic001G081000 Sobic001G081000 Sobic007G220300--Sobic001G081000 Sobic007G220300--Sobic003G171500 Sobic007G207200 Sobic007G207200 Sobic007G220300--Sobic007G207200 Sobic010G119400 Sobic010G119400 Sobic010G127100--Sobic010G119400 Sobic010G127100--Sobic008G069700 Sobic010G127100--Sobic001G171600 Sobic010G127100--Sobic009G204400 Sobic010G127100--Sobic006G086600 Sobic010G127100--Sobic007G220300 Sobic003G032700 Sobic003G032700 Sobic010G127100--Sobic003G032700 SobicK025800 SobicK025800 Sobic010G127100--SobicK025800 Sobic010G127100--Sobic008G014801 Sobic010G102600 Sobic010G102600 Sobic008G014801--Sobic010G102600 Sobic001G052400 Sobic001G052400 Sobic008G014801--Sobic001G052400 Sobic008G014801--Sobic001G376900 Sobic003G441900 Sobic003G441900 Sobic008G014801--Sobic003G441900 Sobic004G320500 Sobic004G320500 Sobic008G014801--Sobic004G320500 Sobic008G014801--Sobic003G032700 Sobic001G455600 Sobic001G455600 Sobic008G014801--Sobic001G455600 Sobic008G014801--Sobic003G171500 Sobic008G063300 Sobic008G063300 Sobic008G014801--Sobic008G063300 Sobic003G160000 Sobic003G160000 Sobic005G106101--Sobic003G160000 Sobic001G124000 Sobic001G124000 Sobic005G106101--Sobic001G124000 Sobic009G024400 Sobic009G024400 Sobic005G106101--Sobic009G024400 Sobic003G119000 Sobic003G119000 Sobic005G106101--Sobic003G119000 Sobic008G014500 Sobic008G014500 Sobic005G106101--Sobic008G014500 Sobic002G396000 Sobic002G396000 Sobic005G106101--Sobic002G396000 Sobic003G184699 Sobic003G184699 Sobic005G106101--Sobic003G184699 Sobic001G090400 Sobic001G090400 Sobic005G106101--Sobic001G090400 Sobic010G007100 Sobic010G007100 Sobic005G106101--Sobic010G007100 Sobic003G042400 Sobic003G042400 Sobic001G376900--Sobic003G042400 Sobic001G453400 Sobic001G453400 Sobic001G376900--Sobic001G453400 Sobic007G126500 Sobic007G126500 Sobic001G376900--Sobic007G126500 Sobic001G376900--Sobic006G086600 Sobic009G158100 Sobic009G158100 Sobic001G376900--Sobic009G158100 Sobic007G168300 Sobic007G168300 Sobic001G376900--Sobic007G168300 Sobic004G224600 Sobic004G224600 Sobic001G376900--Sobic004G224600 Sobic001G376900--Sobic001G052400 Sobic001G393900 Sobic001G393900 Sobic001G376900--Sobic001G393900 Sobic010G003400 Sobic010G003400 Sobic006G086600--Sobic010G003400 Sobic001G145400 Sobic001G145400 Sobic006G086600--Sobic001G145400 Sobic006G086600--Sobic001G089600 Sobic009G101200 Sobic009G101200 Sobic006G086600--Sobic009G101200 Sobic006G086600--Sobic001G453400 Sobic006G086600--Sobic004G320500 Sobic002G235200 Sobic002G235200 Sobic006G086600--Sobic002G235200 Sobic006G086600--Sobic007G220300 Sobic006G086600--Sobic010G007100 Sobic001G251400--Sobic002G317200 Sobic001G251400--Sobic003G032700 Sobic002G318700 Sobic002G318700 Sobic001G251400--Sobic002G318700 Sobic001G251400--Sobic007G220300 Sobic009G247400 Sobic009G247400 Sobic001G251400--Sobic009G247400 Sobic001G363500 Sobic001G363500 Sobic001G251400--Sobic001G363500 Sobic002G103600 Sobic002G103600 Sobic001G251400--Sobic002G103600 Sobic002G275600 Sobic002G275600 Sobic001G251400--Sobic002G275600 Sobic004G208900 Sobic004G208900 Sobic001G251400--Sobic004G208900 Sobic002G373950--Sobic006G086600 Sobic002G373950--Sobic010G003400 Sobic002G373950--Sobic001G453400 Sobic009G213200 Sobic009G213200 Sobic002G373950--Sobic009G213200 Sobic010G174700 Sobic010G174700 Sobic002G373950--Sobic010G174700 Sobic003G260400 Sobic003G260400 Sobic002G373950--Sobic003G260400 Sobic010G115400 Sobic010G115400 Sobic002G373950--Sobic010G115400 Sobic002G373950--Sobic001G089600 Sobic002G373950--Sobic010G102600
Octagon: transcription factors


© 2015- RIKEN, All rights reserved.